148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2008 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2008  putative signal transduction protein  100 
 
 		 288 aa  575  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00218078 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4164  hypothetical protein  38.06 
 
 		 299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.511552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2909  metal-dependent phosphohydrolase  35.71 
 
 		 281 aa  146  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.600973  normal  0.363943 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1205  putative signal transduction protein  34.85 
 
 		 292 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1512  putative signal transduction protein  32.83 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4762  hypothetical protein  28.89 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.08639 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5352  signal transduction protein  26.74 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.194147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0339  putative signal transduction protein  30.4 
 
 		 290 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5000  putative signal transduction protein  28.68 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.415832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5176  putative signal transduction protein  28.68 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0449  hypothetical protein  28.15 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04660  hypothetical protein  28.46 
 
 		 274 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3751  putative signal transduction protein  27.21 
 
 		 288 aa  106  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0794066 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0413  hypothetical protein  29.08 
 
 		 254 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0344  putative signal transduction protein  27.99 
 
 		 291 aa  101  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.961814  normal  0.37345 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4198  putative signal transduction protein  27.04 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5126  putative signal transduction protein  28.28 
 
 		 256 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0312  putative signal transduction protein  32.99 
 
 		 270 aa  89.7  5e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0875  signal transduction protein  27.54 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3688  putative signal transduction protein  30.26 
 
 		 280 aa  76.6  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1403  putative signal transduction protein  27.64 
 
 		 280 aa  76.3  0.0000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0704  hypothetical protein  23.02 
 
 		 279 aa  74.7  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.670441  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3312  hypothetical protein  26.04 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0173978 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3014  HD domain-containing protein  26.53 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1981  metal dependent phosphohydrolase  29.15 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3214  metal dependent phosphohydrolase  26.32 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000585577  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0464  metal dependent phosphohydrolase  26.61 
 
 		 284 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1846  metal dependent phosphohydrolase  28.57 
 
 		 283 aa  66.6  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3011  metal dependent phosphohydrolase  26.67 
 
 		 378 aa  66.2  0.0000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0769  metal dependent phosphohydrolase  24.72 
 
 		 279 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0888114 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1270  metal dependent phosphohydrolase  30.68 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3758  putative signal transduction protein  26.27 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3831  putative signal transduction protein  26.27 
 
 		 274 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2064  metal dependent phosphohydrolase  30.65 
 
 		 397 aa  64.7  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.482341  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2448  HDIG domain-containing protein  30.23 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3068  metal dependent phosphohydrolase  26.53 
 
 		 397 aa  63.9  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.896972  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3816  metal dependent phosphohydrolase  23.61 
 
 		 283 aa  63.5  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.411166  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0515  metal dependent phosphohydrolase  24.87 
 
 		 282 aa  63.5  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000329454  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3956  putative signal transduction protein  25.85 
 
 		 274 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4190  metal dependent phosphohydrolase  21.83 
 
 		 284 aa  62  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000885116  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0779  metal dependent phosphohydrolase  25.94 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0559606  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3900  metal dependent phosphohydrolase  22.48 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000332345 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0691  signal transduction protein  27.46 
 
 		 388 aa  61.2  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2772  metal dependent phosphohydrolase  28.57 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.846457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2242  metal dependent phosphohydrolase  26.79 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0690  metal dependent phosphohydrolase  33.53 
 
 		 544 aa  59.7  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218536 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1978  HDIG  29.03 
 
 		 280 aa  58.9  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.663445 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3455  putative signal transduction protein  26.46 
 
 		 274 aa  58.9  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0670  metal dependent phosphohydrolase  24.14 
 
 		 287 aa  58.5  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0674014  normal  0.44823 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0643  metal dependent phosphohydrolase  25.15 
 
 		 425 aa  58.5  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2435  putative signal transduction protein  27.5 
 
 		 438 aa  58.5  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0187  putative signal transduction protein  26.13 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4147  putative signal transduction protein  26.13 
 
 		 274 aa  58.5  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4280  putative signal transduction protein  26.24 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0660971 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2279  HD domain-containing protein  24.45 
 
 		 496 aa  57.8  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.911233  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4563  hypothetical protein  26.32 
 
 		 274 aa  58.2  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1184  histidine kinase  24.22 
 
 		 730 aa  57.8  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0470361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0188  putative signal transduction protein  25.79 
 
 		 274 aa  57  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0476  putative signal transduction protein  23.29 
 
 		 274 aa  56.2  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.16695  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3746  hypothetical protein  29.89 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.215784  normal  0.994531 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3744  sensor histidine kinase  26.73 
 
 		 718 aa  55.5  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.297445 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1400  putative signal transduction protein  28.89 
 
 		 373 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2242  putative signal transduction protein  26.11 
 
 		 358 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.667665 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0667  metal dependent phosphohydrolase  26.21 
 
 		 297 aa  55.1  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0639089  normal  0.446665 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2576  HD domain-containing protein  27.55 
 
 		 287 aa  54.7  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0663  metal dependent phosphohydrolase  28.64 
 
 		 286 aa  54.7  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  24.64 
 
 		 517 aa  54.3  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0903  putative signal transduction protein  26.27 
 
 		 369 aa  54.7  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00178827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0283  putative signal transduction protein  27.88 
 
 		 277 aa  53.9  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3214  putative signal transduction protein  28.25 
 
 		 293 aa  53.5  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1873  putative signal transduction protein  26.32 
 
 		 415 aa  53.5  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.747115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2652  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  28.37 
 
 		 412 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.5401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3139  histidine kinase  27.32 
 
 		 724 aa  53.5  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0035  metal dependent phosphohydrolase  22.56 
 
 		 298 aa  52.8  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1044  signal transduction protein  26.59 
 
 		 299 aa  52.4  0.000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2936  putative signal transduction protein  22.49 
 
 		 281 aa  52.4  0.000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0085333  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0281  metal dependent phosphohydrolase  23.41 
 
 		 284 aa  52.4  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00372927  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3580  putative signal transduction protein  28.1 
 
 		 275 aa  52.4  0.000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0283701  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1965  putative signal transduction protein  28.12 
 
 		 399 aa  51.6  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.543809  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2063  HD domain-containing protein  23.67 
 
 		 284 aa  52  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.126544  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2296  HD domain-containing protein  25.51 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.569971  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0944  metal dependent phosphohydrolase  23.08 
 
 		 284 aa  51.6  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1197  putative signal transduction protein  22.49 
 
 		 351 aa  52  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.408421  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2489  diguanylate cyclase  24.87 
 
 		 836 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3446  metal dependent phosphohydrolase  25.64 
 
 		 289 aa  52  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0812  metal dependent phosphohydrolase  26.79 
 
 		 291 aa  51.6  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3231  putative signal transduction protein  24.02 
 
 		 352 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1904  putative signal transduction protein  23.32 
 
 		 272 aa  51.2  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2422  cyclic nucleotide-binding protein  24.73 
 
 		 430 aa  51.6  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1910  metal dependent phosphohydrolase  27.17 
 
 		 283 aa  51.2  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0087  hypothetical protein  26.7 
 
 		 275 aa  50.8  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000976689 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3449  metal dependent phosphohydrolase  27.57 
 
 		 291 aa  51.2  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000269119 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1784  putative signal transduction protein  22.73 
 
 		 285 aa  50.8  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1772  metal dependent phosphohydrolase  23.2 
 
 		 440 aa  50.4  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0702712  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0674  hypothetical protein  23.62 
 
 		 284 aa  50.1  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2081  metal dependent phosphohydrolase  28.22 
 
 		 285 aa  50.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0631434 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1043  putative signal transduction protein  26.96 
 
 		 288 aa  50.1  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2242  putative signal transduction protein  27.91 
 
 		 317 aa  50.4  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.571842  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1202  signal transduction protein  24.74 
 
 		 292 aa  49.7  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.203689  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 642 aa  50.1  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>