83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3188 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3188  GPW/gp25 family protein  100 
 
 		 114 aa  231  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1826  GPW/gp25 family protein  69.37 
 
 		 116 aa  164  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00667674  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2091  GPW/gp25 family protein  63.48 
 
 		 115 aa  155  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.170156  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0868  GPW/gp25 family protein  63.16 
 
 		 116 aa  152  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.766869  normal  0.0598759 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4338  baseplate assembly protein GPW  60.87 
 
 		 115 aa  153  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0101989 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3038  baseplate assembly protein GpW  60.87 
 
 		 115 aa  151  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000459686 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4378  baseplate assembly protein W  62.61 
 
 		 115 aa  148  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.51911  hitchhiker  0.0000024213 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3487  GPW/gp25 family protein  62.07 
 
 		 116 aa  147  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0831358 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2853  baseplate assembly protein W  61.68 
 
 		 119 aa  147  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3036  baseplate assembly protein W  60.75 
 
 		 119 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000323923 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2342  GPW/gp25 family protein  59.29 
 
 		 117 aa  143  7.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0937  baseplate assembly protein W  60.75 
 
 		 119 aa  140  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00848  hypothetical protein  60.75 
 
 		 119 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00842  phage baseplate assembly protein  60.75 
 
 		 119 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2764  GPW/gp25 family protein  58.88 
 
 		 119 aa  135  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000115044 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37470  Phage P2 baseplate assembly gpW-like protein  59.09 
 
 		 117 aa  124  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2653  GPW/gp25 family protein  54.05 
 
 		 119 aa  120  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0318041  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2184  baseplate assembly protein W  64.94 
 
 		 99 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2297  GPW/gp25 family protein  64.94 
 
 		 99 aa  114  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.292617  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2068  hypothetical protein  62.34 
 
 		 99 aa  112  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105376  hitchhiker  0.0000449459 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1938  phage baseplate assembly protein  52.48 
 
 		 116 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1924  phage baseplate assembly-like protein  49.55 
 
 		 115 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.245081 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3821  GPW/gp25 family protein  51.49 
 
 		 122 aa  107  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1387  GPW/gp25  50.91 
 
 		 116 aa  105  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549114  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0193  GPW/gp25 family protein  46.49 
 
 		 121 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.361136 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4850  GPW/gp25 family protein  50 
 
 		 125 aa  102  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2901  GPW/gp25 family protein  60.27 
 
 		 118 aa  102  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.656518 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3301  GPW/gp25 family protein  44.25 
 
 		 123 aa  100  5e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1292  GPW/gp25  47.87 
 
 		 112 aa  99.8  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.45738 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2636  GPW/gp25 family protein  60.53 
 
 		 116 aa  97.1  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.06569  hitchhiker  0.000477271 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2602  GPW/gp25 family protein  60.53 
 
 		 116 aa  97.1  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0538459  hitchhiker  0.000000000023308 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2300  GPW/gp25 family protein  50 
 
 		 127 aa  95.9  2e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.295608  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3053  pyocin R2_PP, baseplate protein  45.1 
 
 		 108 aa  93.6  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.273925 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2383  GPW/gp25  48.94 
 
 		 125 aa  92.4  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0511478  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0739  hypothetical protein  46.81 
 
 		 114 aa  91.3  4e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1622  baseplate assembly protein GpW  48.94 
 
 		 109 aa  90.9  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0892  GPW/gp25 family protein  40.95 
 
 		 112 aa  89.7  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08020  putative bacteriophage protein  43 
 
 		 108 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000215525  hitchhiker  0.000186329 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0761  putative bacteriophage protein  41 
 
 		 108 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111637  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0640  prophage LambdaW5, baseplate assembly protein W, putative  41.94 
 
 		 108 aa  88.2  3e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.567056  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3401  baseplate assembly protein W  41.18 
 
 		 108 aa  87  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0282  prophage LambdaW1, baseplate assembly protein W, putative  43.01 
 
 		 108 aa  85.5  3e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2217  baseplate assembly protein W  41.11 
 
 		 113 aa  82  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0827221  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4045  GPW/gp25 family protein  40.2 
 
 		 108 aa  81.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0346302  hitchhiker  0.000000000000617415 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1336  hypothetical protein  39.29 
 
 		 117 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.700535  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1206  GPW/gp25 family protein  39.22 
 
 		 108 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061315 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01345  phage-related baseplate protein  38.94 
 
 		 119 aa  75.9  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.224868  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3332  GPW/gp25  46.32 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1140  phage-related baseplate assembly protein  42.31 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.282207  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0401  phage-related baseplate assembly protein  42.31 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0359  GPW/gp25 family protein  42.31 
 
 		 112 aa  73.2  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1162  GPW/gp25 family protein  42.31 
 
 		 112 aa  73.2  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0234  baseplate assembly protein W, putative  43.24 
 
 		 93 aa  69.7  0.00000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.212907  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1499  GPW/gp25 family protein  40.21 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1865  GPW/gp25 family protein  39.36 
 
 		 111 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1726  GPW/gp25 family protein  36.71 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000162681 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4351  hypothetical protein  39.44 
 
 		 132 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0144836  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0588  GPW/gp25 family protein  35.8 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.840482  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0767  GPW/gp25 family protein  30.69 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1866  Phage baseplate assembly protein W  37.68 
 
 		 140 aa  50.4  0.000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1873  GPW/gp25 family protein  33.87 
 
 		 129 aa  50.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.350092  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5382  GPW/gp25 family protein  37.04 
 
 		 135 aa  49.3  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4136  GPW/gp25 family protein  32.1 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.588848 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2890  hypothetical protein  33.8 
 
 		 166 aa  47  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4391  GPW/gp25 family protein  29.47 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.908149  normal  0.82195 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0946  Phage baseplate assembly protein W-like  31.65 
 
 		 305 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00423379  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1875  Phage baseplate assembly protein W-like  31.65 
 
 		 305 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0244529  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3045  GPW/gp25 family protein  33.33 
 
 		 130 aa  46.6  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000037696 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0668  GPW/gp25 family protein  31.87 
 
 		 151 aa  46.2  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3831  GPW/gp25 family protein  31.65 
 
 		 311 aa  45.4  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3607  GPW/gp25 family protein  31.82 
 
 		 136 aa  45.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.307356  hitchhiker  0.00124097 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2908  prophage MuMc02, baseplate assembly protein W, putative  36.62 
 
 		 128 aa  44.7  0.0005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1511  GPW/gp25 family protein  28.41 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2460  hypothetical protein  31.25 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1574  GPW/gp25 family protein  35.62 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.442501  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0367  GPW/gp25 family protein  30.77 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2947  GPW/gp25 family protein  31.11 
 
 		 135 aa  42.4  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0688  phage protein gp25  33.33 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2888  GPW/gp25 family protein  39.68 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2268  GPW/gp25 family protein  35 
 
 		 139 aa  42  0.003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.168277  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0986  tail lysozyme, putative  33.75 
 
 		 133 aa  41.6  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0181495  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1908  GPW/gp25 family protein  31.71 
 
 		 165 aa  40.4  0.009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00711774  hitchhiker  0.000781626 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2815  GPW/gp25 family protein  33.33 
 
 		 130 aa  40  0.01  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>