More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_03620 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_03620  23S rRNA methyluridine methyltransferase  100 
 
 		 388 aa  768    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2390  23S rRNA methyluridine methyltransferase  48.46 
 
 		 382 aa  358  9.999999999999999e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.437044 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4319  23S rRNA methyluridine methyltransferase  51.79 
 
 		 372 aa  345  8.999999999999999e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.255085 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1285  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  49.62 
 
 		 374 aa  343  2e-93  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00745486  normal  0.0225207 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1142  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.3 
 
 		 375 aa  338  7e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000767516 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3753  23S rRNA methyluridine methyltransferase  49.23 
 
 		 379 aa  335  7.999999999999999e-91  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3299  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  45.15 
 
 		 411 aa  318  9e-86  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00864  23S rRNA m(5)U747-methyltransferase  42.42 
 
 		 375 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00870  hypothetical protein  42.42 
 
 		 375 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1568  23S rRNA methyluridine methyltransferase  43.67 
 
 		 376 aa  309  5.9999999999999995e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0962  23S rRNA methyluridine methyltransferase  42.42 
 
 		 375 aa  308  9e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2737  23S rRNA methyluridine methyltransferase  42.42 
 
 		 375 aa  308  9e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438081  normal  0.757831 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0980  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.58 
 
 		 382 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1713  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  43.48 
 
 		 379 aa  306  3e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1697  23S rRNA methyluridine methyltransferase  42.67 
 
 		 376 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1015  23S rRNA methyluridine methyltransferase  42.42 
 
 		 375 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0887  23S rRNA methyluridine methyltransferase  42.16 
 
 		 375 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.848351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0931  23S rRNA methyluridine methyltransferase  42.16 
 
 		 375 aa  305  6e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2640  23S rRNA methyluridine methyltransferase  43.67 
 
 		 376 aa  305  8.000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000831969  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2725  23S rRNA methyluridine methyltransferase  43.67 
 
 		 376 aa  305  8.000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2783  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  41.9 
 
 		 375 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.720743  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1448  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.13 
 
 		 376 aa  300  2e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.77 
 
 		 375 aa  301  2e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2381  23S rRNA methyluridine methyltransferase  43.19 
 
 		 376 aa  300  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.624238  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1963  23S rRNA methyluridine methyltransferase  42.16 
 
 		 375 aa  301  2e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.333439  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2472  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.65 
 
 		 375 aa  299  6e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112425  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0579  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.1 
 
 		 377 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3054  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.03 
 
 		 389 aa  297  2e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0868  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.92 
 
 		 390 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3206  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.56 
 
 		 384 aa  296  5e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.520782 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0801  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.28 
 
 		 379 aa  295  7e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1650  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.28 
 
 		 375 aa  295  8e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3424  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.92 
 
 		 390 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3619  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.92 
 
 		 390 aa  295  1e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.934094 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14750  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.74 
 
 		 413 aa  294  2e-78  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.247567 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3496  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.66 
 
 		 390 aa  294  2e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0817  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.31 
 
 		 384 aa  294  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000520531 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.31 
 
 		 384 aa  293  3e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1373  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.28 
 
 		 375 aa  293  3e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0630  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.94 
 
 		 384 aa  293  4e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0955  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.54 
 
 		 376 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0987  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.39 
 
 		 375 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0919  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.39 
 
 		 375 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.983812  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1016  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.39 
 
 		 375 aa  286  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1035  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.87 
 
 		 375 aa  284  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3635  23S rRNA methyluridine methyltransferase  40.05 
 
 		 358 aa  276  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21720  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.69 
 
 		 403 aa  258  9e-68  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1868  RNA methyltransferase, TrmA family  30.2 
 
 		 485 aa  159  7e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2309  RNA methyltransferase  31.11 
 
 		 493 aa  158  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.12141  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  30.05 
 
 		 489 aa  150  4e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  30.48 
 
 		 488 aa  144  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  25.46 
 
 		 470 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0862  RNA methyltransferase, TrmA family  27.03 
 
 		 472 aa  142  7e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  28.68 
 
 		 457 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  27.08 
 
 		 459 aa  141  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  26.82 
 
 		 459 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1985  RNA methyltransferase  26.1 
 
 		 453 aa  140  4.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1951  RNA methyltransferase  26.1 
 
 		 453 aa  140  4.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.602794  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.3 
 
 		 459 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  26.82 
 
 		 459 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  26.82 
 
 		 459 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.82 
 
 		 459 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.82 
 
 		 459 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  26.37 
 
 		 459 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000374128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  28.02 
 
 		 459 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  26.7 
 
 		 459 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  26.7 
 
 		 459 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  27.96 
 
 		 460 aa  137  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0455  RNA methyltransferase, TrmA family  26.07 
 
 		 451 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2261  RNA methyltransferase  28.57 
 
 		 457 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000592232  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  24.81 
 
 		 458 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.68 
 
 		 401 aa  134  1.9999999999999998e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.368035  normal  0.582976 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2060  RNA methyltransferase  29.82 
 
 		 468 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.23059 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  26.79 
 
 		 572 aa  134  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1435  RNA methyltransferase  26.03 
 
 		 456 aa  134  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  27.2 
 
 		 493 aa  132  9e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3623  RNA methyltransferase, TrmA family  26.75 
 
 		 481 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  26.19 
 
 		 447 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0406  RNA methyltransferase  24.87 
 
 		 387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.59395  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  25.69 
 
 		 468 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1438  RNA methyltransferase  27.48 
 
 		 459 aa  127  3e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0633  RNA methyltransferase  28.52 
 
 		 451 aa  127  4.0000000000000003e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.449857  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1654  RNA methyltransferase  28.17 
 
 		 554 aa  126  6e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000278759  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  28.61 
 
 		 479 aa  126  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2157  RNA methyltransferase, TrmA family  24.75 
 
 		 471 aa  124  3e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.615925  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2909  RNA methyltransferase, TrmA family  26.02 
 
 		 488 aa  124  3e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.501194  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2737  RNA methyltransferase  25.67 
 
 		 476 aa  124  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  25.19 
 
 		 458 aa  124  4e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  25.19 
 
 		 458 aa  124  4e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2370  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27 
 
 		 451 aa  123  5e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2082  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27 
 
 		 452 aa  123  5e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1493  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  26.97 
 
 		 450 aa  123  5e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00115343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1355  RNA methyltransferase  26.83 
 
 		 463 aa  123  6e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.547923  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0643  RNA methyltransferase, TrmA family  24.31 
 
 		 466 aa  123  6e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  26.14 
 
 		 453 aa  123  6e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2518  RNA methyltransferase  25 
 
 		 479 aa  123  7e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  25.06 
 
 		 458 aa  122  9e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0703  RNA methyltransferase, TrmA family  25 
 
 		 448 aa  122  9e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  25.06 
 
 		 458 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  25.06 
 
 		 458 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>