More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1174 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1174  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 		 312 aa  624  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.150463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3761  hydrogenase accessory protein HypB  83.12 
 
 		 307 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1166  hydrogenase accessory protein HypB  87.66 
 
 		 318 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.153393  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  66.56 
 
 		 293 aa  394  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2007  hydrogenase nickel incorporation  61.34 
 
 		 321 aa  354  1e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  57.23 
 
 		 352 aa  350  2e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  58.44 
 
 		 292 aa  346  3e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  57.19 
 
 		 326 aa  340  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  71.43 
 
 		 303 aa  336  3.9999999999999995e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  57.28 
 
 		 267 aa  333  2e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  57.28 
 
 		 266 aa  333  2e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.43 
 
 		 290 aa  325  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  54.43 
 
 		 290 aa  325  5e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  54.43 
 
 		 290 aa  325  5e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.43 
 
 		 290 aa  325  5e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.43 
 
 		 290 aa  325  5e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.43 
 
 		 290 aa  325  5e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  54.43 
 
 		 290 aa  325  5e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.43 
 
 		 290 aa  325  5e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.1 
 
 		 290 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.79 
 
 		 290 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.79 
 
 		 290 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.79 
 
 		 290 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.79 
 
 		 290 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  54.46 
 
 		 290 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  68.95 
 
 		 301 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  56.21 
 
 		 312 aa  317  1e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3922  hydrogenase accessory protein HypB  55.73 
 
 		 322 aa  315  6e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.320935  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0506  NI2+-binding GTPase protein HypB  56.77 
 
 		 289 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  55.81 
 
 		 300 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.166702 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2157  hydrogenase accessory protein HypB  56.13 
 
 		 289 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126874  normal  0.122693 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1169  hydrogenase accessory protein HypB  67.83 
 
 		 268 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0580173  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2018  hydrogenase accessory protein HypB  54.55 
 
 		 315 aa  305  7e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.709474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0330  hydrogenase accessory protein HypB  66.07 
 
 		 294 aa  300  2e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0164285  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0305  hydrogenase accessory protein HypB  65.3 
 
 		 254 aa  297  1e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2445  hydrogenase accessory protein HypB  58.49 
 
 		 323 aa  296  2e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.120884 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3748  hydrogenase accessory protein HypB  51.08 
 
 		 319 aa  296  3e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3108  hydrogenase accessory protein HypB  55.15 
 
 		 306 aa  294  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3365  hydrogenase expression/synthesis, HypA  66.07 
 
 		 263 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186715 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3200  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  53.14 
 
 		 287 aa  293  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.747467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  64.38 
 
 		 244 aa  292  5e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2436  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  64.26 
 
 		 264 aa  291  7e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1160  hydrogenase accessory protein HypB  60.07 
 
 		 313 aa  291  1e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0534  hydrogenase accessory protein HypB  50.97 
 
 		 300 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2527  hydrogenase accessory protein HypB  60.4 
 
 		 407 aa  290  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.455957  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2815  hydrogenase-3 accessory protein, assembly of metallocenter  53.04 
 
 		 345 aa  288  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2183  hydrogenase accessory protein HypB  62.23 
 
 		 313 aa  287  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.177735  normal  0.20266 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0171  hydrogenase accessory protein HypB  46.69 
 
 		 303 aa  286  4e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.452603  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1963  hydrogenase accessory protein HypB  50.16 
 
 		 328 aa  284  1.0000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0427  hydrogenase accessory protein HypB  48.84 
 
 		 284 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0438  hydrogenase accessory protein HypB  48.84 
 
 		 284 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.408549 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  47.18 
 
 		 279 aa  281  1e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  62.27 
 
 		 276 aa  280  2e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1285  hydrogenase accessory protein HypB  48.2 
 
 		 345 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.497783 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  57.96 
 
 		 286 aa  277  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1949  hydrogenase accessory protein HypB  64.29 
 
 		 253 aa  276  3e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  61.86 
 
 		 237 aa  275  6e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1129  hydrogenase accessory protein HypB  62.5 
 
 		 273 aa  275  9e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1212  GTP hydrolase, accessory liganding Ni into hydrogenases, HypB  59.81 
 
 		 264 aa  274  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.113745 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3133  hydrogenase accessory protein HypB  62.05 
 
 		 282 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3881  hydrogenase accessory protein HypB  45.12 
 
 		 267 aa  271  1e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.675088  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4608  hydrogenase accessory protein HypB  45.1 
 
 		 281 aa  268  5.9999999999999995e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0475  hydrogenase accessory protein HypB  49.01 
 
 		 288 aa  267  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.600099 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3904  hydrogenase accessory protein HypB  57.75 
 
 		 284 aa  267  2e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2052  hydrogenase accessory protein HypB  61.32 
 
 		 269 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.858375  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1810  hydrogenase accessory protein HypB  47.14 
 
 		 292 aa  264  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3214  hydrogenase accessory protein HypB  62.39 
 
 		 303 aa  263  2e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3978  hydrogenase accessory protein HypB  60.19 
 
 		 283 aa  263  2e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.83518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2417  hydrogenase accessory protein HypB  60.48 
 
 		 267 aa  260  2e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0580161  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1786  hydrogenase accessory protein HypB  57.41 
 
 		 269 aa  258  1e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000796055  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  46.42 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2191  hydrogenase accessory protein HypB  62.32 
 
 		 261 aa  256  5e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.23017 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2145  hydrogenase accessory protein HypB  62.32 
 
 		 261 aa  256  5e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2132  hydrogenase accessory protein HypB  61.35 
 
 		 263 aa  253  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364389 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1938  hydrogenase accessory protein HypB  53.53 
 
 		 283 aa  253  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.1209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0718  hydrogenase accessory protein HypB  55.22 
 
 		 257 aa  253  3e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  59.52 
 
 		 275 aa  252  5.000000000000001e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  57.97 
 
 		 252 aa  251  2e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1458  hydrogenase accessory protein HypB  45.85 
 
 		 268 aa  248  8e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2395  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  57.97 
 
 		 252 aa  248  9e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0721  hydrogenase accessory protein HypB  55.05 
 
 		 270 aa  245  6e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1644  hydrogenase accessory protein HypB  56.42 
 
 		 270 aa  243  3e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1765  hydrogenase accessory protein HypB  55.35 
 
 		 264 aa  242  7.999999999999999e-63  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.997182 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  52.09 
 
 		 218 aa  240  2e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2482  hydrogenase accessory protein HypB  53.68 
 
 		 239 aa  237  2e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08010  hydrogenase accessory protein HypB  52.75 
 
 		 273 aa  233  3e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  52.31 
 
 		 220 aa  231  1e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0929  hydrogenase accessory protein HypB  50.24 
 
 		 224 aa  228  9e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.367308 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1497  hydrogenase accessory protein HypB  51.14 
 
 		 222 aa  228  9e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0637666  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3165  hydrogenase accessory protein HypB  49.3 
 
 		 218 aa  227  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0461052 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1307  hydrogenase accessory protein HypB  51.15 
 
 		 219 aa  227  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00162338  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  49.31 
 
 		 250 aa  223  3e-57  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1079  hydrogenase accessory protein HypB  48.46 
 
 		 297 aa  221  9e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0788642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4012  hydrogenase accessory protein HypB  50 
 
 		 225 aa  218  1e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  53.7 
 
 		 277 aa  215  5.9999999999999996e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  43.05 
 
 		 278 aa  215  7e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2357  hydrogenase accessory protein HypB  48.88 
 
 		 254 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142835 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1046  hydrogenase accessory protein HypB  50.71 
 
 		 246 aa  213  2.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.432152  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1893  hydrogenase accessory protein HypB  40.72 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0652  hydrogenase accessory protein HypB  50.71 
 
 		 247 aa  213  2.9999999999999995e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>