More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1902 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1902  hydrogenase accessory protein HypB  100 
 
 		 252 aa  522  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000389713 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2093  hydrogenase accessory protein HypB  77.31 
 
 		 264 aa  411  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1915  hydrogenase accessory protein HypB  72.86 
 
 		 281 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.228802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1908  hydrogenase accessory protein HypB  71.02 
 
 		 277 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.121577  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2027  hydrogenase accessory protein HypB  76.59 
 
 		 253 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1836  hydrogenase accessory protein HypB  79.05 
 
 		 260 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1816  hydrogenase accessory protein HypB  79.59 
 
 		 253 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2161  hydrogenase accessory protein HypB  79.18 
 
 		 253 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1883  hydrogenase accessory protein HypB  70.53 
 
 		 281 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2411  hydrogenase accessory protein HypB  68.38 
 
 		 285 aa  396  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0449174  decreased coverage  0.00000969961 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2109  hydrogenase accessory protein HypB  75.2 
 
 		 239 aa  393  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.432968  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1871  hydrogenase accessory protein HypB  78.78 
 
 		 253 aa  390  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1759  hydrogenase accessory protein HypB  72.36 
 
 		 277 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1673  hydrogenase accessory protein HypB  72.06 
 
 		 258 aa  371  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1430  hydrogenase accessory protein HypB  61.54 
 
 		 266 aa  332  3e-90  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1098  hydrogenase accessory protein HypB  60.36 
 
 		 278 aa  330  1e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2043  hydrogenase accessory protein HypB  61.51 
 
 		 253 aa  313  9.999999999999999e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0933  hydrogenase accessory protein HypB  55.17 
 
 		 262 aa  291  9e-78  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1893  hydrogenase accessory protein HypB  58.55 
 
 		 295 aa  283  2.0000000000000002e-75  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1096  hydrogenase accessory protein HypB  53.03 
 
 		 270 aa  277  1e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.445318  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0871  hydrogenase accessory protein HypB  53.07 
 
 		 283 aa  269  2.9999999999999997e-71  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0652  hydrogenase accessory protein HypB  55.95 
 
 		 247 aa  268  8.999999999999999e-71  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1046  hydrogenase accessory protein HypB  55.16 
 
 		 246 aa  267  1e-70  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.432152  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0726  hydrogenase accessory protein HypB  55.16 
 
 		 247 aa  267  2e-70  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.932617  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0791  hydrogenase accessory protein HypB  56.35 
 
 		 244 aa  266  2e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.557711  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0044  hydrogenase accessory protein HypB  55.24 
 
 		 250 aa  260  2e-68  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0175  hydrogenase nickel incorporation protein  52.4 
 
 		 279 aa  240  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0302  hydrogenase accessory protein HypB  45.77 
 
 		 296 aa  236  4e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1274  hydrogenase accessory protein HypB  50.6 
 
 		 277 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.388022  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1383  hydrogenase accessory protein HypB  49.41 
 
 		 268 aa  233  3e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0873622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1666  hydrogenase accessory protein HypB  47.98 
 
 		 268 aa  222  4e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.742103  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1602  hydrogenase accessory protein HypB  47.18 
 
 		 283 aa  219  5e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3288  hydrogenase accessory protein HypB  44.53 
 
 		 266 aa  209  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2552  hydrogenase accessory protein HypB  44.84 
 
 		 242 aa  209  2e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.146085  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02577  GTP hydrolase involved in nickel liganding into hydrogenases  47.08 
 
 		 290 aa  209  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0962  hydrogenase accessory protein HypB  47.08 
 
 		 290 aa  209  3e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02542  hypothetical protein  47.08 
 
 		 290 aa  209  3e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2886  hydrogenase accessory protein HypB  44.53 
 
 		 267 aa  209  3e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.896709  normal  0.39572 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2864  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.08 
 
 		 290 aa  209  3e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3150  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.08 
 
 		 290 aa  209  3e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2852  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.08 
 
 		 290 aa  209  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.484483 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0985  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.08 
 
 		 290 aa  209  3e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.225312 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3015  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.67 
 
 		 290 aa  209  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3979  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  47.08 
 
 		 290 aa  209  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2488  hydrogenase accessory protein HypB  49.4 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248349 
 
 
-
 
NC_002936  DET1431  hydrogenase accessory protein HypB  49.52 
 
 		 217 aa  208  9e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1417  hydrogenase accessory protein HypB  45.76 
 
 		 394 aa  207  9e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1213  hydrogenase accessory protein HypB  49.04 
 
 		 218 aa  207  1e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0929883  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2744  hydrogenase accessory protein HypB  41.34 
 
 		 293 aa  203  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3044  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.96 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00655441 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2977  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.96 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5247  hydrogenase accessory protein HypB  48.54 
 
 		 224 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3060  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.96 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0585288 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3008  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.96 
 
 		 290 aa  203  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0101113 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1938  hydrogenase accessory protein HypB  46.85 
 
 		 283 aa  202  3e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.1209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1239  hydrogenase accessory protein HypB  49.04 
 
 		 217 aa  202  3e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1536  hydrogenase accessory protein HypB  44.98 
 
 		 326 aa  202  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0107781  normal  0.0565242 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50480  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  48.42 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0494141  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3978  hydrogenase accessory protein HypB  44.7 
 
 		 352 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2445  hydrogenase accessory protein HypB  40.93 
 
 		 323 aa  201  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.120884 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2357  hydrogenase accessory protein HypB  45.68 
 
 		 254 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142835 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2527  hydrogenase accessory protein HypB  46.85 
 
 		 407 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.455957  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0534  hydrogenase accessory protein HypB  48.57 
 
 		 275 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3165  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  46.52 
 
 		 290 aa  199  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.591749 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4096  hydrogenase accessory protein HypB  40.7 
 
 		 312 aa  199  3e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00350  hydrogenase accessory protein HypB  46.38 
 
 		 248 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2436  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  42.15 
 
 		 264 aa  199  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2540  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.78 
 
 		 252 aa  199  5e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4559  hydrogenase accessory protein HypB  47.71 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2052  hydrogenase accessory protein HypB  40.3 
 
 		 269 aa  199  5e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.858375  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2395  hydrogenase nickel incorporation protein HypB  43.32 
 
 		 252 aa  198  6e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0534  hydrogenase accessory protein HypB  41.37 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03880  hydrogenase accessory protein HypB  48.8 
 
 		 215 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0499  hydrogenase accessory protein HypB  47.6 
 
 		 284 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312614  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0513  hydrogenase accessory protein HypB  48.33 
 
 		 271 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.156858 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2781  hydrogenase accessory protein HypB  47.2 
 
 		 276 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0471  hydrogenase accessory protein HypB  47.12 
 
 		 281 aa  195  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.881132  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0504  hydrogenase accessory protein HypB  47.6 
 
 		 280 aa  195  7e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1212  GTP hydrolase, accessory liganding Ni into hydrogenases, HypB  41.41 
 
 		 264 aa  195  7e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.113745 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1765  hydrogenase accessory protein HypB  40.3 
 
 		 264 aa  194  8.000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.997182 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1160  hydrogenase accessory protein HypB  45.45 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1497  hydrogenase accessory protein HypB  45.54 
 
 		 222 aa  193  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0637666  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0866  hydrogenase accessory protein HypB  40.34 
 
 		 305 aa  193  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1458  hydrogenase accessory protein HypB  41.83 
 
 		 268 aa  192  3e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1080  hydrogenase accessory protein HypB  49.51 
 
 		 234 aa  192  3e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.130841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1079  hydrogenase accessory protein HypB  43.39 
 
 		 297 aa  192  3e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0788642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0448  hydrogenase accessory protein HypB  46.23 
 
 		 220 aa  192  3e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0438  hydrogenase accessory protein HypB  43.67 
 
 		 284 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.408549 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7255  hydrogenase accessory protein HypB  40.59 
 
 		 292 aa  192  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  0.351792 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0427  hydrogenase accessory protein HypB  43.67 
 
 		 284 aa  192  4e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0475  hydrogenase accessory protein HypB  42.13 
 
 		 288 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.600099 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3978  hydrogenase accessory protein HypB  43.14 
 
 		 283 aa  192  6e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.83518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0802  hydrogenase accessory protein HypB  40.43 
 
 		 279 aa  191  7e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.287566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0478  hydrogenase nickel incorporation  47.83 
 
 		 237 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal  0.249483 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1963  hydrogenase accessory protein HypB  40.35 
 
 		 328 aa  190  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4012  hydrogenase accessory protein HypB  45.63 
 
 		 225 aa  191  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4943  hydrogenase accessory protein HypB  42.73 
 
 		 225 aa  190  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000345448  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0721  hydrogenase accessory protein HypB  39.1 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2417  hydrogenase accessory protein HypB  42.02 
 
 		 267 aa  190  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0580161  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2191  hydrogenase accessory protein HypB  47.62 
 
 		 261 aa  189  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.23017 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>