86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3888 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3888  hypothetical protein  100 
 
 		 283 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4066  hypothetical protein  83.69 
 
 		 283 aa  482  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0255  hypothetical protein  58.82 
 
 		 292 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.178731  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0333  hypothetical protein  53.9 
 
 		 283 aa  308  9e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3971  hypothetical protein  45.24 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.179616  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0220  hypothetical protein  45.24 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3732  hypothetical protein  44.9 
 
 		 298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.97054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4610  hypothetical protein  46.51 
 
 		 280 aa  234  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00772577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3808  hypothetical protein  29.14 
 
 		 260 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3691  HofM protein  30.11 
 
 		 259 aa  99  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3764  HofM protein  29.75 
 
 		 259 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.658738  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0318  conserved hypothetical protein  30.74 
 
 		 259 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.580292  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03247  predicted pilus assembly protein  30.25 
 
 		 259 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0614308  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3866  HofM protein  30.25 
 
 		 259 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0144518  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03199  hypothetical protein  30.25 
 
 		 259 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0635108  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0318  hypothetical protein  30.25 
 
 		 259 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  normal  0.101671 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3672  HofM protein  30.74 
 
 		 259 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000428263  normal  0.166207 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3590  HofM protein  30.25 
 
 		 259 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0186035  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3772  HofM protein  29.68 
 
 		 259 aa  84.7  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.135711  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0370  type IV pilus assembly protein PilM  26.9 
 
 		 359 aa  61.2  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0248  type IV pilus assembly protein PilM  25.14 
 
 		 348 aa  60.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0675  type IV pilus assembly protein PilM  23.56 
 
 		 352 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0675  type IV pilus assembly protein PilM  23.56 
 
 		 352 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2453  type IV pilus assembly protein PilM  28.99 
 
 		 359 aa  59.7  0.00000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.237184  hitchhiker  0.0000000165118 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0641  type IV pilus assembly protein PilM  23.7 
 
 		 352 aa  59.7  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0233  type IV pilus assembly protein PilM  25.13 
 
 		 359 aa  59.3  0.00000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1469  type IV pilus assembly protein PilM  24.24 
 
 		 350 aa  57.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11937  normal  0.330674 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0275  type IV pilus assembly protein PilM  23.47 
 
 		 355 aa  57.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.309267 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0325  type 4 fimbrial biogenesis protein PilM  22.48 
 
 		 380 aa  58.2  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3711  type IV pilus assembly protein PilM  24.46 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.480813  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0834  type IV pilus assembly protein PilM  21.34 
 
 		 358 aa  56.6  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0686  type IV pilus assembly protein PilM  22.86 
 
 		 351 aa  56.2  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0210  Type IV pilus assembly protein PilM  20.61 
 
 		 361 aa  55.8  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.150692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0335  type IV pilus assembly protein PilM  23.6 
 
 		 359 aa  55.5  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4212  type IV pilus assembly protein PilM  22.89 
 
 		 369 aa  55.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4173  type IV pilus assembly protein PilM  22.89 
 
 		 369 aa  55.5  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0281  type IV pilus biogenesis protein PilM  23.91 
 
 		 359 aa  55.5  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4089  type IV pilus assembly protein PilM  25 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4008  type IV pilus assembly protein PilM  25 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4207  type IV pilus assembly protein PilM  25 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0208  type IV pilus assembly protein PilM  23.16 
 
 		 359 aa  54.7  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3703  type IV pilus assembly protein PilM  23.37 
 
 		 359 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.288222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0242  type IV pilus assembly protein PilM  23.37 
 
 		 359 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3373  type IV pilus biogenesis protein PilM  23.91 
 
 		 359 aa  54.3  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0745498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3899  type IV pilus assembly protein PilM  23.37 
 
 		 359 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00788991  normal  0.338087 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4118  type IV pilus assembly protein PilM  25 
 
 		 359 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.171759  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4270  type IV pilus assembly protein PilM  24.6 
 
 		 359 aa  53.9  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.482312 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0256  type IV pilus assembly protein PilM  23.91 
 
 		 359 aa  53.9  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0992  type IV pilus assembly protein PilM  23.67 
 
 		 351 aa  51.6  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3686  Type IV pilus assembly protein PilM  21.89 
 
 		 369 aa  51.6  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2461  type IV pilus assembly protein PilM  20.31 
 
 		 356 aa  51.6  0.00001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2032  type IV pilus biogenesis protein PilM  19.41 
 
 		 351 aa  51.6  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0971  Type IV pilus assembly protein PilM  20.23 
 
 		 351 aa  51.2  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1860  fimbrial assembly membrane protein  24.51 
 
 		 352 aa  51.6  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.151761  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1789  type IV pilus assembly protein PilM  24.51 
 
 		 352 aa  50.4  0.00003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.739852  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1640  type IV pilus assembly protein PilM  26.04 
 
 		 352 aa  50.4  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1810  type IV pilus assembly protein PilM  21.64 
 
 		 350 aa  50.1  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0333  type IV pilus assembly protein PilM  20.06 
 
 		 351 aa  50.1  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.872889  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1830  type IV pilus assembly protein PilM  26.9 
 
 		 354 aa  49.7  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0258246  normal  0.367696 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0247  Type IV pilus assembly protein PilM  23.08 
 
 		 372 aa  49.3  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.291692  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3019  type IV pilus assembly protein PilM  26.13 
 
 		 348 aa  49.3  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0322  type IV pilus assembly protein PilM  22.75 
 
 		 374 aa  48.9  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5581  type IV pilus assembly protein PilM  21.89 
 
 		 359 aa  48.5  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.940333 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1037  type IV pilus assembly protein PilM  25.6 
 
 		 348 aa  48.5  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2138  Tfp pilus assembly protein, ATPase PilM  23.26 
 
 		 354 aa  48.1  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000719379  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3253  type IV pilus assembly protein PilM  23.64 
 
 		 350 aa  47.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1546  type IV pilus assembly protein PilM  22.49 
 
 		 350 aa  47  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0158  type IV pilus assembly protein PilM  16.77 
 
 		 354 aa  46.6  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2669  type IV pilus assembly protein PilM  22.49 
 
 		 350 aa  47  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000583624 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3240  type IV pilus assembly protein PilM  23.49 
 
 		 352 aa  46.6  0.0005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1465  type IV pilus assembly protein PilM  26.32 
 
 		 379 aa  46.6  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00540652  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3023  type IV pilus assembly protein PilM  19.01 
 
 		 353 aa  45.8  0.0008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3272  type IV pilus assembly protein PilM  28.81 
 
 		 361 aa  45.4  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0202  Type IV pilus assembly protein PilM  20.12 
 
 		 362 aa  45.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0739  type IV pilus assembly protein PilM  22.56 
 
 		 354 aa  45.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.506498  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1762  type IV pilus assembly protein PilM  22.73 
 
 		 362 aa  45.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.35494  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3135  Type IV pilus assembly protein PilM  28.81 
 
 		 367 aa  44.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0184  type IV pilus assembly protein PilM  21.33 
 
 		 367 aa  43.9  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000394027  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0893  hypothetical protein  27.27 
 
 		 312 aa  43.9  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0826  type IV pilus assembly protein PilM  23.17 
 
 		 354 aa  43.9  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00033  fimbrial assembly protein PilM  20 
 
 		 367 aa  43.5  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0781  type IV pilus assembly protein PilM  22.75 
 
 		 359 aa  43.5  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.377138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1605  type IV pilus assembly protein PilM  20.81 
 
 		 365 aa  43.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2691  response regulator receiver domain-containing protein  23.03 
 
 		 355 aa  42.7  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000540139  hitchhiker  0.00311169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0730  type IV pilus assembly protein PilM  19.1 
 
 		 356 aa  42  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3288  type IV pilus assembly protein PilM  21.56 
 
 		 368 aa  42.4  0.01  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>