More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1880 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1880  nucleoid DNA-binding protein  100 
 
 		 94 aa  186  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000082072  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2602  DNA-binding protein HU  69.23 
 
 		 96 aa  128  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0717937  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0868  histone-like DNA-binding protein  69.23 
 
 		 95 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0392256  normal  0.0328691 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0996  histone family protein DNA-binding protein  65.93 
 
 		 93 aa  128  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3254  histone family protein DNA-binding protein  65.93 
 
 		 93 aa  128  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00043696  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1351  histone family protein DNA-binding protein  68.13 
 
 		 92 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0471037  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1468  histone family protein DNA-binding protein  65.93 
 
 		 93 aa  126  9.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000686473  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0097  integration host factor, beta subunit  60.44 
 
 		 101 aa  111  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4725  integration host factor, beta subunit  56.04 
 
 		 113 aa  107  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.929388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3199  integration host factor subunit beta  56.38 
 
 		 98 aa  105  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0890177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1390  integration host factor, beta subunit  54.35 
 
 		 103 aa  105  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0244556  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2470  integration host factor, beta subunit  54.35 
 
 		 103 aa  105  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.391555  normal  0.36333 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3286  histone family protein DNA-binding protein  53.26 
 
 		 109 aa  103  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00577956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1565  histone-like DNA-binding protein  54.35 
 
 		 103 aa  103  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1788  integration host factor, beta subunit  53.85 
 
 		 104 aa  102  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000860483 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2797  integration host factor, beta subunit  53.85 
 
 		 104 aa  101  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  hitchhiker  0.000129709 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1281  integration host factor subunit beta  53.76 
 
 		 94 aa  101  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.218086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1613  integration host factor, beta subunit  53.85 
 
 		 104 aa  100  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0181  integration host factor, beta subunit  51.61 
 
 		 113 aa  99.8  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000858176  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0292  integration host factor, beta subunit  52.69 
 
 		 100 aa  99.8  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.167242  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1544  integration host factor, beta subunit  53.85 
 
 		 96 aa  99.4  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.106384  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3125  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 112 aa  98.6  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0598577  decreased coverage  0.00823154 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0747  integration host factor subunit beta  52.13 
 
 		 107 aa  99.4  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0780  integration host factor subunit beta  52.17 
 
 		 142 aa  98.2  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.034129 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0905  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 		 101 aa  98.2  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.809702  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3034  integration host factor subunit beta  53.76 
 
 		 95 aa  98.2  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0949718  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0932  integration host factor subunit beta  51.61 
 
 		 100 aa  98.6  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.802461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3787  integration host factor subunit beta  50.55 
 
 		 95 aa  98.6  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0868324  hitchhiker  0.00129518 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1026  integration host factor, beta subunit  50.55 
 
 		 101 aa  98.2  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00129538  unclonable  0.0000000000260989 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0910  integration host factor subunit beta  52.17 
 
 		 138 aa  98.2  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1213  integration host factor, beta subunit  52.13 
 
 		 98 aa  97.8  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0453781  normal  0.184792 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0851  integration host factor subunit beta  52.17 
 
 		 142 aa  98.2  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.254364  normal  0.669771 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  51.65 
 
 		 102 aa  97.8  4e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0202  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  97.4  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2881  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  97.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601006  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0427  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  97.4  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.496954  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2944  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  97.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.846703  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2992  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  97.4  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2571  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  97.4  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.444385  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0946  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  97.4  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.666677  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0638  integration host factor subunit beta  48.91 
 
 		 101 aa  97.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0567003 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0069  integration host factor subunit beta  47.87 
 
 		 104 aa  97.4  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0203936  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0194  integration host factor subunit beta  48.91 
 
 		 101 aa  97.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.165433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2444  integration host factor, beta subunit  49.45 
 
 		 103 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.45625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1639  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  97.4  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.79916  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0058  integration host factor subunit beta  48.91 
 
 		 101 aa  97.1  7e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0950435  normal  0.185512 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0066  integration host factor subunit beta  48.91 
 
 		 101 aa  97.1  7e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2142  histone family protein DNA-binding protein  52.22 
 
 		 91 aa  97.1  8e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0158969  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1199  integration host factor, beta subunit  52.75 
 
 		 108 aa  97.1  8e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2568  integration host factor subunit beta  52.17 
 
 		 137 aa  96.7  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0147  integration host factor, beta subunit  49.46 
 
 		 110 aa  96.7  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0409  integration host factor subunit beta  48.39 
 
 		 103 aa  96.3  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1539  integration host factor subunit beta  54.44 
 
 		 104 aa  96.3  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.874704  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1007  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  96.7  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.864933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4161  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  96.7  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0059  integration host factor subunit beta  48.39 
 
 		 99 aa  96.7  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0043  integration host factor subunit beta  48.39 
 
 		 99 aa  96.7  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.621323  normal  0.262305 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0569  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  96.7  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1048  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  96.7  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0121  integration host factor, beta subunit  49.46 
 
 		 102 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.879931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0928  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  95.9  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.950077 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0179  integration host factor, beta subunit  49.46 
 
 		 102 aa  95.9  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.958396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0021  integration host factor subunit beta  48.39 
 
 		 103 aa  95.9  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00013194 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3883  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 		 93 aa  95.5  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.782365  normal  0.472078 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2256  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  95.5  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0924  integration host factor subunit beta  53.85 
 
 		 107 aa  95.9  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.324388  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0204  integration host factor, beta subunit  48.39 
 
 		 102 aa  94.7  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.137338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0983  integration host factor subunit beta  51.06 
 
 		 107 aa  95.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0723  integration host factor subunit beta  51.09 
 
 		 135 aa  95.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0626289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3000  integration host factor subunit beta  51.06 
 
 		 107 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125834  hitchhiker  0.00514155 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1773  integration host factor subunit beta  48.91 
 
 		 100 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.976325  normal  0.0185498 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00892  integration host factor subunit beta  53.33 
 
 		 103 aa  94.7  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0417223  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1027  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 		 95 aa  94.7  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.692132  normal  0.669303 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3589  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 		 93 aa  94.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.201155  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3941  integration host factor subunit beta  48.91 
 
 		 98 aa  94.4  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.21925 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0395  integration host factor subunit beta  47.83 
 
 		 101 aa  94.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0926  integration host factor, beta subunit  52.75 
 
 		 95 aa  94.7  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00174707  normal  0.404226 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1070  integration host factor, beta subunit  52.75 
 
 		 95 aa  94.7  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00234309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0101  integration host factor subunit beta  47.83 
 
 		 103 aa  94.7  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4105  nucleoid protein Hbs  50.55 
 
 		 110 aa  94.4  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.340401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3274  integration host factor subunit beta  49.45 
 
 		 93 aa  94.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.333041 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2156  histone family protein DNA-binding protein  53.33 
 
 		 91 aa  94.7  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1365  integration host factor subunit beta  48.91 
 
 		 98 aa  94.4  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.361598  normal  0.0158973 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3890  histone family protein DNA-binding protein  52.17 
 
 		 106 aa  94.4  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00577946  normal  0.782973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1751  integration host factor, beta subunit  48.91 
 
 		 98 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0162553  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3240  histone family protein DNA-binding protein  53.26 
 
 		 168 aa  94.4  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0908312  normal  0.935864 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3641  integration host factor subunit beta  48.91 
 
 		 98 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.222556  normal  0.634422 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0957  integration host factor, beta subunit  52.75 
 
 		 94 aa  94.4  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00640345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4060  integration host factor subunit beta  48.91 
 
 		 98 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343947 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3585  integration host factor subunit beta  48.35 
 
 		 95 aa  94.4  5e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0516176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0144  integration host factor, beta subunit  48.39 
 
 		 96 aa  94.4  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2127  histone family protein DNA-binding protein  51.65 
 
 		 91 aa  94.4  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.053559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2501  integration host factor, beta subunit  49.45 
 
 		 106 aa  94  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1380  integration host factor subunit beta  48.91 
 
 		 98 aa  94  7e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2198  integration host factor, beta subunit  49.45 
 
 		 106 aa  93.6  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2068  integration host factor, beta subunit  51.09 
 
 		 94 aa  94  7e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00010112  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2563  histone-like DNA-binding protein  54.44 
 
 		 126 aa  93.6  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.160302 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0501  integration host factor, beta subunit  52.75 
 
 		 114 aa  93.6  8e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.525141  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1968  integration host factor subunit beta  51.09 
 
 		 94 aa  93.6  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.943011  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1647  integration host factor subunit beta  52.22 
 
 		 101 aa  93.6  9e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0979657  normal  0.0681876 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>