More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3288 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3288  3-dehydroquinate dehydratase  100 
 
 		 152 aa  311  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2407  3-dehydroquinate dehydratase  100 
 
 		 149 aa  305  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0668809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2041  3-dehydroquinate dehydratase  97.32 
 
 		 149 aa  301  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775923 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1913  3-dehydroquinate dehydratase  93.42 
 
 		 152 aa  296  8e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.643127  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38070  3-dehydroquinate dehydratase  80.14 
 
 		 147 aa  242  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.633165  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4902  3-dehydroquinate dehydratase  76.55 
 
 		 146 aa  236  6.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0330  3-dehydroquinate dehydratase  68.24 
 
 		 148 aa  211  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7522  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03030  3-dehydroquinate dehydratase  66.22 
 
 		 148 aa  209  9e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.343672  hitchhiker  0.0000797805 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2058  3-dehydroquinate dehydratase  62.84 
 
 		 193 aa  195  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1896  3-dehydroquinate dehydratase  64.34 
 
 		 193 aa  188  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0482  3-dehydroquinate dehydratase  64.34 
 
 		 193 aa  188  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.644593  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0849  3-dehydroquinate dehydratase  64.34 
 
 		 151 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1753  3-dehydroquinate dehydratase  64.34 
 
 		 151 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.111772  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0892  3-dehydroquinate dehydratase  64.34 
 
 		 151 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.396481  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2207  3-dehydroquinate dehydratase  64.34 
 
 		 151 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0579  3-dehydroquinate dehydratase  63.64 
 
 		 193 aa  187  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2094  3-dehydroquinate dehydratase, type II  63.31 
 
 		 142 aa  187  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.641417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0883  3-dehydroquinate dehydratase  63.45 
 
 		 160 aa  185  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.893545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4568  3-dehydroquinate dehydratase  61.38 
 
 		 151 aa  184  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4964  3-dehydroquinate dehydratase  63.51 
 
 		 151 aa  183  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0222066 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3063  3-dehydroquinate dehydratase  63.51 
 
 		 151 aa  183  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.816098  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5304  3-dehydroquinate dehydratase  63.51 
 
 		 151 aa  183  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0349681 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0337  3-dehydroquinate dehydratase  60.56 
 
 		 146 aa  182  1.0000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0344  3-dehydroquinate dehydratase  62.16 
 
 		 151 aa  181  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.960001  normal  0.658958 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4665  3-dehydroquinate dehydratase  62.16 
 
 		 151 aa  181  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560222  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5193  3-dehydroquinate dehydratase  61.49 
 
 		 151 aa  180  7e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3392  3-dehydroquinate dehydratase  61.87 
 
 		 158 aa  179  9.000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2377  3-dehydroquinate dehydratase  62.25 
 
 		 149 aa  179  1e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3419  3-dehydroquinate dehydratase  60.81 
 
 		 151 aa  177  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0105986  normal  0.197082 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1551  3-dehydroquinate dehydratase  61.94 
 
 		 150 aa  175  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.961806  normal  0.25542 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5453  3-dehydroquinate dehydratase  62.77 
 
 		 147 aa  174  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.747889  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3174  3-dehydroquinate dehydratase  60 
 
 		 153 aa  174  4e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.715681 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002198  3-dehydroquinate dehydratase II  58.9 
 
 		 149 aa  172  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0180031  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3290  3-dehydroquinate dehydratase  58.09 
 
 		 152 aa  171  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.267239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00170  3-dehydroquinate dehydratase  58.22 
 
 		 179 aa  171  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3467  3-dehydroquinate dehydratase  61.27 
 
 		 149 aa  170  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01135  Catabolic 3-dehydroquinase (EC 4.2.1.10)(3-dehydroquinate dehydratase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:P05147]  53.95 
 
 		 153 aa  169  1e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.174731 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3063  3-dehydroquinate dehydratase  56.58 
 
 		 162 aa  169  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2187  3-dehydroquinate dehydratase  57.75 
 
 		 156 aa  167  4e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.379626  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2715  3-dehydroquinate dehydratase  55.03 
 
 		 151 aa  167  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0605  3-dehydroquinate dehydratase  60 
 
 		 151 aa  167  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0678891 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1707  3-dehydroquinate dehydratase  57.55 
 
 		 146 aa  167  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0599  3-dehydroquinate dehydratase  60 
 
 		 151 aa  167  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0045  3-dehydroquinate dehydratase, type II  59.86 
 
 		 144 aa  167  5e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.152368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2433  3-dehydroquinate dehydratase  60.58 
 
 		 149 aa  167  6e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.587468  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1714  3-dehydroquinate dehydratase  61.19 
 
 		 145 aa  167  7e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.011115  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0668  3-dehydroquinate dehydratase  60.9 
 
 		 156 aa  167  7e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5319  3-dehydroquinate dehydratase  56.38 
 
 		 149 aa  166  8e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3018  3-dehydroquinate dehydratase  58.7 
 
 		 151 aa  166  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2433  3-dehydroquinate dehydratase  57.25 
 
 		 156 aa  166  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.17866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0560  3-dehydroquinate dehydratase  60 
 
 		 151 aa  165  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3145  3-dehydroquinate dehydratase  56.85 
 
 		 146 aa  165  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.35351  normal  0.502836 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5032  3-dehydroquinate dehydratase  55.41 
 
 		 151 aa  165  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1751  3-dehydroquinate dehydratase  56.34 
 
 		 156 aa  165  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0911231  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0620  3-dehydroquinate dehydratase  59.31 
 
 		 151 aa  165  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0159708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4605  3-dehydroquinate dehydratase  59.31 
 
 		 150 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.853087  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2300  3-dehydroquinate dehydratase  52.82 
 
 		 148 aa  164  5e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.562117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2690  3-dehydroquinate dehydratase  56.16 
 
 		 150 aa  164  5e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000775969  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1538  3-dehydroquinate dehydratase  55.47 
 
 		 145 aa  164  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3022  3-dehydroquinate dehydratase  57.34 
 
 		 147 aa  163  8e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00285164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0570  3-dehydroquinate dehydratase  54.23 
 
 		 150 aa  163  8e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0845  3-dehydroquinate dehydratase, type II  57.86 
 
 		 145 aa  163  9e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.556565  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4859  3-dehydroquinate dehydratase, type II  60 
 
 		 150 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4399  3-dehydroquinate dehydratase  60 
 
 		 150 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1732  3-dehydroquinate dehydratase  54.74 
 
 		 145 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.676815  normal  0.0717581 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3376  3-dehydroquinate dehydratase  56.64 
 
 		 147 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2272  3-dehydroquinate dehydratase  50 
 
 		 176 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.156045  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0088  3-dehydroquinate dehydratase  57.46 
 
 		 161 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.2275  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0511  3-dehydroquinate dehydratase  55.8 
 
 		 144 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3520  3-dehydroquinate dehydratase  55.8 
 
 		 144 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5566  3-dehydroquinate dehydratase  59.86 
 
 		 147 aa  161  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4214  3-dehydroquinate dehydratase  55.07 
 
 		 163 aa  161  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.392467  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21280  3-dehydroquinate dehydratase  56.93 
 
 		 150 aa  161  3e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.775201  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64090  3-dehydroquinate dehydratase  59.86 
 
 		 147 aa  161  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0511  3-dehydroquinate dehydratase  55.8 
 
 		 144 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2104  3-dehydroquinate dehydratase  51.7 
 
 		 148 aa  160  5.0000000000000005e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3692  3-dehydroquinate dehydratase  58.65 
 
 		 150 aa  160  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.526895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1610  3-dehydroquinate dehydratase  51.7 
 
 		 148 aa  160  6e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0468975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1924  3-dehydroquinate dehydratase  55.64 
 
 		 142 aa  160  7e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.132739  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3443  3-dehydroquinate dehydratase, type II  61.48 
 
 		 146 aa  160  8.000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0715  3-dehydroquinate dehydratase  58.62 
 
 		 148 aa  160  8.000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.583785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3916  3-dehydroquinate dehydratase  54.11 
 
 		 150 aa  160  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.491166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0546  3-dehydroquinate dehydratase  55.41 
 
 		 149 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5387  3-dehydroquinate dehydratase  56.12 
 
 		 153 aa  160  8.000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.878433  normal  0.435849 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0512  3-dehydroquinate dehydratase  55.07 
 
 		 146 aa  159  9e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1789  3-dehydroquinate dehydratase  50.34 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0904  3-dehydroquinate dehydratase  51.37 
 
 		 176 aa  159  1e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4133  3-dehydroquinate dehydratase, type II  56.16 
 
 		 148 aa  159  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.817948  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3940  3-dehydroquinate dehydratase  58.96 
 
 		 141 aa  159  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000739911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2302  3-dehydroquinate dehydratase  52.35 
 
 		 177 aa  159  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.708414  hitchhiker  0.00337586 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1841  3-dehydroquinate dehydratase  55.47 
 
 		 143 aa  159  1e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.226528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2867  3-dehydroquinate dehydratase  54.23 
 
 		 151 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2834  3-dehydroquinate dehydratase  58.21 
 
 		 149 aa  159  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0506337  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0908  3-dehydroquinate dehydratase  51.37 
 
 		 157 aa  159  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.286667  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0954  3-dehydroquinate dehydratase  50.68 
 
 		 148 aa  159  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0330586 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2054  3-dehydroquinate dehydratase  54.48 
 
 		 151 aa  159  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2785  3-dehydroquinate dehydratase  58.39 
 
 		 156 aa  157  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.995047 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0183  3-dehydroquinate dehydratase  53.33 
 
 		 172 aa  157  3e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0858965 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2864  3-dehydroquinate dehydratase  57.75 
 
 		 162 aa  157  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2657  3-dehydroquinate dehydratase  53.42 
 
 		 149 aa  157  5e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000254633 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>