120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2576 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  100 
 
 		 287 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  77.97 
 
 		 287 aa  461  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  78.32 
 
 		 287 aa  461  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  74.13 
 
 		 287 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  70.42 
 
 		 287 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  70.77 
 
 		 287 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  70.77 
 
 		 287 aa  394  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  69.01 
 
 		 287 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  33.66 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  33.66 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  34.19 
 
 		 310 aa  159  7e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  33.01 
 
 		 310 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  33.01 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  33.01 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  33.01 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  33.66 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  33.01 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  33.55 
 
 		 310 aa  155  9e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  33.55 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  33.55 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  33.55 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  31.39 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  32.26 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  31.07 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  33.77 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  31.07 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  33.11 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  31.66 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  32.01 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  31.8 
 
 		 316 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  32.46 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  32.46 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  32.46 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  31.48 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  31.48 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  31.48 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  139  7e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  31.48 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  32.13 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  32.13 
 
 		 315 aa  135  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  29.97 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  29.93 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  30.29 
 
 		 323 aa  132  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  30.52 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  30.23 
 
 		 318 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  30.23 
 
 		 318 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  30 
 
 		 316 aa  128  9.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  33.61 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  27.92 
 
 		 311 aa  125  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  28.75 
 
 		 315 aa  123  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  27.8 
 
 		 315 aa  119  6e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  29.88 
 
 		 254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  30.6 
 
 		 271 aa  112  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  27.52 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  29.1 
 
 		 304 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  28.43 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  28.96 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  28.62 
 
 		 298 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  27.92 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  30 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  27.76 
 
 		 310 aa  93.2  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  30.45 
 
 		 320 aa  92.8  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  25.16 
 
 		 307 aa  92.4  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  23.34 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  28.63 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  23.69 
 
 		 291 aa  90.5  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  26.03 
 
 		 298 aa  90.5  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  26.09 
 
 		 293 aa  85.9  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  22.65 
 
 		 291 aa  85.9  8e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  24.66 
 
 		 296 aa  85.5  8e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  33.51 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  28.5 
 
 		 294 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  34.52 
 
 		 318 aa  82.8  0.000000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  26.04 
 
 		 293 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  24.92 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3963  hypothetical protein  28.5 
 
 		 294 aa  79  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.144543  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  26.12 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3216  hypothetical protein  29.65 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  25.25 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  30.73 
 
 		 326 aa  75.9  0.0000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  24.05 
 
 		 294 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  28.65 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  27.1 
 
 		 327 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  24.26 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  28.65 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  24.53 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  26.9 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3443  hypothetical protein  26.74 
 
 		 303 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  28.74 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  25.96 
 
 		 315 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1066  GGDEF  22.07 
 
 		 271 aa  64.7  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  26.39 
 
 		 294 aa  63.9  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  27.81 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  25.82 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  25.75 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2699  UspA domain-containing protein  25.75 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2890  UspA domain-containing protein  25.78 
 
 		 296 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>