More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0381 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0381  3-dehydroquinate dehydratase, type II  100 
 
 		 151 aa  315  2e-85  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0610  3-dehydroquinate dehydratase  79.86 
 
 		 148 aa  251  3e-66  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.775404  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17900  3-dehydroquinate dehydratase  62.86 
 
 		 141 aa  189  8e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.348774  normal  0.621032 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2391  3-dehydroquinate dehydratase  60.42 
 
 		 147 aa  184  4e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2207  3-dehydroquinate dehydratase  59.15 
 
 		 144 aa  178  2e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121431  normal  0.285231 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6532  3-dehydroquinate dehydratase  59.86 
 
 		 144 aa  177  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446756  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1702  3-dehydroquinate dehydratase, type II  57.86 
 
 		 145 aa  176  1e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.345315  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2950  3-dehydroquinate dehydratase, type II  57.93 
 
 		 149 aa  176  1e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000135436  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1333  3-dehydroquinate dehydratase  57.55 
 
 		 141 aa  169  1e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.736952  normal  0.590383 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1306  3-dehydroquinate dehydratase  57.89 
 
 		 149 aa  168  2e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.203754  normal  0.0551942 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1841  3-dehydroquinate dehydratase  54.74 
 
 		 143 aa  153  9e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.226528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1848  3-dehydroquinate dehydratase  52.48 
 
 		 143 aa  152  1e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.690997  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15470  3-dehydroquinate dehydratase  54.29 
 
 		 143 aa  152  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.363675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2415  3-dehydroquinate dehydratase  51.03 
 
 		 146 aa  151  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.491796  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5252  3-dehydroquinate dehydratase  56.2 
 
 		 146 aa  151  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.667512  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1000  3-dehydroquinate dehydratase, type II  53.9 
 
 		 146 aa  150  8e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.178462  normal  0.031146 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1733  3-dehydroquinate dehydratase  50.71 
 
 		 161 aa  147  7e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0846239 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12557  3-dehydroquinate dehydratase  50.72 
 
 		 147 aa  140  6e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000372311  normal  0.0899495 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3032  3-dehydroquinate dehydratase  47.55 
 
 		 145 aa  138  1.9999999999999998e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.225268  hitchhiker  0.000680386 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1456  3-dehydroquinate dehydratase  48.57 
 
 		 145 aa  137  4.999999999999999e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.903143  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2355  3-dehydroquinate dehydratase  51.05 
 
 		 145 aa  137  6e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.547527  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4133  3-dehydroquinate dehydratase, type II  46.9 
 
 		 148 aa  137  6e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.817948  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2402  3-dehydroquinate dehydratase  51.05 
 
 		 145 aa  137  6e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0545033 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2396  3-dehydroquinate dehydratase  51.72 
 
 		 145 aa  136  8.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0780145  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4272  3-dehydroquinate dehydratase  46.81 
 
 		 146 aa  135  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4103  3-dehydroquinate dehydratase  46.81 
 
 		 146 aa  135  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.478145  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3941  3-dehydroquinate dehydratase  46.81 
 
 		 146 aa  135  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3952  3-dehydroquinate dehydratase  46.81 
 
 		 146 aa  135  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.405359  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4423  3-dehydroquinate dehydratase  46.81 
 
 		 146 aa  135  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4219  3-dehydroquinate dehydratase  46.81 
 
 		 146 aa  135  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4329  3-dehydroquinate dehydratase  46.81 
 
 		 146 aa  135  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0925  3-dehydroquinate dehydratase  46.1 
 
 		 146 aa  134  4e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4052  3-dehydroquinate dehydratase  46.1 
 
 		 146 aa  134  5e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4309  3-dehydroquinate dehydratase  46.1 
 
 		 146 aa  134  5e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2058  3-dehydroquinate dehydratase  47.22 
 
 		 193 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2893  3-dehydroquinate dehydratase  46.81 
 
 		 146 aa  134  6.0000000000000005e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0307948  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0246  3-dehydroquinate dehydratase, type II  43.33 
 
 		 156 aa  132  1.9999999999999998e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1707  3-dehydroquinate dehydratase  47.26 
 
 		 146 aa  130  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4964  3-dehydroquinate dehydratase  47.92 
 
 		 151 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0222066 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3150  3-dehydroquinate dehydratase, type II  47.14 
 
 		 144 aa  130  6.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3063  3-dehydroquinate dehydratase  47.92 
 
 		 151 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.816098  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5304  3-dehydroquinate dehydratase  47.92 
 
 		 151 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0349681 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1698  3-dehydroquinate dehydratase, type II  43.84 
 
 		 145 aa  130  7.999999999999999e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0849  3-dehydroquinate dehydratase  45.83 
 
 		 151 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2207  3-dehydroquinate dehydratase  45.83 
 
 		 151 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0344  3-dehydroquinate dehydratase  47.22 
 
 		 151 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.960001  normal  0.658958 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1753  3-dehydroquinate dehydratase  45.83 
 
 		 151 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.111772  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1789  3-dehydroquinate dehydratase  42.76 
 
 		 145 aa  129  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0892  3-dehydroquinate dehydratase  45.83 
 
 		 151 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.396481  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1896  3-dehydroquinate dehydratase  45.83 
 
 		 193 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2433  3-dehydroquinate dehydratase  43.66 
 
 		 149 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.587468  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0579  3-dehydroquinate dehydratase  45.83 
 
 		 193 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0482  3-dehydroquinate dehydratase  45.83 
 
 		 193 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.644593  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5193  3-dehydroquinate dehydratase  47.22 
 
 		 151 aa  128  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03030  3-dehydroquinate dehydratase  44.76 
 
 		 148 aa  128  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.343672  hitchhiker  0.0000797805 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1267  3-dehydroquinate dehydratase  43.26 
 
 		 146 aa  127  6e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0717044  hitchhiker  0.00235053 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1003  3-dehydroquinate dehydratase  45.83 
 
 		 150 aa  126  9.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2547  3-dehydroquinate dehydratase, type II  44.68 
 
 		 142 aa  126  9.000000000000001e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1538  3-dehydroquinate dehydratase  40.69 
 
 		 145 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3143  3-dehydroquinate dehydratase type II  47.14 
 
 		 145 aa  125  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.993688  hitchhiker  0.00640997 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0662  3-dehydroquinate dehydratase  47.55 
 
 		 147 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4665  3-dehydroquinate dehydratase  46.53 
 
 		 151 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560222  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2272  3-dehydroquinate dehydratase  44.37 
 
 		 176 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.156045  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5032  3-dehydroquinate dehydratase  46 
 
 		 151 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0330  3-dehydroquinate dehydratase  44.06 
 
 		 148 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7522  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2695  3-dehydroquinate dehydratase, type II  42.96 
 
 		 145 aa  124  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.800528 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2566  3-dehydroquinate dehydratase  41.38 
 
 		 147 aa  124  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5387  3-dehydroquinate dehydratase  45.14 
 
 		 153 aa  124  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.878433  normal  0.435849 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2491  3-dehydroquinate dehydratase  44.9 
 
 		 147 aa  124  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.254685  normal  0.906535 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1050  3-dehydroquinate dehydratase  46.15 
 
 		 147 aa  124  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000995076  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0045  3-dehydroquinate dehydratase, type II  46.15 
 
 		 144 aa  123  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.152368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06130  3-dehydroquinate dehydratase, type II  41.38 
 
 		 148 aa  123  8.000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0337  3-dehydroquinate dehydratase  41.67 
 
 		 146 aa  123  8.000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0586  3-dehydroquinate dehydratase  47.14 
 
 		 144 aa  123  1e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0571  3-dehydroquinate dehydratase  47.14 
 
 		 144 aa  123  1e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000293441  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1521  3-dehydroquinate dehydratase  40.97 
 
 		 148 aa  122  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2077  3-dehydroquinate dehydratase  44.06 
 
 		 150 aa  122  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.556948  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1732  3-dehydroquinate dehydratase  40 
 
 		 145 aa  122  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.676815  normal  0.0717581 
 
 
-
 
NC_004310  BR0908  3-dehydroquinate dehydratase  41.96 
 
 		 157 aa  120  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.286667  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0904  3-dehydroquinate dehydratase  41.96 
 
 		 176 aa  120  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1211  3-dehydroquinate dehydratase, type II  41.61 
 
 		 155 aa  121  4e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3419  3-dehydroquinate dehydratase  43.45 
 
 		 151 aa  121  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0105986  normal  0.197082 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3290  3-dehydroquinate dehydratase  43.26 
 
 		 152 aa  120  5e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.267239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2302  3-dehydroquinate dehydratase  44.9 
 
 		 177 aa  120  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.708414  hitchhiker  0.00337586 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2094  3-dehydroquinate dehydratase, type II  40.97 
 
 		 142 aa  119  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.641417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2531  3-dehydroquinate dehydratase  40.28 
 
 		 145 aa  119  9.999999999999999e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38070  3-dehydroquinate dehydratase  39.73 
 
 		 147 aa  119  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.633165  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1198  3-dehydroquinate dehydratase  40.88 
 
 		 141 aa  119  9.999999999999999e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3467  3-dehydroquinate dehydratase  42.86 
 
 		 149 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0695  3-dehydroquinate dehydratase  37.93 
 
 		 144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0103169  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3500  3-dehydroquinate dehydratase  42.95 
 
 		 155 aa  118  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.651593 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4902  3-dehydroquinate dehydratase  42.34 
 
 		 146 aa  118  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0954  3-dehydroquinate dehydratase  39.44 
 
 		 148 aa  118  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0330586 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0849  3-dehydroquinate dehydratase  41.43 
 
 		 142 aa  118  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00904578  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2407  3-dehydroquinate dehydratase  39.16 
 
 		 149 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0668809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3288  3-dehydroquinate dehydratase  39.16 
 
 		 152 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0695  3-dehydroquinate dehydratase  38.3 
 
 		 146 aa  117  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.114768  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0883  3-dehydroquinate dehydratase  42.36 
 
 		 160 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.893545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3916  3-dehydroquinate dehydratase  43.84 
 
 		 150 aa  117  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.491166  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2104  3-dehydroquinate dehydratase  42.57 
 
 		 148 aa  117  6e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>