More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0083 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0083  General secretory system II protein E domain protein  100 
 
 
552 aa  1117    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0066  General secretory system II protein E domain protein  95.29 
 
 
552 aa  1073    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.364280000000001e-24 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4273  general secretion pathway protein E  53.36 
 
 
552 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3401  general secretory system II, protein E-like  45.92 
 
 
540 aa  501  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0435  MSHA biogenesis protein MshE, putative  46 
 
 
549 aa  480  1e-134  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0535  general secretion pathway protein E  43.76 
 
 
550 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3220  General secretory system II protein E domain protein  42.99 
 
 
550 aa  444  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0991  type II secretion system protein E  27.02 
 
 
564 aa  181  4e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0853  type II secretion system protein E  25 
 
 
561 aa  177  7e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000472298  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1822  type II secretion system protein E  25.89 
 
 
557 aa  176  9e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0186286  normal  0.89431 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1554  type II secretion system protein E  26.64 
 
 
553 aa  171  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17740  type II secretion system protein E (GspE)  24.59 
 
 
557 aa  170  6e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.898246 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1347  type II secretion system protein E  25.31 
 
 
556 aa  169  1e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0547  ATPase, type IV pilus assembly protein PilB  25 
 
 
565 aa  167  5.9999999999999996e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1884  type II secretion system protein E  24.36 
 
 
570 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000000626903  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05970  Tfp pilus assembly protein PilB  24.21 
 
 
558 aa  166  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0729  general secretory pathway protein E  24.3 
 
 
603 aa  163  7e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.26973  normal  0.525639 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0301  type II secretion system protein E  24.54 
 
 
554 aa  163  8.000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0756  type II secretion system protein E  25.55 
 
 
589 aa  162  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2414  type II secretion system protein E  21.87 
 
 
564 aa  161  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0720  general secretory pathway protein E  24.56 
 
 
599 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0719  general secretory pathway protein E  24.56 
 
 
599 aa  161  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0408  type II secretion system protein E  22.16 
 
 
570 aa  159  1e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0685  type II secretion system protein E  24.56 
 
 
599 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1996  type II secretion system protein E  22.59 
 
 
567 aa  159  1e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0326  type II secretion system protein E  24.42 
 
 
612 aa  158  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.038954  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1322  type II secretion system protein E  23.31 
 
 
553 aa  158  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0787535 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1055  type II secretion system protein E  25.48 
 
 
559 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0268645  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0667  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  24.95 
 
 
568 aa  157  6e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0453527  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1653  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  26.09 
 
 
568 aa  156  8e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0113  type II secretion system protein E  26.79 
 
 
688 aa  156  9e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00290435  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00254  putative Mannose-sensitive agglutinin (MSHA) biogenesis protein MshE (pilus type IV)  22.29 
 
 
570 aa  155  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1491  type IV pilus biogenesis protein PilB  25.81 
 
 
568 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.10563  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  23.85 
 
 
568 aa  154  5e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0656  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  23.85 
 
 
568 aa  153  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1504  type II secretion system protein E  21.75 
 
 
558 aa  153  7e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0622  type II secretion system protein E  23.65 
 
 
568 aa  153  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2682  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  25.89 
 
 
568 aa  152  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3555  type II secretion system protein E  22.49 
 
 
573 aa  151  3e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422315  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2103  type II secretion system protein E  22.61 
 
 
571 aa  150  6e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1725  general secretory pathway protein E  25.25 
 
 
553 aa  150  6e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0426  type II secretion system protein E  23.14 
 
 
577 aa  149  9e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0285266  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3407  type II secretion system protein E  23.5 
 
 
568 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0888  type II secretion system protein E  24.64 
 
 
553 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2514  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  24.37 
 
 
568 aa  146  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.066963  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2595  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  25.69 
 
 
568 aa  144  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0117  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  23.05 
 
 
571 aa  144  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00247138  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0392  type II secretion system protein E  22.76 
 
 
586 aa  144  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1631  type IV-A pilus assembly ATPase PilB  25.3 
 
 
568 aa  143  8e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1393  type II secretion system protein E  24.19 
 
 
568 aa  143  8e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.733111 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1028  type II secretion system protein E  22.56 
 
 
568 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328232 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0752  pilus assembly pathway ATPase PilB  24.66 
 
 
577 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.440841  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3360  type II secretion system protein E  24.71 
 
 
585 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1168  type II secretion system protein E  21.67 
 
 
561 aa  143  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3271  type II secretion system protein E  23.4 
 
 
574 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0042  type II secretion system protein E  21.83 
 
 
568 aa  142  1.9999999999999998e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2570  secretion system protein E  22.63 
 
 
562 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0956  type II secretion system protein E  25.2 
 
 
561 aa  142  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0457  MSHA biogenesis protein MshE  21.6 
 
 
587 aa  141  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0388  MshA biogenesis protein MshE  24.86 
 
 
594 aa  140  4.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000356112  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2665  type II secretion system protein E  22.22 
 
 
545 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0886  type II secretion system protein E  25.05 
 
 
571 aa  140  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.135966  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2149  type II secretory pathway, ATPase PulE/Tfp pilus assembly pathway, ATPase PilB  23.21 
 
 
566 aa  139  8.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.365322  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3765  type II secretion system protein E  21.64 
 
 
577 aa  139  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.238087  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0873  general secretory pathway protein E  21.92 
 
 
871 aa  137  6.0000000000000005e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1392  type II secretion system protein E  22.5 
 
 
571 aa  137  7.000000000000001e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.025124 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3748  type II secretion system protein E  21.6 
 
 
586 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.307926  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1041  type II secretion system protein E  23.53 
 
 
547 aa  136  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1034  type II secretion system protein E  22.75 
 
 
558 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3257  type II secretion system protein E  23.75 
 
 
561 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0547  type II secretion system protein E  21.51 
 
 
584 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2364  response regulator receiver protein  21.42 
 
 
806 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4414  type II secretion system protein E  21.36 
 
 
585 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0327101  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2562  type II secretion system protein E  21.9 
 
 
555 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3344  type II secretion system protein E  22.03 
 
 
586 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0160309  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0949  type II secretion system protein E  22.08 
 
 
885 aa  133  7.999999999999999e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.14742  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3083  type II secretion system protein E  24.27 
 
 
550 aa  133  9e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0750364 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0263  type II secretion system protein E  23.75 
 
 
891 aa  132  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.198237  normal  0.68743 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2272  secretion system protein E  22.04 
 
 
563 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3660  type II secretion system protein E  21.47 
 
 
586 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0879  type II secretion system protein E  22.67 
 
 
569 aa  131  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.13472 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3473  response regulator receiver domain-containing protein  21.7 
 
 
823 aa  131  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1823  type II secretion system protein E  24.17 
 
 
571 aa  131  3e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.158798 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4109  MSHA biogenesis protein MshE  21.54 
 
 
586 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3483  type II secretion system protein E  21.28 
 
 
586 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0469  type II secretion system protein E  21.28 
 
 
586 aa  130  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1526  type II secretion system protein E  22.87 
 
 
567 aa  129  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.30964 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1792  type II secretion system protein E  22.44 
 
 
573 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.608065 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0078  type II secretion system protein E  22.22 
 
 
554 aa  128  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1107  type II secretion system protein E  21.32 
 
 
787 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0563  type II secretion system protein E  21.47 
 
 
586 aa  126  9e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4573  MSHA biogenesis protein MshE  21.31 
 
 
570 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3832  type II secretion system protein E  20.92 
 
 
586 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0461846  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0579  type II secretion system protein E  21.69 
 
 
576 aa  126  1e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000642239 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0594  type II secretion system protein E  20.52 
 
 
888 aa  126  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0229677 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0487  type II secretion system protein E  20.18 
 
 
586 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0968  type II secretion system protein E  23.32 
 
 
561 aa  125  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.197479  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0173  type II secretion system protein E  20.93 
 
 
637 aa  125  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1138  type II secretory pathway, ATPase  22.24 
 
 
582 aa  125  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0508  type II secretion system protein E  20.92 
 
 
586 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.344725  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>