More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1759 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1759  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 		 277 aa  563  1e-160  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1915  hydrogenase accessory protein HypB  74.37 
 
 		 281 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.228802  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2093  hydrogenase accessory protein HypB  74.28 
 
 		 264 aa  403  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1908  hydrogenase accessory protein HypB  76.01 
 
 		 277 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.121577  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1816  hydrogenase accessory protein HypB  74.63 
 
 		 253 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1836  hydrogenase accessory protein HypB  71.84 
 
 		 260 aa  393  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2161  hydrogenase accessory protein HypB  74.63 
 
 		 253 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1902  hydrogenase accessory protein HypB  72.36 
 
 		 252 aa  393  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000389713 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1883  hydrogenase accessory protein HypB  75.09 
 
 		 281 aa  387  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2411  hydrogenase accessory protein HypB  73.67 
 
 		 285 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0449174  decreased coverage  0.00000969961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1871  hydrogenase accessory protein HypB  73.9 
 
 		 253 aa  390  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2027  hydrogenase accessory protein HypB  68 
 
 		 253 aa  383  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2109  hydrogenase accessory protein HypB  66.55 
 
 		 239 aa  369  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.432968  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1673  hydrogenase accessory protein HypB  64.94 
 
 		 258 aa  352  4e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1430  hydrogenase accessory protein HypB  60.66 
 
 		 266 aa  327  1.0000000000000001e-88  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  57.35 
 
 		 278 aa  314  9.999999999999999e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2043  hydrogenase accessory protein HypB  56.68 
 
 		 253 aa  312  3.9999999999999997e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0933  hydrogenase accessory protein HypB  53.45 
 
 		 262 aa  293  2e-78  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1096  hydrogenase accessory protein HypB  53.87 
 
 		 270 aa  291  6e-78  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.445318  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1893  hydrogenase accessory protein HypB  58.26 
 
 		 295 aa  285  5.999999999999999e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0871  hydrogenase accessory protein HypB  54.68 
 
 		 283 aa  280  2e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0791  hydrogenase accessory protein HypB  53.26 
 
 		 244 aa  267  2e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.557711  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0652  hydrogenase accessory protein HypB  52.81 
 
 		 247 aa  261  1e-68  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0726  hydrogenase accessory protein HypB  52.06 
 
 		 247 aa  260  2e-68  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.932617  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1046  hydrogenase accessory protein HypB  51.69 
 
 		 246 aa  260  2e-68  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.432152  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  48.72 
 
 		 250 aa  246  3e-64  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0302  hydrogenase accessory protein HypB  47.9 
 
 		 296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  55.87 
 
 		 277 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0175  hydrogenase nickel incorporation protein  46.18 
 
 		 279 aa  236  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1383  hydrogenase accessory protein HypB  51.33 
 
 		 268 aa  225  7e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0873622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1666  hydrogenase accessory protein HypB  53.74 
 
 		 268 aa  222  4.9999999999999996e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.742103  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1602  hydrogenase accessory protein HypB  44.73 
 
 		 283 aa  219  3e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2552  hydrogenase accessory protein HypB  49.54 
 
 		 242 aa  215  8e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.146085  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.19 
 
 		 303 aa  209  3e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  40.85 
 
 		 293 aa  209  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2488  hydrogenase accessory protein HypB  54.72 
 
 		 308 aa  209  4e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248349 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  38.89 
 
 		 352 aa  209  5e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  41.16 
 
 		 292 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1417  hydrogenase accessory protein HypB  42.69 
 
 		 394 aa  209  5e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  41.97 
 
 		 267 aa  206  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2445  hydrogenase accessory protein HypB  39.67 
 
 		 323 aa  206  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.120884 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  41.97 
 
 		 266 aa  206  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2395  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.49 
 
 		 252 aa  204  1e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  39.24 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  39.24 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  39.24 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.55 
 
 		 252 aa  203  2e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  39.24 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  47.25 
 
 		 301 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  39.24 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  39.24 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  39.24 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  37.66 
 
 		 326 aa  202  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  38.89 
 
 		 290 aa  202  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  39.93 
 
 		 290 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  39.24 
 
 		 290 aa  202  5e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  39.93 
 
 		 290 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  39.93 
 
 		 290 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  39.93 
 
 		 290 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0534  hydrogenase accessory protein HypB  40.21 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2527  hydrogenase accessory protein HypB  47.25 
 
 		 407 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.455957  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  46.92 
 
 		 220 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1080  hydrogenase accessory protein HypB  50.73 
 
 		 234 aa  200  1.9999999999999998e-50  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.130841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1079  hydrogenase accessory protein HypB  41.45 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0788642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0506  NI2+-binding GTPase protein HypB  40.49 
 
 		 289 aa  198  7e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  37.94 
 
 		 279 aa  198  7e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  39.58 
 
 		 290 aa  198  7e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00350  hydrogenase accessory protein HypB  53.8 
 
 		 248 aa  198  7.999999999999999e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1949  hydrogenase accessory protein HypB  49.28 
 
 		 253 aa  198  9e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0171  hydrogenase accessory protein HypB  38.69 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.452603  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1963  hydrogenase accessory protein HypB  39.79 
 
 		 328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2007  hydrogenase nickel incorporation  45.58 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1938  hydrogenase accessory protein HypB  44.17 
 
 		 283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.1209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1213  hydrogenase accessory protein HypB  45.71 
 
 		 218 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0929883  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  45.7 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_002936  DET1431  hydrogenase accessory protein HypB  46.19 
 
 		 217 aa  196  3e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2815  hydrogenase-3 accessory protein, assembly of metallocenter  39.04 
 
 		 345 aa  196  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2157  hydrogenase accessory protein HypB  40.14 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126874  normal  0.122693 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1160  hydrogenase accessory protein HypB  44.94 
 
 		 313 aa  196  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3922  hydrogenase accessory protein HypB  44.07 
 
 		 322 aa  196  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.320935  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2357  hydrogenase accessory protein HypB  43.36 
 
 		 254 aa  196  3e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142835 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3881  hydrogenase accessory protein HypB  38.77 
 
 		 267 aa  196  4.0000000000000005e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.675088  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  46.63 
 
 		 237 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  46.51 
 
 		 276 aa  195  7e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1307  hydrogenase accessory protein HypB  46.89 
 
 		 219 aa  194  9e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00162338  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03880  hydrogenase accessory protein HypB  47.52 
 
 		 215 aa  194  9e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  41.9 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3761  hydrogenase accessory protein HypB  45.58 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1239  hydrogenase accessory protein HypB  45.54 
 
 		 217 aa  194  2e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  40.27 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2183  hydrogenase accessory protein HypB  47.51 
 
 		 313 aa  192  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.177735  normal  0.20266 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0438  hydrogenase accessory protein HypB  37.29 
 
 		 284 aa  192  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.408549 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2180  hydrogenase accessory protein HypB  46.12 
 
 		 217 aa  193  3e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0427  hydrogenase accessory protein HypB  37.29 
 
 		 284 aa  192  4e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  39.86 
 
 		 281 aa  192  6e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  44.6 
 
 		 218 aa  192  6e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0471  hydrogenase accessory protein HypB  46.86 
 
 		 281 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.881132  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3214  hydrogenase accessory protein HypB  44.81 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  45.3 
 
 		 286 aa  191  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0499  hydrogenase accessory protein HypB  46.86 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>