More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1027 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1027  integration host factor subunit beta  100 
 
 		 95 aa  193  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.692132  normal  0.669303 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0202  integration host factor subunit beta  86.32 
 
 		 95 aa  167  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.857447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3883  integration host factor subunit beta  86.02 
 
 		 93 aa  161  3e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.782365  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3585  integration host factor subunit beta  80.85 
 
 		 95 aa  161  3e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0516176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3589  integration host factor subunit beta  86.02 
 
 		 93 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.201155  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3274  integration host factor subunit beta  86.02 
 
 		 93 aa  160  6e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3787  integration host factor subunit beta  82.61 
 
 		 95 aa  159  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0868324  hitchhiker  0.00129518 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0066  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 101 aa  143  7.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0058  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 101 aa  143  8.000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0950435  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_004310  BR0153  integration host factor subunit beta  73.91 
 
 		 94 aa  142  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0165  integration host factor subunit beta  73.91 
 
 		 94 aa  142  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0148  integration host factor subunit beta  73.91 
 
 		 94 aa  142  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395454  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3672  integration host factor, beta subunit  71.28 
 
 		 94 aa  141  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0638  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 		 101 aa  141  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0194  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 		 101 aa  141  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.165433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0144  integration host factor, beta subunit  70.53 
 
 		 96 aa  141  4e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0292  integration host factor, beta subunit  71.28 
 
 		 100 aa  140  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167242  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0395  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 		 101 aa  140  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0069  integration host factor subunit beta  70.33 
 
 		 104 aa  140  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0203936  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0147  integration host factor, beta subunit  72.34 
 
 		 110 aa  140  5e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0101  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 		 103 aa  140  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2928  integration host factor, beta subunit  73.63 
 
 		 97 aa  140  7e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.197857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1371  integration host factor subunit beta  75.82 
 
 		 92 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0409  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 103 aa  138  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2219  integration host factor subunit beta  68.13 
 
 		 94 aa  136  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0365391  normal  0.362428 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0021  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 		 103 aa  136  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00013194 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0059  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 		 99 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0043  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 		 99 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.621323  normal  0.262305 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0097  integration host factor, beta subunit  65.26 
 
 		 101 aa  134  5e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2501  integration host factor, beta subunit  66.3 
 
 		 106 aa  131  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0179  integration host factor, beta subunit  65.93 
 
 		 102 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.958396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0121  integration host factor, beta subunit  65.93 
 
 		 102 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2198  integration host factor, beta subunit  66.3 
 
 		 106 aa  130  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2444  integration host factor, beta subunit  65.22 
 
 		 103 aa  130  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0204  integration host factor, beta subunit  64.84 
 
 		 102 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.137338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5428  integration host factor, beta subunit  67.03 
 
 		 94 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3199  integration host factor subunit beta  69.23 
 
 		 98 aa  128  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0890177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0104  integration host factor subunit beta  64.89 
 
 		 94 aa  124  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.743026  normal  0.488249 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1496  histone-like DNA-binding protein  61.54 
 
 		 92 aa  118  3e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.963172  normal  0.198293 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2409  histone family protein DNA-binding protein  59.34 
 
 		 92 aa  116  7.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0906126 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0165  histone-like DNA-binding protein  58.24 
 
 		 93 aa  114  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1720  integration host factor, beta subunit  58.7 
 
 		 113 aa  114  5e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.191599  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  54.95 
 
 		 102 aa  113  8.999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0932  integration host factor subunit beta  52.75 
 
 		 100 aa  109  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.802461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1199  integration host factor, beta subunit  49.47 
 
 		 108 aa  107  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0868  histone-like DNA-binding protein  50.53 
 
 		 95 aa  107  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0392256  normal  0.0328691 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1213  integration host factor, beta subunit  52.75 
 
 		 98 aa  105  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0453781  normal  0.184792 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2602  DNA-binding protein HU  49.45 
 
 		 96 aa  104  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0717937  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1411  integration host factor, beta subunit  48.42 
 
 		 95 aa  103  8e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00234399  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1544  integration host factor, beta subunit  51.09 
 
 		 96 aa  103  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.106384  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1028  integration host factor subunit beta  48.35 
 
 		 98 aa  102  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100562  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1329  integration host factor, beta subunit  50.54 
 
 		 101 aa  102  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0690057  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3223  integration host factor, beta subunit  46.32 
 
 		 102 aa  100  5e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00795206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2127  histone family protein DNA-binding protein  50.55 
 
 		 91 aa  99.8  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.053559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00892  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 		 103 aa  99.8  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0417223  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0975  integration host factor subunit beta  48.35 
 
 		 94 aa  100  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000516669  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2336  integration host factor, beta subunit  47.25 
 
 		 95 aa  98.6  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00131749  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5215  histone family protein DNA-binding protein  51.11 
 
 		 134 aa  99.4  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243034  normal  0.450992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1968  integration host factor subunit beta  47.87 
 
 		 94 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.943011  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6405  histone family protein DNA-binding protein  50.54 
 
 		 108 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6375  histone family protein DNA-binding protein  50.54 
 
 		 108 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0501  integration host factor, beta subunit  48.39 
 
 		 114 aa  98.2  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.525141  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23340  integration host factor subunit beta  47.87 
 
 		 94 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116436  hitchhiker  0.00519002 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1773  integration host factor subunit beta  46.81 
 
 		 100 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.976325  normal  0.0185498 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3941  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 98 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.21925 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2135  hypothetical protein  49.45 
 
 		 98 aa  97.8  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1365  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 98 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.361598  normal  0.0158973 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4060  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 98 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343947 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1351  histone family protein DNA-binding protein  49.45 
 
 		 92 aa  97.8  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0471037  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1855  integration host factor subunit beta  46.81 
 
 		 95 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.756472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1380  integration host factor subunit beta  46.81 
 
 		 98 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15880  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 92 aa  97.4  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2236  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 		 95 aa  97.4  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00572513  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1539  integration host factor subunit beta  50 
 
 		 104 aa  97.1  7e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.874704  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2152  integration host factor, beta subunit  48.35 
 
 		 98 aa  97.1  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0462696  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2142  histone family protein DNA-binding protein  46.74 
 
 		 91 aa  96.7  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0158969  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1751  integration host factor, beta subunit  45.26 
 
 		 98 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0162553  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3641  integration host factor subunit beta  45.26 
 
 		 98 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.222556  normal  0.634422 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3254  histone family protein DNA-binding protein  47.25 
 
 		 93 aa  96.7  9e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00043696  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0996  histone family protein DNA-binding protein  47.25 
 
 		 93 aa  96.7  9e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2465  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 96 aa  96.7  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000804162  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2156  histone family protein DNA-binding protein  47.25 
 
 		 91 aa  96.3  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1596  integration host factor subunit beta  50 
 
 		 111 aa  96.7  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.878202  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02859  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 94 aa  96.3  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003021  integration host factor beta subunit  47.25 
 
 		 93 aa  96.3  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000932268  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2563  histone-like DNA-binding protein  52.22 
 
 		 126 aa  95.1  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.160302 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1647  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 		 101 aa  95.9  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0979657  normal  0.0681876 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1468  histone family protein DNA-binding protein  45.05 
 
 		 93 aa  95.9  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000686473  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2338  integration host factor subunit beta  48.35 
 
 		 94 aa  95.1  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0023848  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1870  histone family protein DNA-binding protein  48.35 
 
 		 91 aa  95.1  3e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00502599 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00916  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 94 aa  94.4  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.335745  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2731  integration host factor, beta subunit  47.25 
 
 		 94 aa  94.4  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00160452  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2416  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 94 aa  94.4  4e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000431379  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2684  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 94 aa  94.4  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.193078  normal  0.358809 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1073  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 94 aa  94.4  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0306564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1880  nucleoid DNA-binding protein  49.45 
 
 		 94 aa  94.7  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000082072  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2208  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 94 aa  94.4  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000105854  normal  0.266842 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1009  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 94 aa  94.4  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000570398  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00923  hypothetical protein  47.25 
 
 		 94 aa  94.4  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.294308  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1018  integration host factor subunit beta  47.25 
 
 		 94 aa  94.4  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000522422  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>