More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0334 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0334  heat shock protein GrpE  100 
 
 
207 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0184084  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0427  heat shock protein GrpE  87.31 
 
 
206 aa  353  8.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0393  heat shock protein GrpE  88.3 
 
 
206 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0188  heat shock protein GrpE  80.49 
 
 
206 aa  327  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0327  heat shock protein GrpE  83.42 
 
 
205 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0153  heat shock protein GrpE  78.26 
 
 
203 aa  298  4e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0195  heat shock protein GrpE  72.28 
 
 
197 aa  274  6e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.721857  normal  0.870484 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0012  heat shock protein GrpE  68.59 
 
 
208 aa  224  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.976347  hitchhiker  0.000405819 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0399  heat shock protein GrpE  65.81 
 
 
204 aa  220  9e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0008  heat shock protein GrpE  61.54 
 
 
210 aa  217  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0916725 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0008  heat shock protein GrpE  63.19 
 
 
210 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108771 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4019  heat shock protein GrpE  64.2 
 
 
222 aa  216  2e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3544  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.43 
 
 
204 aa  215  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.741634 
 
 
-
 
NC_004310  BR0171  heat shock protein GrpE  61.05 
 
 
230 aa  215  4e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0383  Ribulose-phosphate 3-epimerase  66.88 
 
 
202 aa  214  8e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0929159  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2184  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.24 
 
 
207 aa  213  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0403299  normal  0.673418 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0165  heat shock protein GrpE  60.47 
 
 
230 aa  213  9.999999999999999e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0336  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.88 
 
 
202 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2533  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.46 
 
 
217 aa  213  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0180  heat shock protein GrpE  64.94 
 
 
228 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0599175  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0415  GrpE protein  68.28 
 
 
202 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1146  GrpE protein  65.13 
 
 
226 aa  208  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2800  GrpE protein  65.16 
 
 
187 aa  207  8e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0337  GrpE protein  53.09 
 
 
201 aa  194  9e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.387309  normal  0.17968 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1334  heat shock protein GrpE  50.75 
 
 
222 aa  193  1e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3578  GrpE protein  48.43 
 
 
213 aa  157  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.534048  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1253  GrpE protein  50.35 
 
 
181 aa  141  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.329053 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3004  GrpE protein  46.98 
 
 
210 aa  141  6e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_15032  predicted protein  45.45 
 
 
157 aa  139  3.9999999999999997e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.189878  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0509  GrpE protein  46.38 
 
 
210 aa  138  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.552704  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0165  heat shock protein GrpE  47.74 
 
 
205 aa  138  7e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.261628  normal  0.409706 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_14947  mitochondrial GrpE-like protein  44.3 
 
 
240 aa  135  4e-31  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0088904  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3465  protein GrpE  46.36 
 
 
197 aa  134  9e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0008  GrpE protein  48.34 
 
 
179 aa  133  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2880  Fis family transcriptional regulator  44.09 
 
 
186 aa  132  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1219  putative chaperone protein GrpE (heat shock protein)  42.86 
 
 
189 aa  132  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0252  GrpE protein  46.31 
 
 
181 aa  131  7.999999999999999e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2656  GrpE protein  47.77 
 
 
186 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.23931  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1974  GrpE protein  42.47 
 
 
210 aa  129  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.26677  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3643  GrpE protein  43.48 
 
 
221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.58693  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2059  GrpE protein  44.3 
 
 
186 aa  127  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7788  putative heat shock protein (HSP-70 cofactor), grpE  40 
 
 
181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0272135  normal  0.30698 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2874  GrpE protein  43.71 
 
 
187 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.423884 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01132  heat shock protein GrpE  41.96 
 
 
212 aa  122  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2572  heat shock protein GrpE  41.78 
 
 
201 aa  122  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000957049  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0208  GrpE protein  43.05 
 
 
188 aa  121  8e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_64096  predicted protein  38.17 
 
 
188 aa  121  8e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.20813  normal  0.0799005 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3330  heat shock protein GrpE  39.24 
 
 
209 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000166428  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0971  GrpE protein  43.54 
 
 
187 aa  119  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.314079  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1647  GrpE protein  44.44 
 
 
202 aa  119  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.165316  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004293  heat shock protein GrpE  40.52 
 
 
198 aa  118  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0129991  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2791  heat shock protein GrpE  41.1 
 
 
201 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103997  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2734  heat shock protein GrpE  39.33 
 
 
194 aa  117  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000056941  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2437  heat shock protein GrpE  42.07 
 
 
200 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000045112  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1379  heat shock protein GrpE  36.52 
 
 
206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000798826  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3005  heat shock protein GrpE  36.52 
 
 
206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000767299  decreased coverage  0.0000000711999 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1342  heat shock protein GrpE  36.52 
 
 
206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000163417  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1356  heat shock protein GrpE  36.52 
 
 
206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000827789  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3479  heat shock protein GrpE  38.36 
 
 
209 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000435816  normal  0.0401789 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2992  heat shock protein GrpE  39.44 
 
 
200 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000163848  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2772  heat shock protein GrpE  38.36 
 
 
205 aa  115  6e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000976111  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1274  heat shock protein GrpE  40.56 
 
 
206 aa  115  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000125429  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2902  heat shock protein GrpE  40 
 
 
206 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000775754  normal  0.0175654 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1524  heat shock protein GrpE  39.31 
 
 
206 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2732  heat shock protein GrpE  40 
 
 
203 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000369534  normal  0.883865 
 
 
-
 
NC_002978  WD0800  heat shock protein GrpE  36.69 
 
 
189 aa  114  1.0000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.200393  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3965  GrpE protein  40.27 
 
 
192 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.54707 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0381  heat shock protein GrpE  39.86 
 
 
200 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.901514  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2830  GrpE protein  44.3 
 
 
181 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.140779  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0736  heat shock protein GrpE  45.45 
 
 
194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273487  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3823  co-chaperone GrpE  40.79 
 
 
209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0459  GrpE protein  40.54 
 
 
193 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.585573  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2240  GrpE protein  41.78 
 
 
193 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0231109  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1986  GrpE protein  39.35 
 
 
204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2805  heat shock protein GrpE  39.31 
 
 
203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000498857  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2003  heat shock protein GrpE  40.41 
 
 
199 aa  112  5e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0869  GrpE protein  31.58 
 
 
186 aa  111  7.000000000000001e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.555049  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2008  heat shock protein GrpE  39.73 
 
 
199 aa  110  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1306  heat shock protein GrpE  44.44 
 
 
178 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1405  GrpE protein  40 
 
 
190 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0924  GrpE protein  43.05 
 
 
184 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.929146  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1004  heat shock protein GrpE  41.82 
 
 
180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.324391 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3963  heat shock protein GrpE  45.45 
 
 
194 aa  109  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.107722 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3010  heat shock protein GrpE  39.47 
 
 
250 aa  109  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.582953  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3280  heat shock protein GrpE  43.75 
 
 
185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.135957  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2328  heat shock protein GrpE  43.75 
 
 
185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0498  heat shock protein GrpE  43.75 
 
 
185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.755488  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3324  heat shock protein GrpE  43.75 
 
 
185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2208  heat shock protein GrpE  43.75 
 
 
185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3313  heat shock protein GrpE  43.75 
 
 
185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1227  heat shock protein GrpE  44.3 
 
 
189 aa  108  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.830838  hitchhiker  0.00575896 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2828  heat shock protein GrpE  39.44 
 
 
241 aa  108  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000182531  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2635  heat shock protein GrpE  43.75 
 
 
181 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1101  heat shock protein GrpE  43.75 
 
 
185 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.322152  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2897  heat shock protein GrpE  39.44 
 
 
196 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2877  heat shock protein GrpE  39.44 
 
 
196 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal  0.125347 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0719  heat shock protein GrpE  43.06 
 
 
181 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.76077  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2895  heat shock protein GrpE  39.44 
 
 
196 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.804576  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0266  heat shock protein GrpE  43.06 
 
 
181 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0750  heat shock protein GrpE  43.06 
 
 
181 aa  108  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.680261  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>