255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1963 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1963  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 		 328 aa  669    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1285  hydrogenase accessory protein HypB  66.48 
 
 		 345 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.497783 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2815  hydrogenase-3 accessory protein, assembly of metallocenter  71.65 
 
 		 345 aa  443  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2445  hydrogenase accessory protein HypB  63.98 
 
 		 323 aa  399  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.120884 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0534  hydrogenase accessory protein HypB  65.6 
 
 		 300 aa  366  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  52.6 
 
 		 326 aa  318  6e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.55 
 
 		 303 aa  318  7.999999999999999e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  55.33 
 
 		 290 aa  312  4.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  55.33 
 
 		 290 aa  312  4.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.33 
 
 		 290 aa  312  4.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  55.33 
 
 		 290 aa  312  4.999999999999999e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.33 
 
 		 290 aa  312  4.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  63.9 
 
 		 300 aa  312  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.33 
 
 		 290 aa  312  4.999999999999999e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.33 
 
 		 290 aa  312  4.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55 
 
 		 290 aa  312  5.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  56.33 
 
 		 290 aa  311  6.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  55.33 
 
 		 290 aa  311  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  56.33 
 
 		 290 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  56.33 
 
 		 290 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  56.33 
 
 		 290 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  56 
 
 		 290 aa  307  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  56.69 
 
 		 352 aa  305  6e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2436  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  59.43 
 
 		 264 aa  300  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  52.54 
 
 		 312 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2527  hydrogenase accessory protein HypB  61.85 
 
 		 407 aa  294  2e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.455957  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  55.07 
 
 		 293 aa  291  1e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3922  hydrogenase accessory protein HypB  60.08 
 
 		 322 aa  290  3e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.320935  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2018  hydrogenase accessory protein HypB  51.93 
 
 		 315 aa  289  4e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.709474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  54.39 
 
 		 267 aa  288  9e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  54.39 
 
 		 266 aa  288  1e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1417  hydrogenase accessory protein HypB  60 
 
 		 394 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3761  hydrogenase accessory protein HypB  59.35 
 
 		 307 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3200  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.02 
 
 		 287 aa  285  5e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.747467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0506  NI2+-binding GTPase protein HypB  56.31 
 
 		 289 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  55.17 
 
 		 292 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2157  hydrogenase accessory protein HypB  54.95 
 
 		 289 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126874  normal  0.122693 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2007  hydrogenase nickel incorporation  57.38 
 
 		 321 aa  279  5e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  61.11 
 
 		 301 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3108  hydrogenase accessory protein HypB  59.68 
 
 		 306 aa  276  3e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1166  hydrogenase accessory protein HypB  59.43 
 
 		 318 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.153393  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3365  hydrogenase expression/synthesis, HypA  56.94 
 
 		 263 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186715 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0438  hydrogenase accessory protein HypB  47.81 
 
 		 284 aa  269  5.9999999999999995e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.408549 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0427  hydrogenase accessory protein HypB  47.81 
 
 		 284 aa  268  8e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  45.54 
 
 		 281 aa  262  6e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3881  hydrogenase accessory protein HypB  48.77 
 
 		 267 aa  262  6e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.675088  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0171  hydrogenase accessory protein HypB  46.15 
 
 		 303 aa  258  7e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.452603  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  48.16 
 
 		 279 aa  258  7e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1169  hydrogenase accessory protein HypB  56.9 
 
 		 268 aa  258  9e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1212  GTP hydrolase, accessory liganding Ni into hydrogenases, HypB  54.24 
 
 		 264 aa  256  5e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.113745 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  58.7 
 
 		 276 aa  255  6e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1949  hydrogenase accessory protein HypB  58.33 
 
 		 253 aa  255  7e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0475  hydrogenase accessory protein HypB  56.5 
 
 		 288 aa  255  8e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.600099 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0330  hydrogenase accessory protein HypB  52.4 
 
 		 294 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0164285  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1174  hydrogenase accessory protein HypB  59.84 
 
 		 312 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.150463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2417  hydrogenase accessory protein HypB  51.85 
 
 		 267 aa  251  1e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0580161  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1810  hydrogenase accessory protein HypB  55.36 
 
 		 292 aa  249  3e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0305  hydrogenase accessory protein HypB  58.41 
 
 		 254 aa  250  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2052  hydrogenase accessory protein HypB  56.14 
 
 		 269 aa  249  4e-65  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.858375  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  55.98 
 
 		 286 aa  248  8e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1129  hydrogenase accessory protein HypB  58.95 
 
 		 273 aa  246  4e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3133  hydrogenase accessory protein HypB  58.95 
 
 		 282 aa  245  6.999999999999999e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1765  hydrogenase accessory protein HypB  48.59 
 
 		 264 aa  244  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.997182 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1786  hydrogenase accessory protein HypB  55.7 
 
 		 269 aa  243  3e-63  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000796055  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3904  hydrogenase accessory protein HypB  50.66 
 
 		 284 aa  241  1e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  55.07 
 
 		 244 aa  241  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  53.54 
 
 		 275 aa  239  5.999999999999999e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.48 
 
 		 252 aa  238  1e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2395  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  45.77 
 
 		 252 aa  236  4e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2183  hydrogenase accessory protein HypB  52.65 
 
 		 313 aa  236  5.0000000000000005e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.177735  normal  0.20266 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2132  hydrogenase accessory protein HypB  53.57 
 
 		 263 aa  235  7e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364389 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1458  hydrogenase accessory protein HypB  46.32 
 
 		 268 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3978  hydrogenase accessory protein HypB  45.04 
 
 		 283 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.83518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3748  hydrogenase accessory protein HypB  53.51 
 
 		 319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2145  hydrogenase accessory protein HypB  53.12 
 
 		 261 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2191  hydrogenase accessory protein HypB  53.12 
 
 		 261 aa  234  2.0000000000000002e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0721  hydrogenase accessory protein HypB  51.74 
 
 		 270 aa  232  7.000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1644  hydrogenase accessory protein HypB  53.07 
 
 		 270 aa  231  2e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  55.86 
 
 		 237 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1160  hydrogenase accessory protein HypB  54.51 
 
 		 313 aa  230  3e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  48.47 
 
 		 250 aa  229  5e-59  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3214  hydrogenase accessory protein HypB  56.31 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  48.92 
 
 		 305 aa  223  4e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0718  hydrogenase accessory protein HypB  48.92 
 
 		 257 aa  223  4e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  48.05 
 
 		 278 aa  220  3e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5247  hydrogenase accessory protein HypB  47.81 
 
 		 224 aa  219  5e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  50.68 
 
 		 218 aa  219  7e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08010  hydrogenase accessory protein HypB  48.9 
 
 		 273 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1079  hydrogenase accessory protein HypB  47.95 
 
 		 297 aa  212  7e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0788642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1938  hydrogenase accessory protein HypB  41 
 
 		 283 aa  211  1e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.1209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1046  hydrogenase accessory protein HypB  46.32 
 
 		 246 aa  209  4e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.432152  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  47.37 
 
 		 220 aa  208  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0726  hydrogenase accessory protein HypB  45.45 
 
 		 247 aa  207  2e-52  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.932617  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2482  hydrogenase accessory protein HypB  48.46 
 
 		 239 aa  205  9e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0791  hydrogenase accessory protein HypB  45.45 
 
 		 244 aa  205  1e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.557711  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  47.56 
 
 		 277 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0652  hydrogenase accessory protein HypB  40.21 
 
 		 247 aa  204  2e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0175  hydrogenase nickel incorporation protein  43.01 
 
 		 279 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0933  hydrogenase accessory protein HypB  39.72 
 
 		 262 aa  202  8e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0929  hydrogenase accessory protein HypB  46.58 
 
 		 224 aa  202  9e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.367308 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>