116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1103 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  100 
 
 		 291 aa  599  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  99.31 
 
 		 291 aa  595  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  92.44 
 
 		 291 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  36.33 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  34.03 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  33.22 
 
 		 298 aa  168  8e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  31.31 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  26.51 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  26.17 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  26.17 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  26.17 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  26.17 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  26.09 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  26.17 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  26.17 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  26.17 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  25.32 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  25.5 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  25.41 
 
 		 310 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  26.49 
 
 		 311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  25.25 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  24.42 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  24.75 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  25.08 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  23.41 
 
 		 315 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  26.83 
 
 		 254 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  25.74 
 
 		 309 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  24.58 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  26.98 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 318 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 318 aa  106  4e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  24.75 
 
 		 316 aa  105  9e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  24.75 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  24.75 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  24.75 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  25.23 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  24.75 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  24.75 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  24.75 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  24.75 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  24.08 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  24.08 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  24.08 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  24.08 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  24.75 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  24.08 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  27.52 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 323 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  24.83 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  27.06 
 
 		 287 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  23.18 
 
 		 320 aa  99.8  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  24.5 
 
 		 316 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  25.24 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2169  hypothetical protein  23.95 
 
 		 309 aa  97.4  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.199565 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  23.86 
 
 		 287 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  24 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  23.83 
 
 		 316 aa  92  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  23.34 
 
 		 287 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  25.62 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  23.65 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  23.7 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  27.94 
 
 		 297 aa  86.7  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  24.26 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  24.63 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  23.61 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  23.92 
 
 		 287 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  23.65 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3963  hypothetical protein  25.44 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.144543  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  26.64 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  24.4 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1066  GGDEF  22.71 
 
 		 271 aa  65.1  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  27.81 
 
 		 293 aa  65.5  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  22.55 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3216  hypothetical protein  23.74 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  20.87 
 
 		 320 aa  63.2  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1649  UspA domain-containing protein  22.88 
 
 		 305 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  23.78 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3443  hypothetical protein  22.9 
 
 		 303 aa  57.4  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  21.64 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1124  UspA domain-containing protein  22.66 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  22.68 
 
 		 323 aa  55.1  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  24.31 
 
 		 305 aa  53.5  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  24.1 
 
 		 326 aa  52.8  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  19.08 
 
 		 304 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2306  hypothetical protein  22.78 
 
 		 312 aa  51.6  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  24.39 
 
 		 311 aa  52  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1165  UspA domain protein  28.35 
 
 		 152 aa  52  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000867886  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2449  hypothetical protein  23.33 
 
 		 312 aa  51.2  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  23.98 
 
 		 320 aa  50.4  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  28.47 
 
 		 313 aa  50.4  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  20.47 
 
 		 298 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  19.87 
 
 		 302 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  21.94 
 
 		 327 aa  49.3  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0873  UspA domain protein  25 
 
 		 150 aa  48.5  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00734386  normal  0.0430196 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  18.67 
 
 		 310 aa  47.8  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1314  UspA domain-containing protein  22.02 
 
 		 323 aa  47.8  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.858313  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  19.08 
 
 		 304 aa  47  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0713  UspA domain-containing protein  25 
 
 		 145 aa  46.2  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00140239  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2846  hypothetical protein  23.29 
 
 		 145 aa  45.8  0.0008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2060  UspA domain protein  25.44 
 
 		 145 aa  45.8  0.0008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000482374  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>