More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1986 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1986  GrpE protein  100 
 
 
204 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02254  heat shock protein GrpE  61.35 
 
 
211 aa  256  1e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.781248  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0381  heat shock protein GrpE  58 
 
 
200 aa  222  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.901514  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3330  heat shock protein GrpE  63.64 
 
 
209 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000166428  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2473  protein GrpE (heat shock protein)  58.16 
 
 
194 aa  219  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3823  co-chaperone GrpE  63.16 
 
 
209 aa  217  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2992  heat shock protein GrpE  55.45 
 
 
200 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000163848  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004293  heat shock protein GrpE  62.82 
 
 
198 aa  211  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0129991  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3479  heat shock protein GrpE  60.92 
 
 
209 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000435816  normal  0.0401789 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2572  heat shock protein GrpE  54.85 
 
 
201 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000957049  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01132  heat shock protein GrpE  61.54 
 
 
212 aa  208  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2437  heat shock protein GrpE  64.2 
 
 
200 aa  208  4e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000045112  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2805  heat shock protein GrpE  60.95 
 
 
203 aa  206  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000498857  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2791  heat shock protein GrpE  59.77 
 
 
201 aa  207  1e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103997  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2902  heat shock protein GrpE  60.95 
 
 
206 aa  206  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000775754  normal  0.0175654 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3005  heat shock protein GrpE  56.5 
 
 
206 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000767299  decreased coverage  0.0000000711999 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1356  heat shock protein GrpE  56.5 
 
 
206 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000827789  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1342  heat shock protein GrpE  56.5 
 
 
206 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000163417  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1274  heat shock protein GrpE  57 
 
 
206 aa  205  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000125429  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1379  heat shock protein GrpE  56.5 
 
 
206 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000798826  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2732  heat shock protein GrpE  60.36 
 
 
203 aa  204  6e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000369534  normal  0.883865 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1524  heat shock protein GrpE  59.76 
 
 
206 aa  203  1e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2772  heat shock protein GrpE  60.99 
 
 
205 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000976111  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4594  heat shock protein GrpE  53.63 
 
 
185 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4728  heat shock protein GrpE  53.07 
 
 
185 aa  185  4e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.079881  hitchhiker  0.00247949 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3216  heat shock protein GrpE  53.16 
 
 
195 aa  179  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.116428  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0965  heat shock protein GrpE  54.29 
 
 
195 aa  178  4.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000249934  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4729  heat shock protein GrpE  53.94 
 
 
184 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0730  heat shock protein GrpE  51.49 
 
 
195 aa  177  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0176899  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0704  heat shock protein GrpE  53.94 
 
 
184 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.94046  hitchhiker  0.000436359 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62990  heat shock protein GrpE  52.3 
 
 
186 aa  177  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142705  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4506  heat shock protein GrpE  52.6 
 
 
187 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.316473  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4196  heat shock protein GrpE  52.6 
 
 
187 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00395445  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1378  heat shock protein GrpE  49.23 
 
 
192 aa  174  7e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000995394  normal  0.160188 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2887  heat shock protein GrpE  49.23 
 
 
192 aa  174  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.654980000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2974  heat shock protein GrpE  49.23 
 
 
192 aa  174  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000364467  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0916  co-chaperone GrpE  55.49 
 
 
206 aa  174  9e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.764305  normal  0.338613 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3296  heat shock protein GrpE  51.3 
 
 
195 aa  171  5e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0127245  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3625  heat shock protein GrpE  51.52 
 
 
189 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.42288  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3684  heat shock protein GrpE  54.49 
 
 
190 aa  171  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000160031  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5482  heat shock protein GrpE  52.53 
 
 
189 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.601194  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0762  heat shock protein GrpE  53.42 
 
 
189 aa  167  7e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0546948  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42980  heat shock protein GrpE  50 
 
 
187 aa  165  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2734  heat shock protein GrpE  43.88 
 
 
194 aa  163  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000056941  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0971  GrpE protein  48.24 
 
 
187 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.314079  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3965  GrpE protein  56.76 
 
 
192 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.54707 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3095  GrpE protein  52.25 
 
 
210 aa  158  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0649  heat shock protein GrpE  50.32 
 
 
195 aa  158  6e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.127631  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0612  co-chaperone GrpE  48.72 
 
 
198 aa  157  7e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0459  GrpE protein  52.53 
 
 
193 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.585573  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2812  GrpE protein  51.35 
 
 
210 aa  152  5e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0237715  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2828  heat shock protein GrpE  46.39 
 
 
241 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000182531  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3010  heat shock protein GrpE  46.39 
 
 
250 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.582953  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2897  heat shock protein GrpE  46.39 
 
 
196 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2895  heat shock protein GrpE  46.39 
 
 
196 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.804576  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2877  heat shock protein GrpE  46.39 
 
 
196 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal  0.125347 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3094  heat shock protein GrpE  41.41 
 
 
197 aa  147  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000190441  normal  0.118238 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2766  heat shock protein GrpE  42 
 
 
196 aa  145  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000506874  normal  0.0900785 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2898  heat shock protein GrpE  42 
 
 
196 aa  144  8.000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000538048  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02502  heat shock protein  42 
 
 
197 aa  144  9e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000506013  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02466  hypothetical protein  42 
 
 
197 aa  144  9e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000587917  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3002  heat shock protein GrpE  42 
 
 
197 aa  144  9e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  7.86694e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2772  heat shock protein GrpE  42 
 
 
197 aa  144  9e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.080719999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1070  heat shock protein GrpE  42 
 
 
197 aa  144  9e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal  0.0707842 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1061  Ribulose-phosphate 3-epimerase  41.5 
 
 
197 aa  143  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000037652  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1857  GrpE protein  49.38 
 
 
185 aa  143  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3853  heat shock protein GrpE  41.71 
 
 
197 aa  143  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000510847  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2372  GrpE protein  49.38 
 
 
201 aa  142  4e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.919254  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1901  GrpE protein  44.38 
 
 
218 aa  141  6e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.489852  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3363  GrpE protein  46.82 
 
 
245 aa  140  9e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00347236  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2008  heat shock protein GrpE  45.88 
 
 
199 aa  140  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1473  GrpE protein  47.14 
 
 
190 aa  140  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00324826  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2240  GrpE protein  43.33 
 
 
193 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0231109  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2003  heat shock protein GrpE  48.28 
 
 
199 aa  138  6e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0924  GrpE protein  42.71 
 
 
184 aa  136  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.929146  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0869  GrpE protein  40.76 
 
 
186 aa  136  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.555049  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2457  GrpE protein  46.91 
 
 
204 aa  135  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.23302  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3575  heat shock protein GrpE  46.24 
 
 
186 aa  135  4e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3506  heat shock protein GrpE  45.45 
 
 
188 aa  135  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.175972  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2133  HSP70 family protein GrpE  45.06 
 
 
199 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0603928  normal  0.40294 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0509  GrpE protein  44.31 
 
 
210 aa  131  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.552704  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0752  GrpE protein  47.62 
 
 
184 aa  131  6e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0541429  normal  0.250608 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0108  heat shock protein nucleotide exchange factor GrpE  48.18 
 
 
198 aa  129  3e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000378149  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1477  GrpE protein  43.87 
 
 
240 aa  129  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2533  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.95 
 
 
217 aa  128  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3042  heat shock protein GrpE  45.39 
 
 
207 aa  127  9.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27806  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1537  molecular chaperone protein GrpE  47.83 
 
 
173 aa  126  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.818468  normal  0.071665 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0383  Ribulose-phosphate 3-epimerase  40.96 
 
 
202 aa  126  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0929159  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0336  ribulose-phosphate 3-epimerase  40.96 
 
 
202 aa  125  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3125  heat shock protein GrpE  43.23 
 
 
186 aa  123  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00453853  normal  0.177698 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3544  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.25 
 
 
204 aa  123  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.741634 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0667  heat shock protein GrpE  48.57 
 
 
181 aa  122  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151401  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0736  heat shock protein GrpE  46.31 
 
 
194 aa  122  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273487  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0644  heat shock protein GrpE  48.57 
 
 
181 aa  122  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0980  heat shock protein GrpE  45.66 
 
 
181 aa  122  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2570  heat shock protein GrpE  45.7 
 
 
178 aa  122  5e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0266  heat shock protein GrpE  48.57 
 
 
181 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0719  heat shock protein GrpE  48.57 
 
 
181 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.76077  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0750  heat shock protein GrpE  48.57 
 
 
181 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.680261  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4019  heat shock protein GrpE  40.85 
 
 
222 aa  121  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>