More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1079 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1079  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 		 297 aa  590  1e-167  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0788642  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3219  hydrogenase accessory protein HypB  72.31 
 
 		 261 aa  338  9e-92  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2357  hydrogenase accessory protein HypB  57.31 
 
 		 254 aa  288  1e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142835 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2548  hydrogenase accessory protein HypB  56.14 
 
 		 264 aa  244  9.999999999999999e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0731217  normal  0.100325 
 
 
-
 
NC_002936  DET1431  hydrogenase accessory protein HypB  49.07 
 
 		 217 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1239  hydrogenase accessory protein HypB  48.4 
 
 		 217 aa  219  3e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  51.18 
 
 		 276 aa  220  3e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  48.55 
 
 		 286 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1213  hydrogenase accessory protein HypB  48.13 
 
 		 218 aa  219  6e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0929883  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  42.71 
 
 		 352 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  47.17 
 
 		 250 aa  218  1e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  53.67 
 
 		 277 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0933  hydrogenase accessory protein HypB  43.87 
 
 		 262 aa  217  2e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  51.6 
 
 		 312 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  54.09 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1096  hydrogenase accessory protein HypB  42.69 
 
 		 270 aa  213  1.9999999999999998e-54  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.445318  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1893  hydrogenase accessory protein HypB  42.29 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  47.39 
 
 		 292 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.72 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  43.51 
 
 		 326 aa  210  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1949  hydrogenase accessory protein HypB  47.42 
 
 		 253 aa  210  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1648  hydrogenase accessory protein HypB  50.23 
 
 		 223 aa  209  3e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0506  NI2+-binding GTPase protein HypB  50.21 
 
 		 289 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1644  hydrogenase accessory protein HypB  47.06 
 
 		 270 aa  209  4e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1963  hydrogenase accessory protein HypB  48.35 
 
 		 328 aa  209  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2157  hydrogenase accessory protein HypB  46.52 
 
 		 289 aa  208  9e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126874  normal  0.122693 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  47.53 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2180  hydrogenase accessory protein HypB  47.51 
 
 		 217 aa  208  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3761  hydrogenase accessory protein HypB  50.46 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3214  hydrogenase accessory protein HypB  52.09 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4012  hydrogenase accessory protein HypB  48.58 
 
 		 225 aa  207  2e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5247  hydrogenase accessory protein HypB  47.39 
 
 		 224 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  46.36 
 
 		 278 aa  206  3e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2445  hydrogenase accessory protein HypB  45.49 
 
 		 323 aa  206  6e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.120884 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1080  hydrogenase accessory protein HypB  49.07 
 
 		 234 aa  205  6e-52  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.130841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  48.86 
 
 		 244 aa  205  6e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0298  hydrogenase accessory protein HypB  50.93 
 
 		 222 aa  204  1e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2815  hydrogenase-3 accessory protein, assembly of metallocenter  47.76 
 
 		 345 aa  205  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2010  hydrogenase accessory protein HypB  48.15 
 
 		 226 aa  204  2e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08010  hydrogenase accessory protein HypB  50.23 
 
 		 273 aa  203  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.56 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.56 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.56 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.56 
 
 		 290 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0499  hydrogenase accessory protein HypB  49.1 
 
 		 284 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312614  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3978  hydrogenase accessory protein HypB  45.73 
 
 		 283 aa  203  3e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.83518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0471  hydrogenase accessory protein HypB  49.55 
 
 		 281 aa  202  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.881132  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3748  hydrogenase accessory protein HypB  49.29 
 
 		 319 aa  202  4e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2527  hydrogenase accessory protein HypB  50.21 
 
 		 407 aa  202  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.455957  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.04 
 
 		 252 aa  202  6e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  43.95 
 
 		 281 aa  202  6e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3363  hydrogenase accessory protein HypB  42.92 
 
 		 220 aa  202  6e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2007  hydrogenase nickel incorporation  48.56 
 
 		 321 aa  202  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.11 
 
 		 290 aa  202  7e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  47.53 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  47.53 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0652  hydrogenase accessory protein HypB  44.65 
 
 		 247 aa  201  9.999999999999999e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  47.53 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.53 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.11 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3133  hydrogenase accessory protein HypB  50 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.53 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.53 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.53 
 
 		 290 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1129  hydrogenase accessory protein HypB  50 
 
 		 273 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.09 
 
 		 290 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  46.54 
 
 		 237 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  47.62 
 
 		 300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3922  hydrogenase accessory protein HypB  46.98 
 
 		 322 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.320935  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1417  hydrogenase accessory protein HypB  46.51 
 
 		 394 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0330  hydrogenase accessory protein HypB  49.77 
 
 		 294 aa  200  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0164285  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0726  hydrogenase accessory protein HypB  44.39 
 
 		 247 aa  200  3e-50  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.932617  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2395  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.04 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  50.23 
 
 		 305 aa  199  3e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1046  hydrogenase accessory protein HypB  44.65 
 
 		 246 aa  200  3e-50  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.432152  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  47.89 
 
 		 220 aa  200  3e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0171  hydrogenase accessory protein HypB  42.06 
 
 		 303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.452603  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  47.15 
 
 		 267 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  47.15 
 
 		 266 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  48.58 
 
 		 275 aa  199  5e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4943  hydrogenase accessory protein HypB  43.98 
 
 		 225 aa  198  7.999999999999999e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000345448  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0718  hydrogenase accessory protein HypB  47.7 
 
 		 257 aa  198  9e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2093  hydrogenase accessory protein HypB  42.86 
 
 		 264 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3365  hydrogenase expression/synthesis, HypA  50 
 
 		 263 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186715 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1786  hydrogenase accessory protein HypB  44.86 
 
 		 269 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000796055  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1285  hydrogenase accessory protein HypB  44.31 
 
 		 345 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.497783 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3108  hydrogenase accessory protein HypB  48.62 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0305  hydrogenase accessory protein HypB  50 
 
 		 254 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2052  hydrogenase accessory protein HypB  46.95 
 
 		 269 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.858375  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1765  hydrogenase accessory protein HypB  46.33 
 
 		 264 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.997182 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2145  hydrogenase accessory protein HypB  47.11 
 
 		 261 aa  196  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  39.62 
 
 		 279 aa  196  5.000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2191  hydrogenase accessory protein HypB  47.11 
 
 		 261 aa  196  5.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1160  hydrogenase accessory protein HypB  49.78 
 
 		 313 aa  195  6e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  45.54 
 
 		 218 aa  195  8.000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1602  hydrogenase accessory protein HypB  49.06 
 
 		 283 aa  194  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1908  hydrogenase accessory protein HypB  45.02 
 
 		 277 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.121577  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0302  hydrogenase accessory protein HypB  47.53 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0504  hydrogenase accessory protein HypB  49.1 
 
 		 280 aa  194  2e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1915  hydrogenase accessory protein HypB  41.64 
 
 		 281 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.228802  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>