More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2172 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2172  GrpE protein  100 
 
 		 224 aa  435  1e-121  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.316744  normal  0.405788 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4434  GrpE protein  55.17 
 
 		 174 aa  196  3e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6428  GrpE protein  64.44 
 
 		 196 aa  158  6e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.566731 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4023  GrpE protein  58.23 
 
 		 176 aa  156  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0596565  normal  0.0643928 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3590  GrpE protein  50.32 
 
 		 177 aa  141  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00352283  normal  0.0900367 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00570  molecular chaperone GrpE (heat shock protein)  48.39 
 
 		 179 aa  133  1.9999999999999998e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1570  GrpE protein  52.98 
 
 		 161 aa  128  6e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.145005  normal  0.0824427 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3434  heat shock protein GrpE  36.17 
 
 		 209 aa  100  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.398988  normal  0.0620931 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2551  GrpE protein  39.19 
 
 		 260 aa  94.7  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.124542 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1035  GrpE protein  41.5 
 
 		 189 aa  93.2  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00038029  hitchhiker  0.000654048 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2881  GrpE protein  31.86 
 
 		 181 aa  92.8  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.274349  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0648  GrpE protein  42.66 
 
 		 188 aa  92.4  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1669  GrpE protein  44.03 
 
 		 198 aa  90.9  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.924604  decreased coverage  0.00844873 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3533  heat shock protein GrpE  38.06 
 
 		 189 aa  90.5  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00974284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1025  heat shock protein GrpE  42.14 
 
 		 194 aa  90.5  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3010  heat shock protein GrpE  35.56 
 
 		 250 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.582953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2897  heat shock protein GrpE  35.56 
 
 		 196 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2828  heat shock protein GrpE  35.56 
 
 		 241 aa  87.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000182531  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2877  heat shock protein GrpE  35.56 
 
 		 196 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal  0.125347 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2895  heat shock protein GrpE  35.56 
 
 		 196 aa  87  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.804576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1986  GrpE protein  37.96 
 
 		 204 aa  87  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0509  GrpE protein  35.1 
 
 		 210 aa  86.3  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.552704  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1182  GrpE protein  36.36 
 
 		 221 aa  86.7  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0103986 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2058  GrpE protein  40.41 
 
 		 194 aa  86.3  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4694  GrpE protein  37.41 
 
 		 246 aa  85.5  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.958337 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3094  heat shock protein GrpE  35.1 
 
 		 197 aa  85.1  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000190441  normal  0.118238 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2437  heat shock protein GrpE  35.46 
 
 		 200 aa  84.7  9e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000045112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0008  heat shock protein GrpE  37.76 
 
 		 210 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000108771 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2812  GrpE protein  33.9 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0237715  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0008  heat shock protein GrpE  37.76 
 
 		 210 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0916725 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2438  GrpE protein  35.62 
 
 		 208 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0240587  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0237  GrpE protein  34.04 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0785  GrpE protein  39.72 
 
 		 207 aa  82.8  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4019  heat shock protein GrpE  36.09 
 
 		 222 aa  83.2  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0399  heat shock protein GrpE  33.51 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4728  heat shock protein GrpE  34.9 
 
 		 185 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.079881  hitchhiker  0.00247949 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2924  GrpE protein  36.81 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2766  heat shock protein GrpE  34.35 
 
 		 196 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000506874  normal  0.0900785 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_24940  chloroplast GrpE-like protein  32.17 
 
 		 274 aa  81.3  0.00000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.167019  normal  0.369132 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4594  heat shock protein GrpE  34.23 
 
 		 185 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0165  heat shock protein GrpE  37.32 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1348  molecular chaperone GrpE (heat shock protein)  30.51 
 
 		 189 aa  81.3  0.00000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00499702  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02502  heat shock protein  34.35 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000506013  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1061  Ribulose-phosphate 3-epimerase  34.35 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000037652  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02466  hypothetical protein  34.35 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000587917  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0171  heat shock protein GrpE  37.32 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3506  heat shock protein GrpE  35.29 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.175972  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1070  heat shock protein GrpE  34.35 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal  0.0707842 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004293  heat shock protein GrpE  31.91 
 
 		 198 aa  80.9  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0129991  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2898  heat shock protein GrpE  34.35 
 
 		 196 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000538048  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0459  GrpE protein  33.33 
 
 		 193 aa  80.5  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.585573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0704  heat shock protein GrpE  34.9 
 
 		 184 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.94046  hitchhiker  0.000436359 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3002  heat shock protein GrpE  34.35 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  7.86694e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1405  GrpE protein  35.56 
 
 		 190 aa  80.9  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2165  GrpE protein  39.1 
 
 		 191 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.281053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2772  heat shock protein GrpE  34.35 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.080719999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3853  heat shock protein GrpE  34.35 
 
 		 197 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000510847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0129  GrpE protein  36.17 
 
 		 183 aa  79.7  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.628751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3095  GrpE protein  31.66 
 
 		 210 aa  79.3  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1012  heat shock protein GrpE  35.62 
 
 		 213 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0188  heat shock protein GrpE  35.62 
 
 		 206 aa  79.3  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1194  GrpE protein  39.55 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.422814 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2974  heat shock protein GrpE  34.35 
 
 		 192 aa  79  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000364467  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1378  heat shock protein GrpE  34.35 
 
 		 192 aa  79  0.00000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000995394  normal  0.160188 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4300  GrpE protein  33.57 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000230249  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2887  heat shock protein GrpE  34.35 
 
 		 192 aa  79  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.654980000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0180  heat shock protein GrpE  37.32 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0599175  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0012  heat shock protein GrpE  36.36 
 
 		 208 aa  79  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.976347  hitchhiker  0.000405819 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0153  heat shock protein GrpE  35.43 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0365  GrpE protein  37.85 
 
 		 298 aa  78.6  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3243  GrpE protein  36.62 
 
 		 181 aa  78.6  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.10231  normal  0.0977193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3625  heat shock protein GrpE  31.69 
 
 		 189 aa  78.2  0.00000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.42288  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0032  heat shock protein GrpE  36.03 
 
 		 200 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2800  GrpE protein  37.58 
 
 		 187 aa  77.8  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0195  heat shock protein GrpE  34.86 
 
 		 197 aa  77.8  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.721857  normal  0.870484 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0327  heat shock protein GrpE  35.62 
 
 		 205 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2830  GrpE protein  37.5 
 
 		 181 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.140779  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4729  heat shock protein GrpE  34.23 
 
 		 184 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3296  heat shock protein GrpE  33.11 
 
 		 195 aa  77.8  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0127245  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01132  heat shock protein GrpE  32.82 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2116  GrpE protein  36 
 
 		 267 aa  78.2  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0346149 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01184  heat shock protein GrpE  38.28 
 
 		 172 aa  77.8  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.200342  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3465  protein GrpE  36.24 
 
 		 197 aa  77  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2008  heat shock protein GrpE  30.94 
 
 		 199 aa  76.6  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0095  GrpE protein  35.5 
 
 		 282 aa  77.4  0.0000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.266913 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3575  heat shock protein GrpE  36.36 
 
 		 186 aa  77.4  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3684  heat shock protein GrpE  33.33 
 
 		 190 aa  77.4  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000160031  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1356  heat shock protein GrpE  33.79 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000827789  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0584  GrpE protein  39.71 
 
 		 225 aa  77  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1342  heat shock protein GrpE  33.79 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000163417  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0427  heat shock protein GrpE  32.76 
 
 		 206 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3330  heat shock protein GrpE  34.75 
 
 		 209 aa  77  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000166428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0393  heat shock protein GrpE  34.23 
 
 		 206 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1379  heat shock protein GrpE  33.79 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000798826  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3005  heat shock protein GrpE  33.79 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000767299  decreased coverage  0.0000000711999 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0113  GrpE protein  39.19 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0002175 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02254  heat shock protein GrpE  35.82 
 
 		 211 aa  76.6  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.781248  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0108  heat shock protein nucleotide exchange factor GrpE  35.51 
 
 		 198 aa  75.9  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000378149  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0334  heat shock protein GrpE  34.67 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0184084  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01170  molecular chaperone GrpE (heat shock protein)  37.09 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>