52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1479 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1479  hicB protein  100 
 
 		 110 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4242  HicB family protein  92.73 
 
 		 110 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4138  HicB family protein  91.82 
 
 		 110 aa  213  7e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30660  Conserved hypothetical protein, HicB- family  70.37 
 
 		 110 aa  168  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0059  HicB family protein  62.04 
 
 		 108 aa  152  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5179  HicB family protein  56.48 
 
 		 118 aa  143  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4182  hypothetical protein  56.07 
 
 		 110 aa  142  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.270938 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2425  HicB family protein  67.47 
 
 		 83 aa  125  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2572  HicB family protein  46.73 
 
 		 110 aa  117  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3853  HicB family protein  45.45 
 
 		 111 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2191  HicB family protein  44.76 
 
 		 105 aa  106  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2260  HicB family protein  38.68 
 
 		 110 aa  104  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2250  HicB family protein  38.68 
 
 		 110 aa  104  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0020  HicB family protein  42.86 
 
 		 105 aa  103  9e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000476189  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0180  HicB  42.59 
 
 		 111 aa  98.6  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1110  HicB-related protein  37.96 
 
 		 110 aa  96.7  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0280  HicB family protein  36.11 
 
 		 122 aa  95.1  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.073142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0431  HicB family protein  38.46 
 
 		 116 aa  92.8  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2214  hypothetical protein  40.38 
 
 		 111 aa  92.8  1e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.44571  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5347  HicB family protein  40.74 
 
 		 109 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0435  HicB family protein  34.58 
 
 		 121 aa  89  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.783956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3197  HicB  39.62 
 
 		 106 aa  89.4  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2907  HicB family protein  37.14 
 
 		 117 aa  86.3  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3189  HicB family protein  37.14 
 
 		 117 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2591  HicB  39.81 
 
 		 112 aa  85.1  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.887036  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2749  hypothetical protein  32.08 
 
 		 116 aa  84.3  5e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.254475  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1678  HicB  39.81 
 
 		 113 aa  82.4  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2668  HicB family protein  36.19 
 
 		 113 aa  80.9  0.000000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2720  HicB family protein  47.22 
 
 		 79 aa  80.5  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261901  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3899  hicB protein  35.58 
 
 		 110 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4586  HicB family protein  34.34 
 
 		 112 aa  72  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27840  HicB protein  32.38 
 
 		 113 aa  71.6  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4479  HicB family protein  33.33 
 
 		 112 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000336163  normal  0.448324 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3746  HicB family protein  36.36 
 
 		 77 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.826939  normal  0.406315 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3692  HicB family protein  36.36 
 
 		 77 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1697  hypothetical protein  33.33 
 
 		 112 aa  67.8  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.10162  normal  0.0559982 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1716  hypothetical protein  43.28 
 
 		 74 aa  67.4  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00129927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0621  HicB family protein  32.71 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.754736  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0281  hypothetical protein  35.38 
 
 		 87 aa  61.6  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00676496  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4608  HicB-related protein  37.14 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.72402 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4402  HicB-related protein  37.14 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.380526 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4425  HicB-related protein  37.14 
 
 		 75 aa  60.5  0.000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000112957  normal  0.138894 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0036  HicB-related protein  37.14 
 
 		 74 aa  60.5  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0421  HicB-related protein  33.33 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1426  HicB family protein  33.33 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1368  HicB family protein  28.04 
 
 		 112 aa  51.6  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3668  HicB family protein  31.73 
 
 		 113 aa  48.9  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0468154  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0443  HicB family protein  31.43 
 
 		 118 aa  48.9  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.134011  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0003  HicB  27.52 
 
 		 122 aa  42.4  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000193039  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3460  protein of unknown function UPF0150  34.21 
 
 		 121 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0158  protein of unknown function UPF0150  34.21 
 
 		 121 aa  40.4  0.009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5735  protein of unknown function UPF0150  32.97 
 
 		 130 aa  40  0.01  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>