More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3753 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3753  23S rRNA methyluridine methyltransferase  100 
 
 		 379 aa  761    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1142  23S rRNA methyluridine methyltransferase  60.58 
 
 		 375 aa  462  1e-129  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000767516 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1285  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  64.29 
 
 		 374 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00745486  normal  0.0225207 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1448  23S rRNA methyluridine methyltransferase  64.91 
 
 		 376 aa  451  1.0000000000000001e-126  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3299  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  59.18 
 
 		 411 aa  435  1e-121  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2390  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.07 
 
 		 382 aa  426  1e-118  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.437044 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4319  23S rRNA methyluridine methyltransferase  59.79 
 
 		 372 aa  415  9.999999999999999e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.255085 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1963  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.87 
 
 		 375 aa  376  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.333439  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2783  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  50.13 
 
 		 375 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.720743  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1697  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.6 
 
 		 376 aa  374  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00864  23S rRNA m(5)U747-methyltransferase  49.87 
 
 		 375 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1713  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  50.65 
 
 		 379 aa  370  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00870  hypothetical protein  49.87 
 
 		 375 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1015  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.21 
 
 		 375 aa  369  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0962  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.87 
 
 		 375 aa  369  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2737  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.87 
 
 		 375 aa  369  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438081  normal  0.757831 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0887  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.87 
 
 		 375 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.848351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0931  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.87 
 
 		 375 aa  371  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1568  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.87 
 
 		 376 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2640  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.87 
 
 		 376 aa  366  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000831969  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1650  23S rRNA methyluridine methyltransferase  50.26 
 
 		 375 aa  368  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2725  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.87 
 
 		 376 aa  366  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2472  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.07 
 
 		 375 aa  362  4e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112425  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2381  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.34 
 
 		 376 aa  357  2.9999999999999997e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.624238  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0987  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.89 
 
 		 375 aa  355  5.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0955  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.76 
 
 		 376 aa  355  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0919  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.89 
 
 		 375 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.983812  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1373  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.21 
 
 		 375 aa  353  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1016  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.63 
 
 		 375 aa  352  5.9999999999999994e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1035  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.11 
 
 		 375 aa  348  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3496  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.68 
 
 		 390 aa  345  8e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3619  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.68 
 
 		 390 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.934094 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3424  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.68 
 
 		 390 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0868  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.42 
 
 		 390 aa  344  2e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14750  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.78 
 
 		 413 aa  343  2e-93  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.247567 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0801  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.12 
 
 		 379 aa  339  4e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3206  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.21 
 
 		 384 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.520782 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0579  23S rRNA methyluridine methyltransferase  43.46 
 
 		 377 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0980  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.97 
 
 		 382 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0817  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.68 
 
 		 384 aa  334  1e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000520531 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.15 
 
 		 384 aa  331  1e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  45.38 
 
 		 375 aa  330  3e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3054  23S rRNA methyluridine methyltransferase  45.12 
 
 		 389 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03620  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.23 
 
 		 388 aa  327  2.0000000000000001e-88  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0630  23S rRNA methyluridine methyltransferase  45.65 
 
 		 384 aa  318  9e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3635  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.37 
 
 		 358 aa  317  2e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21720  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.49 
 
 		 403 aa  311  2e-83  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  33.33 
 
 		 470 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1452  RNA methyltransferase  35.53 
 
 		 495 aa  191  2e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1868  RNA methyltransferase, TrmA family  34.81 
 
 		 485 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  35.47 
 
 		 489 aa  187  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  33.42 
 
 		 493 aa  184  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  31.91 
 
 		 572 aa  169  9e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  31.55 
 
 		 447 aa  169  9e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2309  RNA methyltransferase  32.29 
 
 		 493 aa  160  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.12141  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1355  RNA methyltransferase  29.4 
 
 		 463 aa  155  1e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.547923  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  28.57 
 
 		 452 aa  152  8e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08576  putative RNA methyltransferase  27.2 
 
 		 470 aa  151  2e-35  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.695835  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  30.23 
 
 		 457 aa  150  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3623  RNA methyltransferase, TrmA family  28.43 
 
 		 481 aa  150  5e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  32.69 
 
 		 479 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  28.99 
 
 		 457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  28.05 
 
 		 460 aa  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2157  RNA methyltransferase, TrmA family  28 
 
 		 471 aa  146  7.0000000000000006e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.615925  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2500  RNA methyltransferase  27.39 
 
 		 470 aa  146  7.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2258  RNA methyltransferase, TrmA family  27.32 
 
 		 456 aa  145  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0702589  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  29.97 
 
 		 455 aa  144  2e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  30.95 
 
 		 468 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0862  RNA methyltransferase, TrmA family  28.05 
 
 		 472 aa  142  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  26.15 
 
 		 451 aa  142  7e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  27.7 
 
 		 488 aa  142  8e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  29.09 
 
 		 457 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  26.56 
 
 		 453 aa  139  7e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1095  RNA methyltransferase  28.5 
 
 		 465 aa  139  1e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.31205 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2557  RNA methyltransferase, TrmA family  32.01 
 
 		 466 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1438  RNA methyltransferase  27.91 
 
 		 459 aa  137  3.0000000000000003e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0340  RNA methyltransferase  25.72 
 
 		 446 aa  137  4e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0121257  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  27.49 
 
 		 459 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0005  TrmA family RNA methyltransferase  28.57 
 
 		 468 aa  136  5e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2518  RNA methyltransferase  28.89 
 
 		 479 aa  136  5e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1654  RNA methyltransferase  28.53 
 
 		 554 aa  136  5e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000278759  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.21 
 
 		 401 aa  136  7.000000000000001e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.368035  normal  0.582976 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.75 
 
 		 459 aa  135  8e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  26.75 
 
 		 459 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  26.75 
 
 		 459 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  26.75 
 
 		 459 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.75 
 
 		 459 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2082  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.1 
 
 		 452 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.75 
 
 		 459 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  26.63 
 
 		 459 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3634  23S rRNA methyltransferase/RumA  27.32 
 
 		 460 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.226718 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  26.63 
 
 		 459 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2370  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.17 
 
 		 451 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2909  RNA methyltransferase, TrmA family  29.51 
 
 		 488 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.501194  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  26.21 
 
 		 459 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  27.37 
 
 		 448 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  25.64 
 
 		 458 aa  134  3e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0348  RNA methyltransferase  24.8 
 
 		 455 aa  134  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.359971  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  26.56 
 
 		 459 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000374128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0782  RNA methyltransferase, TrmA family  31.84 
 
 		 456 aa  133  5e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.14607  normal  0.115427 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>