42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3899 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3899  hicB protein  100 
 
 		 110 aa  229  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00302148 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2668  HicB family protein  82.57 
 
 		 113 aa  191  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27840  HicB protein  76.15 
 
 		 113 aa  183  8e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1678  HicB  75.23 
 
 		 113 aa  177  4.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4479  HicB family protein  52.83 
 
 		 112 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000336163  normal  0.448324 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4586  HicB family protein  52.83 
 
 		 112 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2907  HicB family protein  50 
 
 		 117 aa  116  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3189  HicB family protein  50 
 
 		 117 aa  114  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.604003 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0431  HicB family protein  44.44 
 
 		 116 aa  110  7.000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0280  HicB family protein  42.59 
 
 		 122 aa  97.4  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.073142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5179  HicB family protein  39.09 
 
 		 118 aa  92  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2214  hypothetical protein  38.32 
 
 		 111 aa  91.3  4e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.44571  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2749  hypothetical protein  37.27 
 
 		 116 aa  87.8  5e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.254475  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2260  HicB family protein  39.42 
 
 		 110 aa  86.7  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2250  HicB family protein  39.42 
 
 		 110 aa  86.7  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0020  HicB family protein  40.2 
 
 		 105 aa  85.1  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000476189  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4138  HicB family protein  38.46 
 
 		 110 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4242  HicB family protein  38.46 
 
 		 110 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0059  HicB family protein  36.27 
 
 		 108 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0435  HicB family protein  33.94 
 
 		 121 aa  78.6  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.783956  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1479  hicB protein  35.58 
 
 		 110 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.523187 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2572  HicB family protein  34.95 
 
 		 110 aa  77.8  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4182  hypothetical protein  35.85 
 
 		 110 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.270938 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30660  Conserved hypothetical protein, HicB- family  39.39 
 
 		 110 aa  76.3  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4608  HicB-related protein  47.06 
 
 		 75 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.72402 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4425  HicB-related protein  47.06 
 
 		 75 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000112957  normal  0.138894 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4402  HicB-related protein  47.06 
 
 		 75 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.380526 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0036  HicB-related protein  47.06 
 
 		 74 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2191  HicB family protein  34.74 
 
 		 105 aa  71.6  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2425  HicB family protein  36.71 
 
 		 83 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3853  HicB family protein  40.43 
 
 		 111 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5347  HicB family protein  35.51 
 
 		 109 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3692  HicB family protein  42.42 
 
 		 77 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3197  HicB  33.68 
 
 		 106 aa  66.2  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3746  HicB family protein  42.42 
 
 		 77 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.826939  normal  0.406315 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0180  HicB  33.01 
 
 		 111 aa  62.4  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0281  hypothetical protein  35.38 
 
 		 87 aa  57.8  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00676496  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1716  hypothetical protein  36.92 
 
 		 74 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00129927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2720  HicB family protein  41.18 
 
 		 79 aa  57.4  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.261901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1110  HicB-related protein  24.07 
 
 		 110 aa  48.9  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2591  HicB  28.57 
 
 		 112 aa  40.8  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.887036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2428  hypothetical protein  30.23 
 
 		 122 aa  40.4  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>