More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1746 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1746  integration host factor, beta subunit  100 
 
 		 92 aa  183  8e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0216856  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1833  histone-like DNA-binding protein  91.11 
 
 		 93 aa  171  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2142  histone family protein DNA-binding protein  75.82 
 
 		 91 aa  148  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0158969  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1455  BHL, histone-like protein  76.67 
 
 		 92 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000108393  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1850  histone family protein DNA-binding protein  74.19 
 
 		 93 aa  141  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30958  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2156  histone family protein DNA-binding protein  75.56 
 
 		 91 aa  139  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1781  histone family protein DNA-binding protein  68.13 
 
 		 91 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.88683  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2060  histone family protein DNA-binding protein  74.44 
 
 		 91 aa  137  7e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1425  histone family protein DNA-binding protein  69.23 
 
 		 96 aa  129  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.589972  normal  0.158617 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3240  histone family protein DNA-binding protein  60 
 
 		 168 aa  114  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0908312  normal  0.935864 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3890  histone family protein DNA-binding protein  58.43 
 
 		 106 aa  115  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00577946  normal  0.782973 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3207  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 91 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1870  histone family protein DNA-binding protein  55.56 
 
 		 91 aa  111  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00502599 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1941  histone family protein DNA-binding protein  57.78 
 
 		 91 aa  111  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1012  histone family protein DNA-binding protein  56.04 
 
 		 91 aa  110  7.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000010655  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3213  histone-like DNA-binding protein  55.56 
 
 		 91 aa  107  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1799  histone-like DNA-binding protein  57.47 
 
 		 91 aa  105  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246385  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1299  histone family protein DNA-binding protein  55.17 
 
 		 93 aa  105  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.184081  normal  0.0709018 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0558  histone family protein DNA-binding protein  57.47 
 
 		 91 aa  104  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000235916 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0397  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 91 aa  102  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.146494 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1783  histone family protein DNA-binding protein  55.17 
 
 		 91 aa  103  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.464491 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0740  histone family protein DNA-binding protein  54.44 
 
 		 126 aa  103  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0698  histone-like DNA-binding protein  53.33 
 
 		 116 aa  101  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.151806  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0733  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 115 aa  101  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.721245  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0734  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 115 aa  101  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15046  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0868  histone-like DNA-binding protein  53.76 
 
 		 95 aa  100  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0392256  normal  0.0328691 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0097  integration host factor, beta subunit  52.17 
 
 		 101 aa  100  9e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1890  histone family protein DNA-binding protein  52.81 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.469333  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0147  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 		 110 aa  97.8  5e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1468  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 		 93 aa  97.4  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000686473  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0996  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 93 aa  97.1  7e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3254  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 93 aa  97.1  7e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00043696  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2602  DNA-binding protein HU  53.85 
 
 		 96 aa  96.3  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0717937  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1613  integration host factor, beta subunit  48.39 
 
 		 104 aa  94.4  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3883  integration host factor subunit beta  48.39 
 
 		 93 aa  94.4  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.782365  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3589  integration host factor subunit beta  48.39 
 
 		 93 aa  94  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.201155  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2127  histone family protein DNA-binding protein  47.78 
 
 		 91 aa  93.6  8e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.053559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0202  integration host factor subunit beta  47.31 
 
 		 95 aa  93.6  9e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.857447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3274  integration host factor subunit beta  48.39 
 
 		 93 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3199  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 		 98 aa  92.8  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0890177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4725  integration host factor, beta subunit  47.25 
 
 		 113 aa  92.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.929388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1788  integration host factor, beta subunit  46.24 
 
 		 104 aa  92  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000860483 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1720  integration host factor, beta subunit  45.65 
 
 		 113 aa  91.7  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.191599  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3672  integration host factor, beta subunit  45.65 
 
 		 94 aa  91.3  4e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1027  integration host factor subunit beta  47.31 
 
 		 95 aa  91.3  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.692132  normal  0.669303 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 		 102 aa  90.9  6e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0926  integration host factor, beta subunit  54.35 
 
 		 95 aa  90.9  6e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00174707  normal  0.404226 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1070  integration host factor, beta subunit  54.35 
 
 		 95 aa  90.9  6e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00234309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1390  integration host factor, beta subunit  47.31 
 
 		 103 aa  90.5  6e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0244556  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2470  integration host factor, beta subunit  47.31 
 
 		 103 aa  90.5  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.391555  normal  0.36333 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1653  histone-like DNA-binding protein  47.78 
 
 		 90 aa  90.5  7e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000047794  unclonable  0.0000440637 
 
 
 
NC_008781  Pnap_2797  integration host factor, beta subunit  45.16 
 
 		 104 aa  90.5  8e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  hitchhiker  0.000129709 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1281  integration host factor subunit beta  51.65 
 
 		 94 aa  90.1  9e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.218086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3125  histone family protein DNA-binding protein  46.15 
 
 		 112 aa  90.1  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0598577  decreased coverage  0.00823154 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1351  histone family protein DNA-binding protein  49.45 
 
 		 92 aa  89.7  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0471037  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1474  putative DNA-binding protein HU-beta  47.78 
 
 		 90 aa  89.7  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000997119  hitchhiker  0.0000985943 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0181  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 		 113 aa  89.7  1e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000858176  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1880  nucleoid DNA-binding protein  49.45 
 
 		 94 aa  89.7  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000082072  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0409  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 103 aa  89.7  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0148  integration host factor subunit beta  43.48 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395454  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0153  integration host factor subunit beta  43.48 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0946  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.666677  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0427  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.496954  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3286  histone family protein DNA-binding protein  46.15 
 
 		 109 aa  89  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00577956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2992  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1772  histone-like DNA-binding protein  46.67 
 
 		 90 aa  89.4  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000757515  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2944  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.846703  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2571  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.444385  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1639  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  89  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.79916  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0202  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0165  integration host factor subunit beta  43.48 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2881  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601006  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1007  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  88.2  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.864933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0058  integration host factor subunit beta  43.96 
 
 		 101 aa  88.6  3e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0950435  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1048  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  88.2  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0066  integration host factor subunit beta  43.96 
 
 		 101 aa  88.6  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0569  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  88.2  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3787  integration host factor subunit beta  46.74 
 
 		 95 aa  88.6  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0868324  hitchhiker  0.00129518 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3034  integration host factor subunit beta  51.65 
 
 		 95 aa  88.6  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0949718  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0910  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 		 138 aa  88.2  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0059  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 99 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0043  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 99 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.621323  normal  0.262305 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4161  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  88.2  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0021  integration host factor subunit beta  46.15 
 
 		 103 aa  88.2  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00013194 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1199  integration host factor, beta subunit  47.83 
 
 		 108 aa  87.8  4e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0780  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 		 142 aa  87.8  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.034129 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1626  histone family protein DNA-binding protein  42.22 
 
 		 90 aa  87.4  5e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000133039  hitchhiker  0.00000000638901 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0851  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 		 142 aa  87.8  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.254364  normal  0.669771 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2256  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  87.8  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0942  histone family protein DNA-binding protein  44.44 
 
 		 90 aa  87.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0932  integration host factor subunit beta  48.35 
 
 		 100 aa  87.4  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.802461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0723  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 		 135 aa  87  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0626289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2568  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 		 137 aa  87  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2407  DNA-binding protein HU  43.82 
 
 		 90 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.020348  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2136  DNA-binding protein HU  43.82 
 
 		 90 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1737  integration host factor subunit beta  50 
 
 		 95 aa  86.3  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122677  hitchhiker  0.00231326 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2377  DNA-binding protein HU  43.82 
 
 		 90 aa  86.7  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0101  integration host factor subunit beta  42.86 
 
 		 103 aa  86.3  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0292  integration host factor, beta subunit  43.48 
 
 		 100 aa  86.7  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167242  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0924  integration host factor subunit beta  49.46 
 
 		 107 aa  86.7  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.324388  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>