112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmar_0257 on replicon NC_010085
Organism: Nitrosopumilus maritimus SCM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010085  Nmar_0257  PadR-like family transcriptional regulator  100 
 
 		 169 aa  338  2e-92  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.688935 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2108  transcriptional regulator, PadR-like family  35.54 
 
 		 251 aa  72  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.48804 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2866  transcriptional regulator, PadR-like family  42.86 
 
 		 135 aa  70.5  0.00000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1087  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 144 aa  68.6  0.00000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.7443 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1530  PadR-like family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 159 aa  64.7  0.0000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.210269 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3199  transcriptional regulator, PadR-like family  48.61 
 
 		 277 aa  64.7  0.0000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0038  PadR-like family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 141 aa  63.5  0.000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3245  transcriptional regulator, PadR-like family  34.26 
 
 		 206 aa  62  0.000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4033  transcriptional regulator, PadR-like family  34.19 
 
 		 255 aa  61.2  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.878781  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2278  PadR-like family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 203 aa  61.2  0.000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0846058  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0953  PadR-like family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.0000151261  hitchhiker  0.000286609 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1748  transcriptional regulator, PadR-like family  30.43 
 
 		 217 aa  61.2  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000246986  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1365  transcriptional regulator, PadR-like family  45.83 
 
 		 183 aa  60.8  0.000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6747  transcriptional regulator protein-like protein  35.4 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0411  PadR-like family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5239  PadR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 213 aa  57.4  0.00000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2305  transcriptional regulator, PadR-like family  35.07 
 
 		 250 aa  57.4  0.00000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5903  transcriptional regulator, PadR-like family  30.82 
 
 		 316 aa  57.4  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.33122  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  42.68 
 
 		 131 aa  57.4  0.0000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.735179  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4871  PadR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4960  PadR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1330  PadR-like family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 240 aa  57  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.855689  normal  0.544163 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1371  PadR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 151 aa  57.4  0.0000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.114848 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3835  transcriptional regulator, PadR-like family  41.11 
 
 		 263 aa  57  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0380451  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1147  PadR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0565  PadR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 154 aa  56.2  0.0000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3465  transcriptional regulator, PadR-like family  42.65 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.236404 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3684  transcriptional regulator, PadR-like family  35.05 
 
 		 371 aa  55.1  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5462  PadR-like family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 249 aa  55.1  0.0000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802601 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2053  transcriptional regulator, PadR-like family  39.08 
 
 		 180 aa  54.3  0.0000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000846941 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3486  PadR family transcriptional regulator  35 
 
 		 155 aa  53.5  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.179924 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4612  PadR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 234 aa  53.9  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.415527  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0905  PadR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 226 aa  53.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.760063  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6014  PadR-like family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 325 aa  53.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0871441  normal  0.166118 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3876  PadR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 226 aa  53.5  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483976  normal  0.0238497 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0961  PadR-like family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 226 aa  53.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4102  transcriptional regulator, PadR-like family  39.34 
 
 		 277 aa  53.5  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.615501 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00550  predicted transcriptional regulator  28.68 
 
 		 271 aa  53.5  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.100515 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1401  PadR-like family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 141 aa  52.8  0.000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3031  transcriptional regulator, PadR-like family  29.86 
 
 		 150 aa  52.8  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  28.45 
 
 		 210 aa  52.4  0.000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0106416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  32.2 
 
 		 191 aa  52  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0619  PadR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 305 aa  51.6  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.224139  normal  0.712803 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1309  PadR-like family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 189 aa  51.6  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.123604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2852  transcriptional regulator, PadR-like family  33.64 
 
 		 191 aa  51.2  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0868  PadR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 131 aa  51.2  0.000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.343891 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0563  PadR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 268 aa  50.8  0.000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0525  PadR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 176 aa  51.2  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00520723  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0164  PadR-like family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 200 aa  50.8  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.924623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1033  transcriptional regulator, PadR-like family  43.94 
 
 		 219 aa  50.8  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.333889 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2218  PadR-like family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 201 aa  49.3  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0332855  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2037  transcriptional regulator, PadR-like family  41.86 
 
 		 191 aa  49.7  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.418536 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3476  transcriptional regulator, PadR-like family  40.62 
 
 		 205 aa  49.7  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133107  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1415  PadR-like family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 209 aa  48.9  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0796  transcriptional regulator, PadR-like family  32.28 
 
 		 195 aa  49.3  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2892  PadR-like family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 247 aa  48.1  0.00005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.293055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5885  transcriptional regulator, PadR-like family  42.59 
 
 		 334 aa  48.1  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03708  hypothetical protein  31.25 
 
 		 218 aa  47.8  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0529  PadR-like family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 215 aa  47.8  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85519  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3121  transcriptional regulator, PadR-like family  37.18 
 
 		 191 aa  47.4  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1021  transcriptional regulator, PadR-like family  32.26 
 
 		 148 aa  47.4  0.0001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1303  PadR-like family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 156 aa  47.4  0.0001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.213126  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1507  transcriptional regulator, PadR-like family  35.9 
 
 		 175 aa  47  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02940  predicted transcriptional regulator  39.19 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0630  transcriptional regulator, PadR-like family  39.19 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.870897  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3227  PadR-like family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.381918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3252  PadR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3537  PadR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.113716  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1242  PadR-like family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 218 aa  46.6  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000724616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0629  PadR-like family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3365  PadR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.230818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4384  transcriptional regulator, PadR family  39.19 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.19199  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02890  hypothetical protein  39.19 
 
 		 207 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0982  PadR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 182 aa  45.8  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3507  transcriptional regulator, PadR family  39.19 
 
 		 207 aa  45.8  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2546  PadR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 214 aa  45.1  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.242238  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5629  transcriptional regulator, PadR-like family  28.57 
 
 		 287 aa  45.1  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.710483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8287  transcriptional regulator protein-like protein  28.97 
 
 		 243 aa  45.1  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5141  PadR-like family transcriptional regulator  30 
 
 		 237 aa  44.7  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.244499  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5718  PadR-like family transcriptional regulator  30 
 
 		 237 aa  44.7  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.86173  normal  0.252047 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0792  PadR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 157 aa  44.7  0.0006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4521  PadR-like family transcriptional regulator  30 
 
 		 237 aa  44.7  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0247  PadR-like family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 157 aa  44.7  0.0006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.917894 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4987  PadR-like family transcriptional regulator  30 
 
 		 237 aa  44.3  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3130  PadR-like family transcriptional regulator  30 
 
 		 237 aa  44.7  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3162  PadR family transcriptional regulator  30 
 
 		 236 aa  44.3  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3954  transcriptional regulator, PadR-like family  31.25 
 
 		 219 aa  44.3  0.0008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.564811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4067  transcriptional regulator, PadR-like family  31.25 
 
 		 219 aa  44.3  0.0008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.690798 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1213  transcriptional regulator, PadR-like family  35.85 
 
 		 202 aa  43.5  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1327  PadR-like family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 162 aa  43.9  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00110327  decreased coverage  0.00407043 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0311  PadR-like family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 159 aa  43.9  0.001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0626  PadR-like family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 150 aa  43.9  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0651  PadR-like family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 150 aa  43.9  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.991167  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7568  transcriptional regulator, PadR-like family  34.18 
 
 		 277 aa  43.9  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3678  transcriptional regulator, PadR-like family  29.91 
 
 		 238 aa  43.9  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2833  PadR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2519  PadR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1141  transcriptional regulator, PadR-like family  30.19 
 
 		 151 aa  42.7  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1409  transcriptional regulator protein  27.97 
 
 		 204 aa  43.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0881  PadR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 208 aa  42  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.656788  normal  0.721066 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>