107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2468 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2468  UspA domain-containing protein  100 
 
 		 308 aa  627  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.51316  normal  0.507158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3290  universal stress protein  95.45 
 
 		 308 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3029  UspA domain-containing protein  72.73 
 
 		 308 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367394  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3294  universal stress protein  41.75 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.949607  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3340  universal stress protein  37.29 
 
 		 315 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2451  UspA domain-containing protein  40.88 
 
 		 292 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.512934 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  34.67 
 
 		 296 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  34.65 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  33.97 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  36.73 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  32.33 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2745  universal stress protein  31.33 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.712229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2890  UspA domain-containing protein  31.6 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1667  universal stress protein family  36.82 
 
 		 296 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.105926  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2558  UspA domain-containing protein  29.64 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3156  universal stress protein  29.32 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.318164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2699  UspA domain-containing protein  29.97 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  29.56 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3031  UspA domain-containing protein  27.27 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3347  hypothetical protein  34.92 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3288  universal stress protein  33.5 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2470  UspA domain-containing protein  27.92 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  29.28 
 
 		 310 aa  89  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  28.21 
 
 		 310 aa  85.5  9e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  26.95 
 
 		 309 aa  82  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  27.36 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  27.36 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  27.36 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  27.36 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  26.73 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  26.73 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  26.73 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  26.73 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  26.73 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  26.73 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  26.8 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  26.95 
 
 		 310 aa  75.5  0.0000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  25.08 
 
 		 320 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  26.3 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  28.57 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  26.64 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  25.65 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0929  UspA domain protein  29.25 
 
 		 326 aa  68.2  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  24.07 
 
 		 311 aa  67.4  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  24.92 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  25.91 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  18.6 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  25 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  24.12 
 
 		 294 aa  60.5  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4897  hypothetical protein  27.42 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03146  Universal stress protein, UspA  28.57 
 
 		 315 aa  59.3  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747468  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  27.45 
 
 		 313 aa  58.5  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  24.88 
 
 		 320 aa  57.4  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56220  hypothetical protein  28.33 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  23.73 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  23.73 
 
 		 318 aa  57.4  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  23.72 
 
 		 318 aa  55.8  0.0000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  22.78 
 
 		 311 aa  55.5  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  31.28 
 
 		 271 aa  55.5  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1391  universal stress protein, UspA  28.1 
 
 		 327 aa  53.5  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  25 
 
 		 316 aa  52.4  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  22.7 
 
 		 293 aa  51.6  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  25.4 
 
 		 294 aa  51.2  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  23.46 
 
 		 311 aa  50.4  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  24.68 
 
 		 316 aa  50.1  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2668  UspA domain protein  36.13 
 
 		 159 aa  49.7  0.00006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  22.84 
 
 		 318 aa  49.7  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  20.86 
 
 		 294 aa  49.3  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0102  universal stress protein family protein  31.03 
 
 		 144 aa  48.9  0.0001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  20.38 
 
 		 316 aa  47.8  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  19.38 
 
 		 307 aa  47.8  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  29.61 
 
 		 150 aa  47.8  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2080  universal stress protein A  31.03 
 
 		 144 aa  48.5  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  22.47 
 
 		 320 aa  47.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  24.13 
 
 		 314 aa  47.8  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1678  hypothetical protein  26.03 
 
 		 297 aa  47.8  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  24.5 
 
 		 293 aa  47.4  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  22.36 
 
 		 315 aa  46.2  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1082  UspA domain protein  30.77 
 
 		 158 aa  45.8  0.0009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.731229  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  21.15 
 
 		 310 aa  45.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1660  hypothetical protein  27.59 
 
 		 143 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.113526  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  27.13 
 
 		 289 aa  45.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  22.29 
 
 		 315 aa  45.4  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  24.35 
 
 		 319 aa  45.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  22.84 
 
 		 287 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  23.62 
 
 		 254 aa  44.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1229  hypothetical protein  29.29 
 
 		 146 aa  45.1  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1649  UspA domain-containing protein  31.65 
 
 		 305 aa  44.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  22.49 
 
 		 287 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0206  universal stress protein A  26.67 
 
 		 146 aa  44.7  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0866  UspA domain protein  29.3 
 
 		 153 aa  44.7  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.682094  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  24.21 
 
 		 315 aa  44.7  0.002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  23.12 
 
 		 315 aa  44.3  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  23.61 
 
 		 287 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3238  universal stress protein  27 
 
 		 297 aa  43.9  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2886  UspA domain-containing protein  43.59 
 
 		 148 aa  44.3  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0844522  normal  0.787665 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2117  universal stress protein family protein  26.67 
 
 		 146 aa  43.5  0.004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  24.15 
 
 		 323 aa  43.1  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  24.41 
 
 		 291 aa  43.1  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0308  UspA domain-containing protein  33.33 
 
 		 145 aa  43.1  0.006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>