More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00350 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00350  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 		 248 aa  518  1e-146  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1602  hydrogenase accessory protein HypB  55.6 
 
 		 283 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1383  hydrogenase accessory protein HypB  55.74 
 
 		 268 aa  258  5.0000000000000005e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0873622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1666  hydrogenase accessory protein HypB  54.7 
 
 		 268 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.742103  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  53.09 
 
 		 277 aa  252  3e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2488  hydrogenase accessory protein HypB  52.48 
 
 		 308 aa  246  3e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248349 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0302  hydrogenase accessory protein HypB  57.14 
 
 		 296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  46.44 
 
 		 250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0175  hydrogenase nickel incorporation protein  48.19 
 
 		 279 aa  232  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0652  hydrogenase accessory protein HypB  48.32 
 
 		 247 aa  230  2e-59  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0726  hydrogenase accessory protein HypB  47.48 
 
 		 247 aa  229  4e-59  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.932617  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  56.06 
 
 		 278 aa  228  5e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1046  hydrogenase accessory protein HypB  48.1 
 
 		 246 aa  228  8e-59  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.432152  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0791  hydrogenase accessory protein HypB  47.76 
 
 		 244 aa  226  2e-58  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.557711  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0871  hydrogenase accessory protein HypB  47.79 
 
 		 283 aa  215  5e-55  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0933  hydrogenase accessory protein HypB  50.96 
 
 		 262 aa  214  8e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1096  hydrogenase accessory protein HypB  49.29 
 
 		 270 aa  213  2.9999999999999995e-54  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.445318  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  45.87 
 
 		 244 aa  210  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1816  hydrogenase accessory protein HypB  48.94 
 
 		 253 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2161  hydrogenase accessory protein HypB  48.94 
 
 		 253 aa  210  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2043  hydrogenase accessory protein HypB  47.18 
 
 		 253 aa  209  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1430  hydrogenase accessory protein HypB  48.17 
 
 		 266 aa  209  3e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1949  hydrogenase accessory protein HypB  47.47 
 
 		 253 aa  208  5e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  49.52 
 
 		 286 aa  208  7e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1893  hydrogenase accessory protein HypB  49.29 
 
 		 295 aa  208  8e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  47.11 
 
 		 326 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1398  hydrogenase accessory protein HypB  46.7 
 
 		 246 aa  206  4e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1871  hydrogenase accessory protein HypB  47.64 
 
 		 253 aa  206  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  46.33 
 
 		 276 aa  205  5e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2093  hydrogenase accessory protein HypB  46.47 
 
 		 264 aa  204  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0305  hydrogenase accessory protein HypB  45.24 
 
 		 254 aa  203  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1836  hydrogenase accessory protein HypB  46.03 
 
 		 260 aa  202  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  46.12 
 
 		 220 aa  201  7e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0499  hydrogenase accessory protein HypB  42.24 
 
 		 284 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312614  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0471  hydrogenase accessory protein HypB  42.24 
 
 		 281 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.881132  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2482  hydrogenase accessory protein HypB  43.72 
 
 		 239 aa  199  3e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  44.5 
 
 		 281 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2109  hydrogenase accessory protein HypB  47.9 
 
 		 239 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.432968  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1673  hydrogenase accessory protein HypB  45.12 
 
 		 258 aa  199  5e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  45.7 
 
 		 352 aa  198  7e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0171  hydrogenase accessory protein HypB  45.37 
 
 		 303 aa  198  7e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.452603  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  47.85 
 
 		 237 aa  198  7e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  48.34 
 
 		 303 aa  198  9e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3165  hydrogenase accessory protein HypB  44.24 
 
 		 218 aa  197  9e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0461052 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1902  hydrogenase accessory protein HypB  46.58 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000389713 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1307  hydrogenase accessory protein HypB  45.62 
 
 		 219 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00162338  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1908  hydrogenase accessory protein HypB  49.52 
 
 		 277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.121577  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0718  hydrogenase accessory protein HypB  44.05 
 
 		 257 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  44.05 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1759  hydrogenase accessory protein HypB  49.52 
 
 		 277 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  47.85 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_002936  DET1431  hydrogenase accessory protein HypB  48.11 
 
 		 217 aa  196  3e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3881  hydrogenase accessory protein HypB  40.45 
 
 		 267 aa  196  3e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.675088  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1883  hydrogenase accessory protein HypB  54.89 
 
 		 281 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1213  hydrogenase accessory protein HypB  48.11 
 
 		 218 aa  196  3e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0929883  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1239  hydrogenase accessory protein HypB  46.82 
 
 		 217 aa  196  3e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3761  hydrogenase accessory protein HypB  47.87 
 
 		 307 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1915  hydrogenase accessory protein HypB  49.05 
 
 		 281 aa  195  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.228802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3748  hydrogenase accessory protein HypB  45.97 
 
 		 319 aa  195  6e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2027  hydrogenase accessory protein HypB  44.8 
 
 		 253 aa  195  7e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0929  hydrogenase accessory protein HypB  46.63 
 
 		 224 aa  194  8.000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.367308 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2411  hydrogenase accessory protein HypB  49.05 
 
 		 285 aa  194  9e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0449174  decreased coverage  0.00000969961 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08010  hydrogenase accessory protein HypB  42.86 
 
 		 273 aa  194  1e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4012  hydrogenase accessory protein HypB  45.87 
 
 		 225 aa  194  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.89 
 
 		 290 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.89 
 
 		 290 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.89 
 
 		 290 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3214  hydrogenase accessory protein HypB  46.15 
 
 		 303 aa  192  3e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.89 
 
 		 290 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2395  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  41.06 
 
 		 252 aa  192  4e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0504  hydrogenase accessory protein HypB  41.81 
 
 		 280 aa  192  4e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  43.84 
 
 		 279 aa  192  4e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0438  hydrogenase accessory protein HypB  44.39 
 
 		 284 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.408549 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0427  hydrogenase accessory protein HypB  44.39 
 
 		 284 aa  192  6e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1169  hydrogenase accessory protein HypB  46.23 
 
 		 268 aa  191  7e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2445  hydrogenase accessory protein HypB  42.58 
 
 		 323 aa  191  8e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.120884 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  41.57 
 
 		 266 aa  191  9e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  41.57 
 
 		 267 aa  191  9e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3922  hydrogenase accessory protein HypB  46.45 
 
 		 322 aa  191  9e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.320935  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  46.79 
 
 		 275 aa  191  1e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2007  hydrogenase nickel incorporation  45.75 
 
 		 321 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3133  hydrogenase accessory protein HypB  48.82 
 
 		 282 aa  191  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4943  hydrogenase accessory protein HypB  43.98 
 
 		 225 aa  190  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000345448  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  41.06 
 
 		 252 aa  189  2e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2183  hydrogenase accessory protein HypB  48.13 
 
 		 313 aa  190  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.177735  normal  0.20266 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1129  hydrogenase accessory protein HypB  48.34 
 
 		 273 aa  190  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2552  hydrogenase accessory protein HypB  44.16 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.146085  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  46.41 
 
 		 290 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  46.41 
 
 		 290 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.41 
 
 		 290 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  46.41 
 
 		 290 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.41 
 
 		 290 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.41 
 
 		 290 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.41 
 
 		 290 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  43.75 
 
 		 218 aa  189  4e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.41 
 
 		 290 aa  188  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1079  hydrogenase accessory protein HypB  46.76 
 
 		 297 aa  189  5e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0788642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.41 
 
 		 290 aa  189  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0475  hydrogenase accessory protein HypB  45.81 
 
 		 288 aa  188  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.600099 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  43.67 
 
 		 312 aa  188  8e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>