106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2525 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2525  PepSY-associated TM helix domain protein  100 
 
 		 507 aa  1028    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2830  PepSY-associated TM helix domain protein  90.51 
 
 		 507 aa  922    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.942277  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1603  putative iron-regulated membrane protein  60.08 
 
 		 495 aa  543  1e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3085  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  54.41 
 
 		 455 aa  493  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0746465 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1919  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  53.08 
 
 		 464 aa  490  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.355321  normal  0.221484 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1842  PepSY-associated TM helix domain protein  54.95 
 
 		 484 aa  489  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.829813  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2687  PepSY-associated TM helix  55.27 
 
 		 464 aa  474  1e-132  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3648  putative iron-regulated membrane protein  49.27 
 
 		 472 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.119895  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11710  uncharacterized iron-regulated membrane protein  45.34 
 
 		 486 aa  364  2e-99  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0768282  normal  0.550676 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2870  putative integral membrane protein  43.04 
 
 		 469 aa  347  4e-94  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1780  PepSY-associated TM helix domain protein  44.28 
 
 		 488 aa  334  2e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.40116 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1654  PepSY-associated TM helix domain protein  41.85 
 
 		 479 aa  309  8e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7006  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  39.47 
 
 		 560 aa  305  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.103084  normal  0.241919 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4790  Propeptide PepSY amd peptidase M4  41.06 
 
 		 489 aa  303  7.000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3353  Propeptide PepSY amd peptidase M4  38.74 
 
 		 493 aa  297  3e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.765099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1570  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.6 
 
 		 464 aa  294  2e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.105469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1600  PepSY-associated TM helix  40.17 
 
 		 464 aa  291  3e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.239487  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1624  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.17 
 
 		 464 aa  291  3e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2587  Propeptide PepSY amd peptidase M4  42.39 
 
 		 486 aa  284  3.0000000000000004e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3977  PepSY-associated TM helix domain protein  39.15 
 
 		 483 aa  281  2e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.134146  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4207  peptidase  40.04 
 
 		 490 aa  263  4e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2159  peptidase  37.08 
 
 		 474 aa  250  4e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2252  PepSY-associated TM helix domain protein  28.39 
 
 		 520 aa  149  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.31682  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4625  Propeptide PepSY amd peptidase M4  28.92 
 
 		 512 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0791517  normal  0.93462 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2702  peptidase  29.05 
 
 		 487 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4063  peptidase  28.87 
 
 		 489 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3458  peptidase  28.67 
 
 		 491 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0908  putative integral membrane protein  28.86 
 
 		 504 aa  127  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.843799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  25.97 
 
 		 461 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2067  PepSY-associated TM helix domain protein  25.94 
 
 		 472 aa  117  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3761  peptidase  26.06 
 
 		 484 aa  111  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15080  hypothetical protein  27.62 
 
 		 471 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00625491 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  26.17 
 
 		 457 aa  110  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1326  hypothetical protein  27.56 
 
 		 471 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4883  hypothetical protein  27.73 
 
 		 457 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0373  hypothetical protein  24.31 
 
 		 433 aa  107  5e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  25.76 
 
 		 456 aa  107  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4875  hypothetical protein  24.2 
 
 		 433 aa  106  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4651  hypothetical protein  23.57 
 
 		 433 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4507  sulfite reductase [NADPH], flavoprotein, alpha subunit  23.88 
 
 		 433 aa  105  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5006  hypothetical protein  23.57 
 
 		 433 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4901  hypothetical protein  24.84 
 
 		 433 aa  104  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4489  sulfite reductase [NADPH], flavoprotein, alpha subunit  23.99 
 
 		 433 aa  104  3e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4584  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.83 
 
 		 433 aa  105  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4082  PepSY-associated TM helix domain protein  26.53 
 
 		 489 aa  104  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.16128  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4891  hypothetical protein  23.67 
 
 		 433 aa  104  4e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4866  hypothetical protein  23.03 
 
 		 433 aa  104  4e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0595  hypothetical protein  23.45 
 
 		 459 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0347  hypothetical protein  27.44 
 
 		 470 aa  100  5e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4213  integral membrane protein  26.75 
 
 		 470 aa  99.4  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0397228  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0526  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.05 
 
 		 457 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.679087 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04986  hypothetical protein  25.37 
 
 		 479 aa  98.2  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  24.79 
 
 		 455 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  24.3 
 
 		 451 aa  97.4  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1502  peptidase  22.22 
 
 		 446 aa  97.4  5e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1531  peptidase  22.22 
 
 		 446 aa  97.4  5e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  25.21 
 
 		 455 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  23.86 
 
 		 455 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3144  sulfite reductase  25.96 
 
 		 456 aa  89.4  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4631  peptidase  24.8 
 
 		 454 aa  87.8  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0894362 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2923  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.12 
 
 		 460 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.339688 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0572  PepSY-associated TM helix domain protein  24.02 
 
 		 458 aa  80.9  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1630  hypothetical protein  26.23 
 
 		 461 aa  80.5  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0107193  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3148  PepSY-associated TM helix domain protein  25.3 
 
 		 460 aa  80.5  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.11538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3266  hypothetical protein  22.58 
 
 		 479 aa  79.3  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.634571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0032  hypothetical protein  25.06 
 
 		 511 aa  79  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.924965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  24.82 
 
 		 405 aa  76.6  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0303  PepSY-associated TM helix  23.26 
 
 		 470 aa  76.3  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2775  PepSY-associated TM helix  26 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.910277 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3047  PepSY-associated TM helix domain protein  25.77 
 
 		 456 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.136247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2883  hypothetical protein  24.19 
 
 		 450 aa  74.7  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0901265  hitchhiker  0.000521416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  22.81 
 
 		 388 aa  72.4  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.37 
 
 		 851 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.3 
 
 		 849 aa  67.8  0.0000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4447  peptidase  27.53 
 
 		 518 aa  67  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.251853  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.71 
 
 		 850 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  23.13 
 
 		 850 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  23.2 
 
 		 394 aa  66.6  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  22.95 
 
 		 840 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.72 
 
 		 844 aa  63.2  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  23.47 
 
 		 410 aa  60.8  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5663  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  23.05 
 
 		 459 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3560  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.16 
 
 		 465 aa  58.5  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.668518 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.38 
 
 		 382 aa  57.8  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  23.81 
 
 		 1117 aa  58.2  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.39 
 
 		 369 aa  57.4  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.04 
 
 		 405 aa  56.2  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  22.88 
 
 		 385 aa  55.1  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  29.2 
 
 		 362 aa  54.3  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  23.5 
 
 		 371 aa  54.3  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  23.83 
 
 		 397 aa  53.9  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  19.85 
 
 		 369 aa  52.4  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  22.73 
 
 		 425 aa  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0660  ApbE-like lipoprotein  26.98 
 
 		 800 aa  51.2  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.121438 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  20.43 
 
 		 360 aa  50.8  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  22.76 
 
 		 842 aa  50.4  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  23.29 
 
 		 844 aa  49.7  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.03 
 
 		 385 aa  49.7  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  19.95 
 
 		 381 aa  49.3  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02130  sulfite reductase  27.71 
 
 		 530 aa  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0161924  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>