More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0954 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0954  3-dehydroquinate dehydratase  100 
 
 		 148 aa  305  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0330586 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1732  3-dehydroquinate dehydratase  81.25 
 
 		 145 aa  251  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.676815  normal  0.0717581 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1538  3-dehydroquinate dehydratase  79.86 
 
 		 145 aa  248  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1789  3-dehydroquinate dehydratase  76.55 
 
 		 145 aa  236  6.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1714  3-dehydroquinate dehydratase  70.15 
 
 		 145 aa  209  9e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.011115  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2272  3-dehydroquinate dehydratase  67.86 
 
 		 176 aa  206  8e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.156045  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0904  3-dehydroquinate dehydratase  68.57 
 
 		 176 aa  203  5e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0908  3-dehydroquinate dehydratase  64.86 
 
 		 157 aa  203  7e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.286667  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3500  3-dehydroquinate dehydratase  60.84 
 
 		 155 aa  189  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.651593 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2077  3-dehydroquinate dehydratase  61.11 
 
 		 150 aa  179  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.556948  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1610  3-dehydroquinate dehydratase  55.86 
 
 		 148 aa  176  7e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0468975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3419  3-dehydroquinate dehydratase  57.04 
 
 		 151 aa  176  9e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0105986  normal  0.197082 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2300  3-dehydroquinate dehydratase  63.97 
 
 		 148 aa  176  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.562117  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1707  3-dehydroquinate dehydratase  56.74 
 
 		 146 aa  175  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3290  3-dehydroquinate dehydratase  56.03 
 
 		 152 aa  175  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.267239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2104  3-dehydroquinate dehydratase  55.17 
 
 		 148 aa  174  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3916  3-dehydroquinate dehydratase  54.55 
 
 		 150 aa  172  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.491166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1551  3-dehydroquinate dehydratase  56.39 
 
 		 150 aa  172  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.961806  normal  0.25542 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03030  3-dehydroquinate dehydratase  56.93 
 
 		 148 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.343672  hitchhiker  0.0000797805 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5193  3-dehydroquinate dehydratase  56.12 
 
 		 151 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2058  3-dehydroquinate dehydratase  54.23 
 
 		 193 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2491  3-dehydroquinate dehydratase  54.93 
 
 		 147 aa  171  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.254685  normal  0.906535 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0337  3-dehydroquinate dehydratase  56.43 
 
 		 146 aa  171  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1397  3-dehydroquinate dehydratase  55.94 
 
 		 154 aa  171  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000192408  normal  0.601404 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5387  3-dehydroquinate dehydratase  53.1 
 
 		 153 aa  171  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.878433  normal  0.435849 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0330  3-dehydroquinate dehydratase  56.2 
 
 		 148 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7522  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0344  3-dehydroquinate dehydratase  55.4 
 
 		 151 aa  171  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.960001  normal  0.658958 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4665  3-dehydroquinate dehydratase  56.12 
 
 		 151 aa  170  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560222  normal  0.542393 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4964  3-dehydroquinate dehydratase  56.12 
 
 		 151 aa  169  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0222066 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2302  3-dehydroquinate dehydratase  54.23 
 
 		 177 aa  169  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.708414  hitchhiker  0.00337586 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3063  3-dehydroquinate dehydratase  56.12 
 
 		 151 aa  169  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.816098  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5304  3-dehydroquinate dehydratase  56.12 
 
 		 151 aa  169  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0349681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4902  3-dehydroquinate dehydratase  54.74 
 
 		 146 aa  167  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1223  3-dehydroquinate dehydratase  58.99 
 
 		 151 aa  167  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38070  3-dehydroquinate dehydratase  51.37 
 
 		 147 aa  167  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.633165  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1267  3-dehydroquinate dehydratase  55.4 
 
 		 146 aa  167  4e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0717044  hitchhiker  0.00235053 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1094  3-dehydroquinate dehydratase  58.99 
 
 		 191 aa  167  5e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.280773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5032  3-dehydroquinate dehydratase  52.05 
 
 		 151 aa  167  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2664  3-dehydroquinate dehydratase  57.55 
 
 		 150 aa  166  7e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2299  3-dehydroquinate dehydratase  53.1 
 
 		 159 aa  166  8e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.926726  normal  0.99105 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0579  3-dehydroquinate dehydratase  54.68 
 
 		 193 aa  166  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1028  3-dehydroquinate dehydratase  58.99 
 
 		 151 aa  166  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0849  3-dehydroquinate dehydratase  53.96 
 
 		 151 aa  165  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1753  3-dehydroquinate dehydratase  53.96 
 
 		 151 aa  165  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.111772  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0892  3-dehydroquinate dehydratase  53.96 
 
 		 151 aa  165  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.396481  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2207  3-dehydroquinate dehydratase  53.96 
 
 		 151 aa  165  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1896  3-dehydroquinate dehydratase  53.96 
 
 		 193 aa  165  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1698  3-dehydroquinate dehydratase, type II  54.93 
 
 		 145 aa  165  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0482  3-dehydroquinate dehydratase  53.96 
 
 		 193 aa  165  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.644593  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4097  3-dehydroquinate dehydratase, type II  51.7 
 
 		 165 aa  165  2e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.517045  normal  0.0424658 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5950  3-dehydroquinate dehydratase  52.03 
 
 		 149 aa  164  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0375239  normal  0.0174964 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2566  3-dehydroquinate dehydratase  53.15 
 
 		 147 aa  163  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0883  3-dehydroquinate dehydratase  54.55 
 
 		 160 aa  163  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.893545  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2190  3-dehydroquinate dehydratase, type II  55.86 
 
 		 150 aa  163  8e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.369696  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2715  3-dehydroquinate dehydratase  55.32 
 
 		 151 aa  163  9e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2187  3-dehydroquinate dehydratase  54.61 
 
 		 156 aa  162  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.379626  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0849  3-dehydroquinate dehydratase  59.26 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00904578  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7090  3-dehydroquinate dehydratase  51.02 
 
 		 147 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2433  3-dehydroquinate dehydratase  56.83 
 
 		 149 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.587468  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3376  3-dehydroquinate dehydratase  52.08 
 
 		 147 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0045  3-dehydroquinate dehydratase, type II  53.19 
 
 		 144 aa  160  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.152368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3022  3-dehydroquinate dehydratase  51.75 
 
 		 147 aa  160  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00285164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1924  3-dehydroquinate dehydratase  56.12 
 
 		 142 aa  160  6e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.132739  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2094  3-dehydroquinate dehydratase, type II  51.49 
 
 		 142 aa  160  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.641417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1751  3-dehydroquinate dehydratase  55.32 
 
 		 156 aa  160  7e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0911231  normal  0.235606 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3018  3-dehydroquinate dehydratase  53.19 
 
 		 151 aa  160  7e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2391  3-dehydroquinate dehydratase  51.77 
 
 		 147 aa  160  8.000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2867  3-dehydroquinate dehydratase  53.9 
 
 		 151 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.468217 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2433  3-dehydroquinate dehydratase  54.35 
 
 		 156 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.17866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2407  3-dehydroquinate dehydratase  50.68 
 
 		 149 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0668809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4214  3-dehydroquinate dehydratase  57.25 
 
 		 163 aa  159  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.392467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4568  3-dehydroquinate dehydratase  51.77 
 
 		 151 aa  159  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3288  3-dehydroquinate dehydratase  50.68 
 
 		 152 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.796587 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3145  3-dehydroquinate dehydratase  51.37 
 
 		 146 aa  158  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.35351  normal  0.502836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2041  3-dehydroquinate dehydratase  53.28 
 
 		 149 aa  157  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775923 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1050  3-dehydroquinate dehydratase  52.08 
 
 		 147 aa  158  3e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000995076  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3467  3-dehydroquinate dehydratase  49.32 
 
 		 149 aa  157  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1913  3-dehydroquinate dehydratase  52.55 
 
 		 152 aa  157  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.643127  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5319  3-dehydroquinate dehydratase  53.15 
 
 		 149 aa  157  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0255  3-dehydroquinate dehydratase, type II  60 
 
 		 184 aa  156  8e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0915  3-dehydroquinate dehydratase  56.52 
 
 		 149 aa  156  8e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.249833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3860  3-dehydroquinate dehydratase  55.17 
 
 		 148 aa  156  8e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0470796 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0032  3-dehydroquinate dehydratase  57.66 
 
 		 149 aa  156  9e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0715  3-dehydroquinate dehydratase  55.56 
 
 		 153 aa  155  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1595  3-dehydroquinate dehydratase, type II  57.97 
 
 		 144 aa  155  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0744  3-dehydroquinate dehydratase  55.56 
 
 		 153 aa  155  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00682582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1474  3-dehydroquinate dehydratase, type II  54.86 
 
 		 152 aa  155  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00136549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2054  3-dehydroquinate dehydratase  56.12 
 
 		 151 aa  155  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2377  3-dehydroquinate dehydratase  55.63 
 
 		 149 aa  155  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4756  3-dehydroquinate dehydratase  59.85 
 
 		 141 aa  155  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6532  3-dehydroquinate dehydratase  48.53 
 
 		 144 aa  155  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.446756  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21280  3-dehydroquinate dehydratase  52.94 
 
 		 150 aa  155  2e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.775201  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4700  3-dehydroquinate dehydratase  60.8 
 
 		 130 aa  155  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0672419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5252  3-dehydroquinate dehydratase  49.26 
 
 		 146 aa  154  3e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.667512  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1823  3-dehydroquinate dehydratase  56.34 
 
 		 144 aa  154  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000527848  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0981  3-dehydroquinate dehydratase  54.93 
 
 		 150 aa  154  6e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00261283  normal  0.0932644 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2207  3-dehydroquinate dehydratase  46.81 
 
 		 144 aa  154  6e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.121431  normal  0.285231 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1044  3-dehydroquinate dehydratase  52.08 
 
 		 148 aa  153  7e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.983383  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2950  3-dehydroquinate dehydratase, type II  46.53 
 
 		 149 aa  153  7e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000135436  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0123  3-dehydroquinate dehydratase  58.91 
 
 		 141 aa  153  9e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.573144  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>