More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1253 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1253  GrpE protein  100 
 
 
181 aa  360  8e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.329053 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2059  GrpE protein  69.28 
 
 
186 aa  223  1e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0252  GrpE protein  65.79 
 
 
181 aa  197  5e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3544  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.81 
 
 
204 aa  155  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.741634 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1146  GrpE protein  51.68 
 
 
226 aa  152  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.702649  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0399  heat shock protein GrpE  47.9 
 
 
204 aa  151  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0008  heat shock protein GrpE  49.66 
 
 
210 aa  148  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0916725 
 
 
-
 
NC_004310  BR0171  heat shock protein GrpE  49.36 
 
 
230 aa  147  6e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0008  heat shock protein GrpE  49.66 
 
 
210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108771 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0165  heat shock protein GrpE  48.72 
 
 
230 aa  146  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0188  heat shock protein GrpE  43.09 
 
 
206 aa  145  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0180  heat shock protein GrpE  49.67 
 
 
228 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0599175  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0012  heat shock protein GrpE  45.88 
 
 
208 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.976347  hitchhiker  0.000405819 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2184  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
207 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0403299  normal  0.673418 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0334  heat shock protein GrpE  50.35 
 
 
207 aa  141  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0184084  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0415  GrpE protein  46.41 
 
 
202 aa  141  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0427  heat shock protein GrpE  50.35 
 
 
206 aa  140  8e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3578  GrpE protein  49.35 
 
 
213 aa  140  8e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.534048  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0383  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.41 
 
 
202 aa  140  8e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0929159  normal  0.322075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0336  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.41 
 
 
202 aa  140  9e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2533  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.96 
 
 
217 aa  140  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2800  GrpE protein  42.2 
 
 
187 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1334  heat shock protein GrpE  47.68 
 
 
222 aa  139  3e-32  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0509  GrpE protein  43.9 
 
 
210 aa  137  8.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.552704  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0393  heat shock protein GrpE  49.29 
 
 
206 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4019  heat shock protein GrpE  44.52 
 
 
222 aa  134  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0327  heat shock protein GrpE  46.1 
 
 
205 aa  134  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0337  GrpE protein  43.43 
 
 
201 aa  134  7.000000000000001e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.387309  normal  0.17968 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0153  heat shock protein GrpE  43.45 
 
 
203 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0195  heat shock protein GrpE  42.11 
 
 
197 aa  132  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.721857  normal  0.870484 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0165  heat shock protein GrpE  46.94 
 
 
205 aa  129  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.261628  normal  0.409706 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0069  GrpE protein  40.83 
 
 
217 aa  124  7e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.311586  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3004  GrpE protein  38.92 
 
 
210 aa  124  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0008  GrpE protein  41.76 
 
 
179 aa  121  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3643  GrpE protein  42.31 
 
 
221 aa  120  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.58693  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3465  protein GrpE  41.51 
 
 
197 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0111  GrpE protein  39.47 
 
 
199 aa  117  7.999999999999999e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0108  heat shock protein nucleotide exchange factor GrpE  40.14 
 
 
198 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000378149  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1857  GrpE protein  44.36 
 
 
185 aa  115  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0459  GrpE protein  41.07 
 
 
193 aa  115  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.585573  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1219  putative chaperone protein GrpE (heat shock protein)  40.94 
 
 
189 aa  114  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2880  Fis family transcriptional regulator  40.35 
 
 
186 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2045  co-chaperone GrpE  39.04 
 
 
180 aa  114  8.999999999999998e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00817363  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1974  GrpE protein  41.89 
 
 
210 aa  114  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.26677  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2656  GrpE protein  41.5 
 
 
186 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.23931  normal 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_15032  predicted protein  37.25 
 
 
157 aa  111  5e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.189878  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0965  heat shock protein GrpE  38.29 
 
 
195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000249934  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0208  GrpE protein  37.13 
 
 
188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0752  GrpE protein  40.59 
 
 
184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0541429  normal  0.250608 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1004  heat shock protein GrpE  39.05 
 
 
180 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.324391 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_64096  predicted protein  34.46 
 
 
188 aa  109  2.0000000000000002e-23  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.20813  normal  0.0799005 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1035  GrpE protein  38.1 
 
 
189 aa  109  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00038029  hitchhiker  0.000654048 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0150  co-chaperone GrpE  36.61 
 
 
179 aa  108  4.0000000000000004e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0073017  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0168  co-chaperone GrpE  38.16 
 
 
203 aa  108  5e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2240  GrpE protein  36.41 
 
 
193 aa  107  8.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0231109  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2438  GrpE protein  36.67 
 
 
208 aa  107  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0240587  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2734  heat shock protein GrpE  39.1 
 
 
194 aa  106  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000056941  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1012  heat shock protein GrpE  37.33 
 
 
213 aa  105  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0924  GrpE protein  36.47 
 
 
184 aa  105  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.929146  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4300  GrpE protein  34.12 
 
 
213 aa  105  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000230249  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4391  GrpE protein  35.88 
 
 
204 aa  105  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.322098  normal  0.302959 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2874  GrpE protein  38 
 
 
187 aa  105  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.423884 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0730  heat shock protein GrpE  37.14 
 
 
195 aa  105  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0176899  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4594  heat shock protein GrpE  34.25 
 
 
185 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_14947  mitochondrial GrpE-like protein  34.04 
 
 
240 aa  104  6e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0088904  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0736  heat shock protein GrpE  37.5 
 
 
194 aa  104  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273487  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0800  heat shock protein GrpE  38.3 
 
 
189 aa  104  8e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.200393  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3363  GrpE protein  35.1 
 
 
245 aa  104  8e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00347236  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4214  heat shock protein GrpE  34.52 
 
 
188 aa  103  9e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.121908  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4052  heat shock protein GrpE  34.52 
 
 
188 aa  103  9e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00116461  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4062  heat shock protein GrpE  34.52 
 
 
188 aa  103  9e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4337  heat shock protein GrpE  34.52 
 
 
188 aa  103  9e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.21014e-34 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4540  heat shock protein GrpE  34.52 
 
 
188 aa  103  9e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.002362  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4728  heat shock protein GrpE  33.7 
 
 
185 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.079881  hitchhiker  0.00247949 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0802  heat shock protein GrpE  34.52 
 
 
188 aa  103  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000114529  hitchhiker  2.29846e-19 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4166  heat shock protein GrpE  33.15 
 
 
188 aa  103  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0177219  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1359  GrpE protein  35.5 
 
 
186 aa  103  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000141941  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4434  heat shock protein GrpE  34.52 
 
 
188 aa  103  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000213644  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02254  heat shock protein GrpE  38.22 
 
 
211 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.781248  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2499  heat shock protein GrpE  40.29 
 
 
202 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0710839  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1713  heat shock protein GrpE  39.22 
 
 
179 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.385192  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3963  heat shock protein GrpE  39.73 
 
 
194 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.107722 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42980  heat shock protein GrpE  37.21 
 
 
187 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1378  heat shock protein GrpE  37.14 
 
 
192 aa  103  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000995394  normal  0.160188 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2887  heat shock protein GrpE  37.14 
 
 
192 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.654980000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2974  heat shock protein GrpE  37.14 
 
 
192 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000364467  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK02220  grpe protein, putative  36.9 
 
 
228 aa  102  3e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2924  GrpE protein  38.51 
 
 
173 aa  102  3e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3461  GrpE protein  36.67 
 
 
204 aa  102  3e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.704807  normal  0.0101104 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2635  heat shock protein GrpE  40 
 
 
181 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3042  heat shock protein GrpE  41.48 
 
 
207 aa  102  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27806  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0971  GrpE protein  38.3 
 
 
187 aa  101  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.314079  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5482  heat shock protein GrpE  37.65 
 
 
189 aa  101  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.601194  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0002  GrpE protein  37.65 
 
 
206 aa  101  6e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.531723  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4448  heat shock protein GrpE  31.79 
 
 
192 aa  101  7e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000207397  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0980  heat shock protein GrpE  36.84 
 
 
181 aa  101  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1405  GrpE protein  35.03 
 
 
190 aa  101  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1149  heat shock protein GrpE  37.64 
 
 
210 aa  100  8e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0498  heat shock protein GrpE  38.19 
 
 
185 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.755488  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1101  heat shock protein GrpE  38.19 
 
 
185 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.322152  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>