More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_5000 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_5000  putative signal transduction protein  100 
 
 		 290 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.415832  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5176  putative signal transduction protein  98.97 
 
 		 290 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0339  putative signal transduction protein  95.86 
 
 		 290 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5126  putative signal transduction protein  99.61 
 
 		 256 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5352  signal transduction protein  82.07 
 
 		 288 aa  508  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.194147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4762  hypothetical protein  78.55 
 
 		 288 aa  484  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.08639 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0449  hypothetical protein  77.43 
 
 		 292 aa  482  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04660  hypothetical protein  77.04 
 
 		 274 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4198  putative signal transduction protein  71.88 
 
 		 288 aa  447  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0413  hypothetical protein  77.65 
 
 		 254 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0344  putative signal transduction protein  51.04 
 
 		 291 aa  315  5e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.961814  normal  0.37345 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3751  putative signal transduction protein  51.04 
 
 		 288 aa  300  3e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0794066 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1512  putative signal transduction protein  37.81 
 
 		 293 aa  192  7e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2909  metal-dependent phosphohydrolase  37.01 
 
 		 281 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.600973  normal  0.363943 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1205  putative signal transduction protein  34.43 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0875  signal transduction protein  34.49 
 
 		 283 aa  156  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4164  hypothetical protein  31.11 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.511552  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0704  hypothetical protein  30.9 
 
 		 279 aa  135  7.000000000000001e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.670441  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3312  hypothetical protein  30.69 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0173978 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0168  metal dependent phosphohydrolase  25.78 
 
 		 407 aa  104  2e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2242  metal dependent phosphohydrolase  29.25 
 
 		 291 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1583  putative signal transduction protein  30.59 
 
 		 279 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.23287  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3068  metal dependent phosphohydrolase  28.43 
 
 		 397 aa  100  4e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.896972  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2008  putative signal transduction protein  28.68 
 
 		 288 aa  99.4  6e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00218078 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0903  putative signal transduction protein  27.21 
 
 		 369 aa  97.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00178827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1403  putative signal transduction protein  27.97 
 
 		 280 aa  96.7  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1978  HDIG  30 
 
 		 280 aa  95.5  9e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.663445 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2081  metal dependent phosphohydrolase  32.37 
 
 		 285 aa  94  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0631434 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3501  hypothetical protein  33.33 
 
 		 274 aa  93.2  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000151947  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3011  metal dependent phosphohydrolase  28.93 
 
 		 378 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1161  metal dependent phosphohydrolase  27.36 
 
 		 280 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.663858  normal  0.172045 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2063  HD domain-containing protein  27.86 
 
 		 284 aa  91.3  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.126544  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1904  putative signal transduction protein  26.09 
 
 		 272 aa  90.9  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1981  metal dependent phosphohydrolase  27.41 
 
 		 280 aa  90.9  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3956  putative signal transduction protein  27.8 
 
 		 274 aa  90.1  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2064  metal dependent phosphohydrolase  27.64 
 
 		 397 aa  90.1  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.482341  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2816  metal dependent phosphohydrolase  27.2 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0670  metal dependent phosphohydrolase  30.73 
 
 		 287 aa  89.7  5e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0674014  normal  0.44823 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0464  metal dependent phosphohydrolase  28.64 
 
 		 284 aa  89.7  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1400  putative signal transduction protein  29.86 
 
 		 373 aa  89.4  6e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0663  metal dependent phosphohydrolase  28.7 
 
 		 286 aa  89.4  7e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2489  diguanylate cyclase  30.14 
 
 		 836 aa  89.4  7e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0769  metal dependent phosphohydrolase  26.24 
 
 		 279 aa  89  8e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0888114 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2652  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  28.64 
 
 		 412 aa  89  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.5401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3455  putative signal transduction protein  27.55 
 
 		 274 aa  89  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3758  putative signal transduction protein  27.35 
 
 		 274 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3831  putative signal transduction protein  27.35 
 
 		 274 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0904  HD domain-containing protein  28.33 
 
 		 289 aa  87.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2245  hypothetical protein  31.07 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0596147  normal  0.358585 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1494  putative signal transduction protein  26.75 
 
 		 279 aa  87.4  2e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000467466  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0779  metal dependent phosphohydrolase  27.27 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0559606  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3900  metal dependent phosphohydrolase  28.29 
 
 		 283 aa  87  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000332345 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0283  putative signal transduction protein  28.95 
 
 		 277 aa  87  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0812  metal dependent phosphohydrolase  29.12 
 
 		 291 aa  86.3  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0879  metal dependent phosphohydrolase  28.71 
 
 		 298 aa  86.3  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3449  metal dependent phosphohydrolase  29.12 
 
 		 291 aa  86.3  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000269119 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0294  HD domain-containing protein  26.39 
 
 		 303 aa  85.9  6e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0824041  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3268  metal dependent phosphohydrolase  25.2 
 
 		 297 aa  85.5  9e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.927802  hitchhiker  0.0000364844 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0674  hypothetical protein  28.25 
 
 		 284 aa  85.5  9e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0035  metal dependent phosphohydrolase  25.86 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3816  metal dependent phosphohydrolase  28.29 
 
 		 283 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.411166  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0156  metal dependent phosphohydrolase  27.32 
 
 		 412 aa  84  0.000000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.494474  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3446  metal dependent phosphohydrolase  26.27 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2479  hypothetical protein  30.81 
 
 		 275 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3214  putative signal transduction protein  32.96 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3231  putative signal transduction protein  25.25 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0476  putative signal transduction protein  25.46 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.16695  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1197  putative signal transduction protein  28.33 
 
 		 351 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.408421  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1382  histidine kinase  29.38 
 
 		 912 aa  84  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3014  HD domain-containing protein  27.36 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2576  HD domain-containing protein  25 
 
 		 287 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4422  metal dependent phosphohydrolase  25.33 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1846  metal dependent phosphohydrolase  26.52 
 
 		 283 aa  82.8  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2279  HD domain-containing protein  31.98 
 
 		 496 aa  82  0.00000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.911233  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1497  metal dependent phosphohydrolase  31.49 
 
 		 285 aa  81.6  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0281  metal dependent phosphohydrolase  25.56 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00372927  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3944  metal dependent phosphohydrolase  25.09 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3139  histidine kinase  28.23 
 
 		 724 aa  81.3  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0643  metal dependent phosphohydrolase  29.05 
 
 		 425 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3356  putative signal transduction protein  24.81 
 
 		 276 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000102808  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4028  metal dependent phosphohydrolase  25.62 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000178316 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1312  metal dependent phosphohydrolase  28.57 
 
 		 284 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368639  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4563  hypothetical protein  26.29 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4190  metal dependent phosphohydrolase  25.24 
 
 		 284 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000885116  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1670  putative signal transduction protein  25.39 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3744  sensor histidine kinase  25.47 
 
 		 718 aa  78.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.297445 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0187  putative signal transduction protein  24.59 
 
 		 274 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2482  putative signal transduction protein  28.64 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4280  putative signal transduction protein  24.59 
 
 		 274 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0660971 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4147  putative signal transduction protein  24.59 
 
 		 274 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0188  putative signal transduction protein  24.59 
 
 		 274 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1361  putative signal transduction protein  27.8 
 
 		 282 aa  77.8  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.758377  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3580  putative signal transduction protein  31.22 
 
 		 275 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0283701  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0532  hypothetical protein  25.77 
 
 		 274 aa  77.8  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0944  metal dependent phosphohydrolase  27.5 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  26.89 
 
 		 505 aa  76.6  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1135  metal dependent phosphohydrolase  30.34 
 
 		 340 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3755  putative signal transduction protein  27.59 
 
 		 275 aa  76.3  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.904282  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0651  metal dependent phosphohydrolase  25.45 
 
 		 280 aa  76.3  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1873  putative signal transduction protein  27.88 
 
 		 415 aa  76.3  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.747115  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>