135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4213 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4213  integral membrane protein  100 
 
 
470 aa  949    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0397228  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0303  PepSY-associated TM helix  53.45 
 
 
470 aa  492  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.190066  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0032  hypothetical protein  45.17 
 
 
511 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.924965  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3560  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  49.02 
 
 
465 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.668518 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0347  hypothetical protein  42.41 
 
 
470 aa  369  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04986  hypothetical protein  39.74 
 
 
479 aa  365  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4895  peptidase  38.16 
 
 
455 aa  342  1e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.606193  normal  0.435136 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0595  hypothetical protein  38.64 
 
 
459 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4839  hypothetical protein  37.94 
 
 
455 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387206  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4717  peptidase  37.72 
 
 
455 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.292427  normal  0.0740605 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4631  peptidase  39.07 
 
 
454 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0894362 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4424  peptidase  39.69 
 
 
457 aa  327  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4883  hypothetical protein  39.96 
 
 
457 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1326  hypothetical protein  37.24 
 
 
471 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3761  peptidase  39.36 
 
 
484 aa  304  2.0000000000000002e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15080  hypothetical protein  37 
 
 
471 aa  302  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00625491 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0526  Propeptide PepSY amd peptidase M4  35.36 
 
 
457 aa  270  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.679087 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  35.53 
 
 
461 aa  269  1e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3117  Propeptide PepSY amd peptidase M4  32.35 
 
 
456 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0908  putative integral membrane protein  34.11 
 
 
504 aa  237  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.843799  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2702  peptidase  33.2 
 
 
487 aa  229  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4625  Propeptide PepSY amd peptidase M4  33.4 
 
 
512 aa  228  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0791517  normal  0.93462 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  31.28 
 
 
451 aa  218  2e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3144  sulfite reductase  35.53 
 
 
456 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3458  peptidase  32.57 
 
 
491 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3047  PepSY-associated TM helix domain protein  33.71 
 
 
456 aa  212  1e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.136247  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5663  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.19 
 
 
459 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.33328  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4063  peptidase  32.38 
 
 
489 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2923  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.33 
 
 
460 aa  206  9e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.339688 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3148  PepSY-associated TM helix domain protein  33.26 
 
 
460 aa  201  3e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.11538  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2067  PepSY-associated TM helix domain protein  30.51 
 
 
472 aa  201  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0572  PepSY-associated TM helix domain protein  31.18 
 
 
458 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2883  hypothetical protein  28.41 
 
 
450 aa  179  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0901265  hitchhiker  0.000521416 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3266  hypothetical protein  30.69 
 
 
479 aa  179  9e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.634571  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4082  PepSY-associated TM helix domain protein  27.23 
 
 
489 aa  175  9.999999999999999e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.16128  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4447  peptidase  29.06 
 
 
518 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.251853  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3353  Propeptide PepSY amd peptidase M4  28.1 
 
 
493 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.765099  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4489  sulfite reductase [NADPH], flavoprotein, alpha subunit  25.22 
 
 
433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4891  hypothetical protein  24.3 
 
 
433 aa  131  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4584  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.51 
 
 
433 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4790  Propeptide PepSY amd peptidase M4  28.51 
 
 
489 aa  129  8.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4875  hypothetical protein  23.62 
 
 
433 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4651  hypothetical protein  24.34 
 
 
433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5006  hypothetical protein  24.34 
 
 
433 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0373  hypothetical protein  23.66 
 
 
433 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4507  sulfite reductase [NADPH], flavoprotein, alpha subunit  23.4 
 
 
433 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4901  hypothetical protein  24.95 
 
 
433 aa  127  6e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4866  hypothetical protein  23.87 
 
 
433 aa  126  9e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1502  peptidase  23.73 
 
 
446 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1531  peptidase  23.73 
 
 
446 aa  121  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1630  hypothetical protein  27.05 
 
 
461 aa  120  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0107193  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7006  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.78 
 
 
560 aa  120  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.103084  normal  0.241919 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2870  putative integral membrane protein  25.27 
 
 
469 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02130  sulfite reductase  32.33 
 
 
530 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0161924  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2252  PepSY-associated TM helix domain protein  25.57 
 
 
520 aa  103  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.31682  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3648  putative iron-regulated membrane protein  23.82 
 
 
472 aa  102  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.119895  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2830  PepSY-associated TM helix domain protein  26.96 
 
 
507 aa  101  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.942277  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1842  PepSY-associated TM helix domain protein  27.45 
 
 
484 aa  99.4  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.829813  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1603  putative iron-regulated membrane protein  25.76 
 
 
495 aa  97.8  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2587  Propeptide PepSY amd peptidase M4  26.78 
 
 
486 aa  97.8  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2687  PepSY-associated TM helix  26.64 
 
 
464 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1919  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.75 
 
 
464 aa  95.1  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.355321  normal  0.221484 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2525  PepSY-associated TM helix domain protein  27.35 
 
 
507 aa  95.5  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3977  PepSY-associated TM helix domain protein  24.78 
 
 
483 aa  92.4  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.134146  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4207  peptidase  26.76 
 
 
490 aa  89.4  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  20.15 
 
 
369 aa  87.4  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3085  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.13 
 
 
455 aa  86.7  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0746465 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1600  PepSY-associated TM helix  24.4 
 
 
464 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.239487  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1624  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.4 
 
 
464 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1780  PepSY-associated TM helix domain protein  25.11 
 
 
488 aa  84.3  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.40116 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1570  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.29 
 
 
464 aa  84.3  0.000000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.105469  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11710  uncharacterized iron-regulated membrane protein  23.71 
 
 
486 aa  80.1  0.00000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0768282  normal  0.550676 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.13 
 
 
385 aa  79.3  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  21.32 
 
 
410 aa  78.6  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1654  PepSY-associated TM helix domain protein  25.27 
 
 
479 aa  76.6  0.0000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  23.1 
 
 
405 aa  75.9  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  23.38 
 
 
371 aa  73.9  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2159  peptidase  26.25 
 
 
474 aa  73.6  0.000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  19.9 
 
 
381 aa  71.6  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  21.65 
 
 
388 aa  70.1  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.41 
 
 
369 aa  70.1  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  31.75 
 
 
388 aa  69.3  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  29.52 
 
 
381 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0322  PepSY-associated TM helix  24.18 
 
 
408 aa  66.6  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  24.43 
 
 
397 aa  66.6  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  20.44 
 
 
394 aa  65.1  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  25.29 
 
 
360 aa  65.1  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.54 
 
 
382 aa  63.9  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  23.65 
 
 
362 aa  61.6  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  24.29 
 
 
391 aa  61.6  0.00000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  21.85 
 
 
381 aa  60.8  0.00000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  21.31 
 
 
385 aa  59.7  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  21.92 
 
 
425 aa  57.8  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  25.12 
 
 
406 aa  56.6  0.0000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  21.59 
 
 
840 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  22.97 
 
 
385 aa  55.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  20.89 
 
 
851 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1779  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.29 
 
 
398 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.334456 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  21.5 
 
 
384 aa  54.7  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  22.35 
 
 
783 aa  54.7  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>