More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0309 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  100 
 
 		 375 aa  777    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0980  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.84 
 
 		 382 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3496  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.31 
 
 		 390 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3424  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.58 
 
 		 390 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0817  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.31 
 
 		 384 aa  461  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000520531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3206  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.31 
 
 		 384 aa  464  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.520782 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.31 
 
 		 384 aa  463  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3619  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.58 
 
 		 390 aa  463  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.934094 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0868  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.05 
 
 		 390 aa  461  1e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0630  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.62 
 
 		 384 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3054  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.58 
 
 		 389 aa  457  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0801  23S rRNA methyluridine methyltransferase  57.98 
 
 		 379 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0579  23S rRNA methyluridine methyltransferase  58.02 
 
 		 377 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3635  23S rRNA methyluridine methyltransferase  60 
 
 		 358 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1568  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.47 
 
 		 376 aa  422  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00864  23S rRNA m(5)U747-methyltransferase  53.87 
 
 		 375 aa  418  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0962  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.13 
 
 		 375 aa  419  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0887  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.67 
 
 		 375 aa  420  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.848351  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00870  hypothetical protein  53.87 
 
 		 375 aa  418  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1015  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.81 
 
 		 375 aa  419  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2737  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.13 
 
 		 375 aa  419  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438081  normal  0.757831 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1373  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.55 
 
 		 375 aa  418  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2783  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  54.13 
 
 		 375 aa  416  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.720743  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2725  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.38 
 
 		 376 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2640  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.38 
 
 		 376 aa  416  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000831969  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0931  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.4 
 
 		 375 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1650  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.6 
 
 		 375 aa  413  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2381  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.67 
 
 		 376 aa  414  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.624238  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1697  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.33 
 
 		 376 aa  408  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2472  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.6 
 
 		 375 aa  411  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112425  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1963  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.21 
 
 		 375 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.333439  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0987  23S rRNA methyluridine methyltransferase  52.14 
 
 		 375 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0919  23S rRNA methyluridine methyltransferase  52.14 
 
 		 375 aa  398  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.983812  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0955  23S rRNA methyluridine methyltransferase  52.14 
 
 		 376 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1016  23S rRNA methyluridine methyltransferase  52.14 
 
 		 375 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1035  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.34 
 
 		 375 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1713  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  51.06 
 
 		 379 aa  382  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2390  23S rRNA methyluridine methyltransferase  45.91 
 
 		 382 aa  349  5e-95  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.437044 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1142  23S rRNA methyluridine methyltransferase  44.39 
 
 		 375 aa  344  1e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000767516 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1285  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  45.33 
 
 		 374 aa  334  2e-90  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00745486  normal  0.0225207 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4319  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.26 
 
 		 372 aa  334  2e-90  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.255085 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3753  23S rRNA methyluridine methyltransferase  45.38 
 
 		 379 aa  330  2e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3299  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  42.82 
 
 		 411 aa  305  9.000000000000001e-82  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1448  23S rRNA methyluridine methyltransferase  43.88 
 
 		 376 aa  304  1.0000000000000001e-81  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03620  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.77 
 
 		 388 aa  291  1e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14750  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.26 
 
 		 413 aa  268  1e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.247567 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21720  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.58 
 
 		 403 aa  233  5e-60  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  31.71 
 
 		 470 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1868  RNA methyltransferase, TrmA family  30.18 
 
 		 485 aa  176  9e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  29.87 
 
 		 493 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1452  RNA methyltransferase  30.21 
 
 		 495 aa  168  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  28.27 
 
 		 489 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2309  RNA methyltransferase  31.02 
 
 		 493 aa  166  5e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.12141  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  27.11 
 
 		 459 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  28.46 
 
 		 457 aa  158  1e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  26.05 
 
 		 460 aa  157  3e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  26.19 
 
 		 458 aa  156  6e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  26.46 
 
 		 458 aa  156  6e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  26.19 
 
 		 458 aa  156  6e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  26.19 
 
 		 458 aa  155  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  26.19 
 
 		 458 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  27.39 
 
 		 471 aa  154  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  26.26 
 
 		 458 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  26.19 
 
 		 458 aa  153  5.9999999999999996e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  26.12 
 
 		 452 aa  152  8.999999999999999e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  25.93 
 
 		 458 aa  152  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  25.93 
 
 		 454 aa  150  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  25.93 
 
 		 454 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  25.93 
 
 		 460 aa  149  6e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  30.51 
 
 		 455 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2903  RNA methyltransferase, TrmA family  28.08 
 
 		 438 aa  148  2.0000000000000003e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  28.28 
 
 		 488 aa  146  5e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  26.17 
 
 		 453 aa  144  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  28.05 
 
 		 572 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1438  RNA methyltransferase  28.69 
 
 		 459 aa  144  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  26.17 
 
 		 453 aa  144  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  28.62 
 
 		 447 aa  143  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1235  RNA methyltransferase, TrmA family  29.5 
 
 		 462 aa  143  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1435  RNA methyltransferase  26.6 
 
 		 456 aa  142  7e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  29.41 
 
 		 453 aa  142  7e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  28.4 
 
 		 479 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  26.33 
 
 		 468 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.63 
 
 		 401 aa  140  4.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.368035  normal  0.582976 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1654  RNA methyltransferase  26.4 
 
 		 554 aa  139  7e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000278759  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0862  RNA methyltransferase, TrmA family  28.75 
 
 		 472 aa  139  7.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  26.7 
 
 		 468 aa  139  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03000  RNA methyltransferase, TrmA family  26.74 
 
 		 453 aa  138  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  24.81 
 
 		 453 aa  138  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0423  tRNA methyltransferase, TrmA family  28.19 
 
 		 439 aa  136  6.0000000000000005e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  23.48 
 
 		 458 aa  136  7.000000000000001e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  27.24 
 
 		 454 aa  135  9e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  28.46 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1649  RNA methyltransferase  25.66 
 
 		 439 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2258  RNA methyltransferase, TrmA family  26.33 
 
 		 456 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0702589  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4083  RNA methyltransferase, TrmA family  26.37 
 
 		 461 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  28.17 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4122  RNA methyltransferase, TrmA family  26.37 
 
 		 461 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.840048 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  23.75 
 
 		 459 aa  134  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  23.75 
 
 		 459 aa  134  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  23.75 
 
 		 459 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>