279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2109 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2109  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 		 239 aa  494  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.432968  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2027  hydrogenase accessory protein HypB  75.1 
 
 		 253 aa  389  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2093  hydrogenase accessory protein HypB  75.1 
 
 		 264 aa  386  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1902  hydrogenase accessory protein HypB  73.6 
 
 		 252 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000389713 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1816  hydrogenase accessory protein HypB  76.86 
 
 		 253 aa  384  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2161  hydrogenase accessory protein HypB  76.86 
 
 		 253 aa  384  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1836  hydrogenase accessory protein HypB  75.2 
 
 		 260 aa  383  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1908  hydrogenase accessory protein HypB  69.37 
 
 		 277 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.121577  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1915  hydrogenase accessory protein HypB  69.23 
 
 		 281 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.228802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2411  hydrogenase accessory protein HypB  66.79 
 
 		 285 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0449174  decreased coverage  0.00000969961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1871  hydrogenase accessory protein HypB  75 
 
 		 253 aa  376  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1883  hydrogenase accessory protein HypB  68.12 
 
 		 281 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1673  hydrogenase accessory protein HypB  73.06 
 
 		 258 aa  367  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1759  hydrogenase accessory protein HypB  65.82 
 
 		 277 aa  363  2e-99  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1430  hydrogenase accessory protein HypB  60.62 
 
 		 266 aa  321  6e-87  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  56.99 
 
 		 278 aa  295  4e-79  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2043  hydrogenase accessory protein HypB  60.73 
 
 		 253 aa  293  2e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0933  hydrogenase accessory protein HypB  50.96 
 
 		 262 aa  265  5e-70  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0791  hydrogenase accessory protein HypB  55.37 
 
 		 244 aa  261  4.999999999999999e-69  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.557711  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1046  hydrogenase accessory protein HypB  56.07 
 
 		 246 aa  259  2e-68  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.432152  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0726  hydrogenase accessory protein HypB  55.83 
 
 		 247 aa  259  3e-68  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.932617  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1096  hydrogenase accessory protein HypB  50 
 
 		 270 aa  259  3e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.445318  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0652  hydrogenase accessory protein HypB  55.83 
 
 		 247 aa  258  5.0000000000000005e-68  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1893  hydrogenase accessory protein HypB  55.26 
 
 		 295 aa  258  8e-68  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  56.28 
 
 		 250 aa  250  1e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0871  hydrogenase accessory protein HypB  46.81 
 
 		 283 aa  249  3e-65  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1383  hydrogenase accessory protein HypB  52.12 
 
 		 268 aa  235  4e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0873622  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1602  hydrogenase accessory protein HypB  50.41 
 
 		 283 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1666  hydrogenase accessory protein HypB  51.69 
 
 		 268 aa  231  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.742103  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0175  hydrogenase nickel incorporation protein  57.35 
 
 		 279 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  50.63 
 
 		 277 aa  230  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0302  hydrogenase accessory protein HypB  54.76 
 
 		 296 aa  226  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2488  hydrogenase accessory protein HypB  50.21 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248349 
 
 
-
 
NC_002936  DET1431  hydrogenase accessory protein HypB  48.56 
 
 		 217 aa  201  8e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1417  hydrogenase accessory protein HypB  46.76 
 
 		 394 aa  200  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1213  hydrogenase accessory protein HypB  47.6 
 
 		 218 aa  199  3e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0929883  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00350  hydrogenase accessory protein HypB  47.9 
 
 		 248 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2552  hydrogenase accessory protein HypB  44.81 
 
 		 242 aa  198  7e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.146085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1239  hydrogenase accessory protein HypB  48.08 
 
 		 217 aa  195  6e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  42.02 
 
 		 266 aa  192  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  42.02 
 
 		 267 aa  192  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03880  hydrogenase accessory protein HypB  45.75 
 
 		 215 aa  192  5e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08010  hydrogenase accessory protein HypB  45.11 
 
 		 273 aa  191  6e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2527  hydrogenase accessory protein HypB  44.91 
 
 		 407 aa  190  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.455957  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  45.21 
 
 		 303 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2417  hydrogenase accessory protein HypB  40.71 
 
 		 267 aa  190  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0580161  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  47.14 
 
 		 275 aa  189  4e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0120  hydrogenase accessory protein HypB  44.68 
 
 		 244 aa  189  4e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000574081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  44.44 
 
 		 293 aa  189  4e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2395  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.57 
 
 		 252 aa  188  5e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  44.29 
 
 		 290 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  44.29 
 
 		 290 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  44.29 
 
 		 290 aa  188  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  44.29 
 
 		 290 aa  188  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.33 
 
 		 252 aa  187  9e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2145  hydrogenase accessory protein HypB  46.19 
 
 		 261 aa  187  1e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2191  hydrogenase accessory protein HypB  46.19 
 
 		 261 aa  187  1e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.23017 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  42.36 
 
 		 290 aa  186  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  42.36 
 
 		 290 aa  186  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.36 
 
 		 290 aa  186  2e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  42.36 
 
 		 290 aa  186  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.36 
 
 		 290 aa  186  2e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.36 
 
 		 290 aa  186  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.36 
 
 		 290 aa  186  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2132  hydrogenase accessory protein HypB  45.71 
 
 		 263 aa  186  2e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364389 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2052  hydrogenase accessory protein HypB  44.83 
 
 		 269 aa  186  3e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.858375  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.38 
 
 		 290 aa  186  4e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4943  hydrogenase accessory protein HypB  42.13 
 
 		 225 aa  186  4e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000345448  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1949  hydrogenase accessory protein HypB  44.98 
 
 		 253 aa  185  5e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0534  hydrogenase accessory protein HypB  44.3 
 
 		 300 aa  185  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  43.06 
 
 		 276 aa  185  5e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0471  hydrogenase accessory protein HypB  40.76 
 
 		 281 aa  185  6e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.881132  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5247  hydrogenase accessory protein HypB  45.63 
 
 		 224 aa  185  6e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.36 
 
 		 290 aa  185  6e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3978  hydrogenase accessory protein HypB  45.58 
 
 		 283 aa  185  7e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.83518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0513  hydrogenase accessory protein HypB  42.86 
 
 		 271 aa  184  8e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.156858 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.84 
 
 		 290 aa  184  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1398  hydrogenase accessory protein HypB  45.15 
 
 		 246 aa  184  8e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0991365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2445  hydrogenase accessory protein HypB  39.64 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.120884 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0721  hydrogenase accessory protein HypB  38.43 
 
 		 270 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  45.41 
 
 		 301 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0499  hydrogenase accessory protein HypB  40.34 
 
 		 284 aa  183  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312614  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  46.8 
 
 		 237 aa  182  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  43.84 
 
 		 312 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0475  hydrogenase accessory protein HypB  43.3 
 
 		 288 aa  182  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.600099 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1938  hydrogenase accessory protein HypB  47.94 
 
 		 283 aa  182  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.1209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0504  hydrogenase accessory protein HypB  39.83 
 
 		 280 aa  181  6e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2436  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  39 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2007  hydrogenase nickel incorporation  43.12 
 
 		 321 aa  179  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.300196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1458  hydrogenase accessory protein HypB  39.25 
 
 		 268 aa  180  2e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1080  hydrogenase accessory protein HypB  45.41 
 
 		 234 aa  179  2e-44  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.130841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2010  hydrogenase accessory protein HypB  43.69 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2357  hydrogenase accessory protein HypB  42.56 
 
 		 254 aa  180  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142835 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0929  hydrogenase accessory protein HypB  44.81 
 
 		 224 aa  180  2e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.367308 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3066  hydrogenase accessory protein HypB  42.73 
 
 		 286 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.13732  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  43.48 
 
 		 220 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0756  hydrogenase accessory protein HypB  43.06 
 
 		 218 aa  179  4e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.901261  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1307  hydrogenase accessory protein HypB  45.15 
 
 		 219 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00162338  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1212  GTP hydrolase, accessory liganding Ni into hydrogenases, HypB  41.63 
 
 		 264 aa  178  5.999999999999999e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.113745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4493  hydrogenase accessory protein HypB  41.44 
 
 		 300 aa  178  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.166702 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>