166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2246 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_2246  Ku protein  100 
 
 		 340 aa  666    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.362635 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01770  Ku protein  40.58 
 
 		 346 aa  220  1.9999999999999999e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0997  Ku protein  32.09 
 
 		 264 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3084  Ku protein  32.31 
 
 		 284 aa  145  9e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2952  Ku protein  35.82 
 
 		 274 aa  144  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0023428  hitchhiker  0.000343004 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2838  hypothetical protein  28.03 
 
 		 259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0364  Ku protein  31.32 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.135034  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3969  Ku domain-containing protein  32.97 
 
 		 344 aa  139  7.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.490752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4353  Ku family containing protein  32.6 
 
 		 344 aa  139  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.618075 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5475  Ku protein  33.59 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110297 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1814  Ku protein  33.07 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0552397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0921  Ku family containing protein  33.68 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.4753  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3805  DNA end-binding protein Ku  36.05 
 
 		 396 aa  134  3e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.683793  normal  0.320133 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0189  hypothetical DNA-binding protein  28.68 
 
 		 284 aa  134  3e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0127  Ku protein  32.95 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5247  Ku protein  31.79 
 
 		 347 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0342675  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2003  Ku domain-containing protein  29.64 
 
 		 280 aa  132  6e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0502  Ku protein  33 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0488801 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0594  Ku domain-containing protein  33.33 
 
 		 283 aa  132  6.999999999999999e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0137  Ku protein  31.37 
 
 		 259 aa  132  9e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2329  Ku-domain-containing protein  29.53 
 
 		 335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.831159  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3917  hypothetical protein  31.5 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1712  Ku protein  26.88 
 
 		 254 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.817891  hitchhiker  0.000191736 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1902  Ku protein  36.43 
 
 		 330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2607  DNA end-binding protein Ku  29.37 
 
 		 290 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36760  KU domain-containing protein  32.41 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.648282 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2134  Ku protein  28.31 
 
 		 274 aa  131  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5611  Ku domain-containing protein  32.89 
 
 		 335 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6072  Ku protein  32.89 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0823424 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1347  Ku domain-containing protein  32.13 
 
 		 339 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0473966  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6482  Ku domain-containing protein  32.13 
 
 		 339 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2520  Ku domain-containing protein  31.48 
 
 		 375 aa  129  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3719  Ku protein  27.24 
 
 		 285 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000216795  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3465  KU domain protein  30.69 
 
 		 299 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.674832  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1857  Ku domain protein  29.89 
 
 		 333 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.195497 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4917  Ku domain-containing protein  30.86 
 
 		 306 aa  129  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.833698  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0953  Ku domain-containing protein  25.47 
 
 		 270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0980  Ku protein  30.55 
 
 		 324 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2119  Ku protein  32.81 
 
 		 343 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0642435  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3491  hypothetical protein  31.56 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3304  Ku domain-containing protein  25.67 
 
 		 259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.418406  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0202  Ku protein  34.21 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0376424  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1008  Ku family containing protein  34.48 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.140174  hitchhiker  0.00609843 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6341  Ku protein  32.46 
 
 		 335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.198926 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1337  Ku70/Ku80 beta-barrel domain-containing protein  32.49 
 
 		 367 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3113  Ku protein  32.49 
 
 		 368 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2989  Ku protein  32.49 
 
 		 368 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0677507  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3216  Ku domain-containing protein  33.33 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.437219 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2990  Ku protein  33.73 
 
 		 286 aa  126  5e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.575135  normal  0.987869 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0652  Ku protein  33.57 
 
 		 295 aa  126  5e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2246  putative Ku-like DNA-end-binding protein  28.87 
 
 		 299 aa  126  6e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3002  hypothetical protein  30.84 
 
 		 311 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0841521  normal  0.430535 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1209  Ku protein  35.97 
 
 		 273 aa  126  6e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.580217  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4531  Ku protein  33.33 
 
 		 316 aa  126  7e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.452627  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3871  hypothetical protein  28.68 
 
 		 312 aa  125  8.000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.316651  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1122  hypothetical protein  27.95 
 
 		 276 aa  125  8.000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3246  Ku  31.44 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.208031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0489  Ku protein  33.33 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.288787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1335  Ku protein  31.33 
 
 		 347 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0698  Ku-like protein  30.04 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1151  Ku domain-containing protein  29.74 
 
 		 270 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2506  Ku family containing protein  32.16 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3156  Ku protein  33.19 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.119299  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1234  DNA end-binding protein Ku  32.6 
 
 		 331 aa  124  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2524  Ku domain-containing protein  31.33 
 
 		 347 aa  124  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000225561 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1826  Ku domain-containing protein  30.83 
 
 		 328 aa  124  3e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2613  Ku  32.61 
 
 		 286 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54306 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5142  Ku protein  28.28 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0577  Ku  28.3 
 
 		 349 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0154  hypothetical protein  28.97 
 
 		 328 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3255  hypothetical protein  31.77 
 
 		 273 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0605236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0391  Ku protein  26.32 
 
 		 331 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0497  Ku protein  32.91 
 
 		 341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1176  Ku  27.18 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.336283  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3324  hypothetical protein  30.16 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4361  Ku family containing protein  30.27 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1894  Ku domain-containing protein  30.53 
 
 		 310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.566888 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0025  Ku protein  29.5 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.520285  hitchhiker  0.00000000787139 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1021  Ku protein  33.91 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0311227  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3065  hypothetical protein  28.19 
 
 		 321 aa  119  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.012759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3417  Ku domain containing protein  36.16 
 
 		 286 aa  119  9e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.925538  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4361  DNA end-binding protein Ku  31.06 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.511078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4447  DNA end-binding protein Ku  31.06 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28682  normal  0.0562745 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4741  DNA end-binding protein Ku  31.06 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.079051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10955  hypothetical protein  29.67 
 
 		 273 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1650  Ku protein  34.36 
 
 		 274 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.475711  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1024  Ku protein  33.77 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3686  Ku  28.47 
 
 		 291 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6331  hypothetical protein  29.5 
 
 		 293 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.120205 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0124  Ku protein  29.62 
 
 		 259 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0141  Ku protein  29.62 
 
 		 259 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1149  Ku domain-containing protein  30.28 
 
 		 281 aa  116  6.9999999999999995e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13080  DNA end-binding protein Ku  31.33 
 
 		 332 aa  115  7.999999999999999e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.467677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0963  DNA end-binding protein Ku  33.48 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7047  Ku protein  28.77 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.616024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2640  Ku protein  30.94 
 
 		 273 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.536145  normal  0.612342 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2656  Ku protein  30.19 
 
 		 282 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1875  Ku-like protein  29.76 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0388482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0450  hypothetical protein  29.07 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4340  Ku protein  30.26 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00918042 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>