More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3465 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3465  protein GrpE  100 
 
 		 197 aa  383  1e-106  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0208  GrpE protein  69.28 
 
 		 188 aa  243  9.999999999999999e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1219  putative chaperone protein GrpE (heat shock protein)  70.67 
 
 		 189 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2880  Fis family transcriptional regulator  70.67 
 
 		 186 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2656  GrpE protein  70.67 
 
 		 186 aa  224  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.23931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2874  GrpE protein  66.67 
 
 		 187 aa  222  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.423884 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0008  GrpE protein  66.07 
 
 		 179 aa  216  2.9999999999999998e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3578  GrpE protein  45.95 
 
 		 213 aa  144  9e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.534048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0383  Ribulose-phosphate 3-epimerase  44.81 
 
 		 202 aa  143  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0929159  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0336  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.81 
 
 		 202 aa  142  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0399  heat shock protein GrpE  42.42 
 
 		 204 aa  141  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2533  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.98 
 
 		 217 aa  139  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3544  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.75 
 
 		 204 aa  139  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.741634 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0008  heat shock protein GrpE  46.75 
 
 		 210 aa  137  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000108771 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0427  heat shock protein GrpE  47.06 
 
 		 206 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0008  heat shock protein GrpE  45.4 
 
 		 210 aa  136  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0916725 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0393  heat shock protein GrpE  47.02 
 
 		 206 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0180  heat shock protein GrpE  46.94 
 
 		 228 aa  135  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0599175  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0012  heat shock protein GrpE  45.9 
 
 		 208 aa  135  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.976347  hitchhiker  0.000405819 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1146  GrpE protein  47.3 
 
 		 226 aa  135  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0334  heat shock protein GrpE  46.36 
 
 		 207 aa  134  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0184084  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0171  heat shock protein GrpE  46.67 
 
 		 230 aa  133  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0165  heat shock protein GrpE  46.67 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0415  GrpE protein  46.94 
 
 		 202 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2184  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.83 
 
 		 207 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0403299  normal  0.673418 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0327  heat shock protein GrpE  46.41 
 
 		 205 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0153  heat shock protein GrpE  47.97 
 
 		 203 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4019  heat shock protein GrpE  44.67 
 
 		 222 aa  129  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0188  heat shock protein GrpE  45.1 
 
 		 206 aa  127  8.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0195  heat shock protein GrpE  45.27 
 
 		 197 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.721857  normal  0.870484 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3330  heat shock protein GrpE  44.3 
 
 		 209 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000166428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3533  heat shock protein GrpE  41.91 
 
 		 189 aa  122  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00974284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2734  heat shock protein GrpE  42.86 
 
 		 194 aa  120  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000056941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2800  GrpE protein  42.95 
 
 		 187 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0337  GrpE protein  35.2 
 
 		 201 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.387309  normal  0.17968 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1253  GrpE protein  41.51 
 
 		 181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.329053 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7788  putative heat shock protein (HSP-70 cofactor), grpE  42.57 
 
 		 181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0272135  normal  0.30698 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0965  heat shock protein GrpE  44.93 
 
 		 195 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000249934  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3004  GrpE protein  42 
 
 		 210 aa  118  7e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0165  heat shock protein GrpE  42 
 
 		 205 aa  117  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.261628  normal  0.409706 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0730  heat shock protein GrpE  44.2 
 
 		 195 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0176899  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3095  GrpE protein  41.25 
 
 		 210 aa  116  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0252  GrpE protein  45.99 
 
 		 181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1334  heat shock protein GrpE  43.45 
 
 		 222 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2902  heat shock protein GrpE  39.79 
 
 		 206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000775754  normal  0.0175654 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0612  co-chaperone GrpE  36.41 
 
 		 198 aa  115  3e-25  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2732  heat shock protein GrpE  39.27 
 
 		 203 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000369534  normal  0.883865 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2805  heat shock protein GrpE  39.27 
 
 		 203 aa  115  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000498857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3684  heat shock protein GrpE  42.58 
 
 		 190 aa  114  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000160031  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2772  heat shock protein GrpE  42.07 
 
 		 205 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000976111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2974  heat shock protein GrpE  38.67 
 
 		 192 aa  114  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000364467  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2887  heat shock protein GrpE  38.67 
 
 		 192 aa  114  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.654980000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1405  GrpE protein  41.1 
 
 		 190 aa  114  7.999999999999999e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1378  heat shock protein GrpE  38.67 
 
 		 192 aa  114  7.999999999999999e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000995394  normal  0.160188 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2992  heat shock protein GrpE  41.96 
 
 		 200 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000163848  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3296  heat shock protein GrpE  44.93 
 
 		 195 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0127245  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2572  heat shock protein GrpE  42.67 
 
 		 201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000957049  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3823  co-chaperone GrpE  42.67 
 
 		 209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2791  heat shock protein GrpE  42.67 
 
 		 201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103997  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1524  heat shock protein GrpE  38.74 
 
 		 206 aa  112  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0108  heat shock protein nucleotide exchange factor GrpE  41.13 
 
 		 198 aa  112  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000378149  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3479  heat shock protein GrpE  41.26 
 
 		 209 aa  111  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000435816  normal  0.0401789 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1986  GrpE protein  42.86 
 
 		 204 aa  110  9e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0649  heat shock protein GrpE  35.26 
 
 		 195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.127631  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2437  heat shock protein GrpE  41.13 
 
 		 200 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000045112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2059  GrpE protein  43.17 
 
 		 186 aa  109  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1274  heat shock protein GrpE  40.97 
 
 		 206 aa  108  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000125429  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62990  heat shock protein GrpE  36.16 
 
 		 186 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1012  heat shock protein GrpE  37.42 
 
 		 213 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3216  heat shock protein GrpE  42.86 
 
 		 195 aa  108  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.116428  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3506  heat shock protein GrpE  34.71 
 
 		 188 aa  108  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.175972  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3005  heat shock protein GrpE  40.97 
 
 		 206 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000767299  decreased coverage  0.0000000711999 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1342  heat shock protein GrpE  40.97 
 
 		 206 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000163417  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1356  heat shock protein GrpE  40.97 
 
 		 206 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000827789  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1599  heat shock protein GrpE  41.61 
 
 		 171 aa  107  8.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.388628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1379  heat shock protein GrpE  40.97 
 
 		 206 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000798826  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2438  GrpE protein  35.06 
 
 		 208 aa  107  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0240587  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0069  GrpE protein  35.6 
 
 		 217 aa  107  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.311586  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2473  protein GrpE (heat shock protein)  37.63 
 
 		 194 aa  106  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2924  GrpE protein  35.95 
 
 		 173 aa  106  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1035  GrpE protein  40 
 
 		 189 aa  106  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00038029  hitchhiker  0.000654048 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1348  molecular chaperone GrpE (heat shock protein)  34.84 
 
 		 189 aa  105  3e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00499702  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0032  heat shock protein GrpE  36.69 
 
 		 200 aa  105  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0849  heat shock protein GrpE  35.39 
 
 		 175 aa  105  4e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3010  heat shock protein GrpE  40.15 
 
 		 250 aa  105  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.582953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2828  heat shock protein GrpE  40.15 
 
 		 241 aa  105  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000182531  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2877  heat shock protein GrpE  39.86 
 
 		 196 aa  105  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal  0.125347 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2008  heat shock protein GrpE  36.96 
 
 		 199 aa  105  5e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2895  heat shock protein GrpE  39.86 
 
 		 196 aa  105  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.804576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2897  heat shock protein GrpE  39.86 
 
 		 196 aa  105  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0509  GrpE protein  35.37 
 
 		 210 aa  105  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.552704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3363  GrpE protein  34.64 
 
 		 245 aa  105  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00347236  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2003  heat shock protein GrpE  40.88 
 
 		 199 aa  104  7e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0459  GrpE protein  38.86 
 
 		 193 aa  104  7e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.585573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3625  heat shock protein GrpE  35.9 
 
 		 189 aa  104  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.42288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_14947  mitochondrial GrpE-like protein  37.58 
 
 		 240 aa  103  1e-21  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0088904  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1442  heat shock protein GrpE  40.71 
 
 		 204 aa  103  2e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.105191  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1381  heat shock protein GrpE  40.71 
 
 		 208 aa  103  2e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00117514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004293  heat shock protein GrpE  38.19 
 
 		 198 aa  102  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0129991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3575  heat shock protein GrpE  33.94 
 
 		 186 aa  102  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>