120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1811 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  100 
 
 		 287 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  91.99 
 
 		 287 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  93.03 
 
 		 287 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  88.5 
 
 		 287 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  69.47 
 
 		 287 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  69.47 
 
 		 287 aa  407  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  70.77 
 
 		 287 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  68.77 
 
 		 287 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  35.1 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  32.34 
 
 		 311 aa  148  8e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  32.89 
 
 		 310 aa  142  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  31.56 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  32.24 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  32.12 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  31.35 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  31.46 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  31.46 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  31.46 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  31.35 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  31.35 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  31.35 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  31.35 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  30.13 
 
 		 310 aa  137  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  31.02 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  31.79 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  30.79 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  31.15 
 
 		 316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  31.48 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  31.48 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  31.48 
 
 		 316 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  30.13 
 
 		 309 aa  129  6e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  31.15 
 
 		 320 aa  129  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  29.84 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  31.44 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  30.1 
 
 		 315 aa  126  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  31.25 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  31.25 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  30.16 
 
 		 315 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  30.16 
 
 		 315 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  30.16 
 
 		 315 aa  122  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  33.49 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  29.84 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  28.9 
 
 		 323 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  29.84 
 
 		 315 aa  119  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  28.57 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  29.08 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  28.15 
 
 		 315 aa  115  6e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  28.57 
 
 		 316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  27.92 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  28.93 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  33.64 
 
 		 271 aa  105  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  28.8 
 
 		 320 aa  102  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  28.9 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  28.57 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  28.23 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  26.9 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  28.84 
 
 		 320 aa  91.7  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  26.21 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  30.59 
 
 		 304 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  26.16 
 
 		 293 aa  89.4  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  26.73 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  28.21 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  24.19 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  29.41 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  24.4 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  23.92 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  29.86 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  27.91 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  33.67 
 
 		 318 aa  80.5  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  23.92 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  29.86 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  25.25 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3963  hypothetical protein  25.36 
 
 		 294 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.144543  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  26.84 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  26.53 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  31.28 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  24.49 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  29.38 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  23.35 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  25.81 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2890  UspA domain-containing protein  32.63 
 
 		 296 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1667  universal stress protein family  30.53 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105926  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  28.57 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  23.15 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  30.53 
 
 		 315 aa  68.9  0.00000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3443  hypothetical protein  26.29 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  26.6 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  26.79 
 
 		 311 aa  66.2  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2699  UspA domain-containing protein  26.6 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3156  universal stress protein  26.26 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.318164  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2306  hypothetical protein  28.17 
 
 		 312 aa  64.7  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  28.89 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  24.09 
 
 		 311 aa  63.9  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3294  universal stress protein  26.32 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.949607  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  23.04 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>