More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_0181 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_0181  integration host factor, beta subunit  100 
 
 
113 aa  229  1e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000858176  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2135  hypothetical protein  73.96 
 
 
98 aa  147  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481013  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1544  integration host factor, beta subunit  75.82 
 
 
96 aa  145  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.106384  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1855  integration host factor subunit beta  72.63 
 
 
95 aa  144  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.756472  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1773  integration host factor subunit beta  72.34 
 
 
100 aa  144  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.976325  normal  0.0185498 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1751  integration host factor, beta subunit  72.34 
 
 
98 aa  144  6e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0162553  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3641  integration host factor subunit beta  72.34 
 
 
98 aa  144  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.222556  normal  0.634422 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4060  integration host factor subunit beta  72.34 
 
 
98 aa  143  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.343947 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1365  integration host factor subunit beta  73.63 
 
 
98 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.361598  normal  0.0158973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3941  integration host factor subunit beta  73.63 
 
 
98 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.21925 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00892  integration host factor subunit beta  77.78 
 
 
103 aa  142  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0417223  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0932  integration host factor subunit beta  74.19 
 
 
100 aa  142  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.802461  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1596  integration host factor subunit beta  74.47 
 
 
111 aa  142  2e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.878202  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1737  integration host factor subunit beta  74.73 
 
 
95 aa  142  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122677  hitchhiker  0.00231326 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1380  integration host factor subunit beta  72.34 
 
 
98 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1968  integration host factor subunit beta  72.34 
 
 
94 aa  141  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.943011  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15880  integration host factor subunit beta  73.63 
 
 
92 aa  141  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23340  integration host factor subunit beta  72.34 
 
 
94 aa  141  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116436  hitchhiker  0.00519002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2074  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  140  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000549511  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1213  integration host factor, beta subunit  74.73 
 
 
98 aa  140  6e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0453781  normal  0.184792 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2041  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  140  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000705182  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1539  integration host factor subunit beta  76.67 
 
 
104 aa  140  7e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.874704  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2336  integration host factor, beta subunit  71.43 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00131749  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2401  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1978  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000261968  unclonable  0.000000000047672 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2071  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000034854  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2297  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000102507  unclonable  0.0000000000697895 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2395  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000343473  unclonable  0.00000762549 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1028  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 
98 aa  139  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100562  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1955  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000468135  unclonable  0.00000320833 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1754  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014676  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2278  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000837765  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1925  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000515528  unclonable  0.0000000000266845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2053  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000159286  unclonable  0.0000244011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2122  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000593472  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2067  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000478736  unclonable  0.0000000000012991 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2312  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000159711  hitchhiker  0.000000300932 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00916  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
94 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.335745  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2731  integration host factor, beta subunit  72.53 
 
 
94 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00160452  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00923  hypothetical protein  72.53 
 
 
94 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.294308  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2208  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
94 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000105854  normal  0.266842 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1018  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
94 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000522422  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2684  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
94 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.193078  normal  0.358809 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2416  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
94 aa  137  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000431379  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1647  integration host factor subunit beta  75.56 
 
 
101 aa  137  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0979657  normal  0.0681876 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1009  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
94 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000570398  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1073  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
94 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0306564  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1431  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
95 aa  137  6e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0064808  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2465  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
96 aa  137  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000804162  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1080  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
94 aa  137  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0899853 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1047  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
94 aa  137  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.788464 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0988  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
94 aa  137  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.165109  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1015  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
94 aa  137  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.613855  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1095  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
94 aa  137  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.939272  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 
102 aa  136  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1329  integration host factor, beta subunit  68.13 
 
 
101 aa  136  1e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0690057  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3223  integration host factor, beta subunit  70.53 
 
 
102 aa  135  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00795206  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1504  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 
92 aa  135  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000278051  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02859  integration host factor subunit beta  72.04 
 
 
94 aa  135  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003021  integration host factor beta subunit  72.04 
 
 
93 aa  135  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000932268  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2152  integration host factor, beta subunit  69.23 
 
 
98 aa  133  9e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0462696  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3012  integration host factor, beta subunit  69.23 
 
 
95 aa  132  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000121818  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1710  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 
94 aa  132  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000353276  normal  0.984922 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1956  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 
94 aa  131  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000034151  normal  0.296627 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2667  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 
94 aa  131  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00090839  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2579  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 
94 aa  131  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000135913  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2004  integration host factor subunit beta  70.33 
 
 
94 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.143906  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1736  integration host factor subunit beta  70.33 
 
 
94 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.060047  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2068  integration host factor, beta subunit  66.3 
 
 
94 aa  130  3.9999999999999996e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00010112  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3034  integration host factor subunit beta  66.32 
 
 
95 aa  130  5e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0949718  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1411  integration host factor, beta subunit  70.33 
 
 
95 aa  130  6e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00234399  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2236  integration host factor subunit beta  69.23 
 
 
95 aa  130  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00572513  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0262  integration host factor beta-subunit  64.84 
 
 
112 aa  130  6.999999999999999e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1281  integration host factor subunit beta  64.52 
 
 
94 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.218086  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1931  integration host factor, beta subunit  64.84 
 
 
112 aa  129  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1199  integration host factor, beta subunit  63.44 
 
 
108 aa  128  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0975  integration host factor subunit beta  68.13 
 
 
94 aa  127  6e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000516669  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2222  integration host factor subunit beta  68.13 
 
 
93 aa  126  9.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000109165  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2338  integration host factor subunit beta  68.13 
 
 
94 aa  126  9.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0023848  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0926  integration host factor, beta subunit  68.13 
 
 
95 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00174707  normal  0.404226 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1070  integration host factor, beta subunit  68.13 
 
 
95 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00234309  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0501  integration host factor, beta subunit  65.22 
 
 
114 aa  123  7e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.525141  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1026  integration host factor, beta subunit  60.42 
 
 
101 aa  123  8.000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00129538  unclonable  0.0000000000260989 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0905  integration host factor, beta subunit  60.42 
 
 
101 aa  123  8.000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.809702  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0780  integration host factor subunit beta  66.3 
 
 
142 aa  123  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.034129 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0910  integration host factor subunit beta  66.3 
 
 
138 aa  123  9e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0851  integration host factor subunit beta  66.3 
 
 
142 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.254364  normal  0.669771 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3000  integration host factor subunit beta  65.22 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125834  hitchhiker  0.00514155 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0983  integration host factor subunit beta  65.22 
 
 
107 aa  122  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131421  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3026  hypothetical protein  62.64 
 
 
103 aa  122  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2884  hypothetical protein  62.64 
 
 
103 aa  122  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0723  integration host factor subunit beta  65.22 
 
 
135 aa  122  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0626289  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4725  integration host factor, beta subunit  63.74 
 
 
113 aa  121  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.929388  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0957  integration host factor, beta subunit  62.64 
 
 
94 aa  121  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00640345  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2568  integration host factor subunit beta  65.22 
 
 
137 aa  121  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0747  integration host factor subunit beta  63.44 
 
 
107 aa  121  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189639  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1788  integration host factor, beta subunit  61.54 
 
 
104 aa  120  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000860483 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1007  integration host factor subunit beta  63.74 
 
 
107 aa  120  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.864933  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4161  integration host factor subunit beta  63.74 
 
 
107 aa  120  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1048  integration host factor subunit beta  63.74 
 
 
107 aa  120  8e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>