More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4108 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4108  single-strand binding protein/Primosomal replication protein n  100 
 
 		 111 aa  225  1e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0156  single-strand binding protein  43.88 
 
 		 136 aa  89  2e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01895  Single-strand binding protein  40.21 
 
 		 110 aa  80.1  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.326894  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0325  single-strand binding protein  32.43 
 
 		 160 aa  79.3  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1538  single-strand binding protein  39.29 
 
 		 146 aa  77.8  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.545074  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0130  single-strand binding protein  39.8 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0362  single-strand binding protein  39.22 
 
 		 147 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000141012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  38.24 
 
 		 149 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0868  single-strand binding protein  40.38 
 
 		 108 aa  73.9  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.585273  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3117  single-strand binding protein  39.22 
 
 		 146 aa  73.6  0.0000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0643  ssDNA-binding protein  33.33 
 
 		 157 aa  72.4  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.25623e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0455  single-strand binding protein  31.78 
 
 		 174 aa  71.6  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00934995  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0449  single-strand binding protein  38.53 
 
 		 143 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000857397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4062  single-strand binding protein  34.58 
 
 		 148 aa  70.9  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3975  single-strand binding protein  34.58 
 
 		 146 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000156614  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4439  single-strand binding protein  38.14 
 
 		 170 aa  70.9  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3411  single-strand binding protein  35.29 
 
 		 146 aa  70.5  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0936  single-strand binding protein  39.8 
 
 		 151 aa  70.5  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1019  single-strand binding protein  31.53 
 
 		 176 aa  70.5  0.000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0415033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_916  single-stranded DNA-binding protein  39.6 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000232202  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0928  single-strand binding protein  39.6 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000199282  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2151  single-strand binding protein  36.63 
 
 		 139 aa  70.1  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02665  single-strand DNA-binding protein  33.93 
 
 		 161 aa  68.9  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5071  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 186 aa  68.6  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.836187 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0813  single-strand binding protein  29.73 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.307719 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 161 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1045  single-strand binding protein  38.61 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000383918  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0271  single-stranded binding protein  40.95 
 
 		 156 aa  68.2  0.00000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0200  single-strand binding protein  36.63 
 
 		 139 aa  68.2  0.00000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2576  single-strand binding protein  37.23 
 
 		 158 aa  67.8  0.00000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0255  single-strand binding protein  35.64 
 
 		 139 aa  67  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5984  single-strand binding protein  33.98 
 
 		 171 aa  66.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.933717 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3685  single-stranded DNA binding protein  40.23 
 
 		 152 aa  66.6  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.283411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  32.35 
 
 		 167 aa  66.2  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1545  single-strand binding protein  31.78 
 
 		 166 aa  65.1  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00898888  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0746  single-strand binding protein  34.38 
 
 		 161 aa  64.3  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000549741  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4963  single-strand binding protein  33.67 
 
 		 166 aa  63.5  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0979  single-strand binding protein  38.24 
 
 		 140 aa  63.5  0.0000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1124  single-strand binding protein  30.39 
 
 		 156 aa  63.5  0.0000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.228328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0261  single-strand binding protein  33.72 
 
 		 163 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0918801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0223  single-strand binding protein  34.88 
 
 		 172 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4316  single-strand binding protein  39.8 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 156 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2069  single-strand binding protein  39.8 
 
 		 180 aa  62.8  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.551865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2703  single-strand binding protein  31.63 
 
 		 175 aa  62.4  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 156 aa  62.8  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1964  single-strand binding protein  30.09 
 
 		 166 aa  62  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0586806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  34.95 
 
 		 173 aa  60.8  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0129  single-strand binding protein  34.69 
 
 		 154 aa  61.2  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000140231  normal  0.824498 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3772  single-strand binding protein  32.65 
 
 		 167 aa  60.8  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0351  single-stranded DNA-binding protein  34.34 
 
 		 169 aa  60.5  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0967385  normal  0.582722 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1816  single-strand binding protein  40.82 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0697852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1527  single-strand binding protein  34.69 
 
 		 152 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.52347  normal  0.0316845 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2200  single-strand binding protein  34.44 
 
 		 157 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.886044 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2233  single-strand binding protein  36.73 
 
 		 168 aa  60.1  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.559126 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  32.43 
 
 		 152 aa  59.7  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3401  single-strand binding protein  34.69 
 
 		 151 aa  60.1  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.413025  normal  0.54881 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2303  single-strand binding protein  34.88 
 
 		 171 aa  59.7  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0375599  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  29.91 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2149  single-strand binding protein  34.12 
 
 		 165 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0644  single-strand binding protein  29.73 
 
 		 168 aa  58.9  0.00000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3011  single-strand binding protein  35.71 
 
 		 156 aa  59.3  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  29.91 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  29.91 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2215  single-strand binding protein  34.95 
 
 		 142 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  29.91 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  29.91 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1885  single-strand binding protein  35.71 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.110656  normal  0.240301 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1425  single-strand binding protein  36.73 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.195653  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3665  single-strand binding protein  31.25 
 
 		 180 aa  58.2  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000121761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 185 aa  57.8  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0555  single-strand binding protein  34.95 
 
 		 183 aa  57.8  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  34.02 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  34.02 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0044  single-strand binding protein  33.01 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.139232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  34.02 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  34.02 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  34.02 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  34.02 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  34.02 
 
 		 171 aa  57.4  0.00000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  34.02 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0438  single-strand binding protein  28.43 
 
 		 157 aa  57.4  0.00000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  34.95 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  34.02 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4565  single-strand binding protein  31.19 
 
 		 162 aa  57.4  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3926  single-strand binding protein  32.58 
 
 		 156 aa  57.4  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1606  single stranded DNA-binding protein  35.71 
 
 		 168 aa  57.4  0.00000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.597102  normal  0.594419 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3865  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 161 aa  57  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.672811  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3808  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 163 aa  57  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39281  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0796  single-strand binding protein  35.71 
 
 		 159 aa  57  0.00000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000662422 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3951  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 161 aa  57  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.290115  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2452  single-strand binding protein  34.69 
 
 		 195 aa  57  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 151 aa  57  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 151 aa  57  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0439  single-strand binding protein  35.71 
 
 		 173 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2137  single-strand binding protein  35.14 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000567752  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0008  single-stranded DNA-binding protein  34.38 
 
 		 172 aa  57  0.0000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000612973  hitchhiker  0.0000000000172856 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  28.85 
 
 		 164 aa  56.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3720  single-strand binding protein  33.94 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3806  single-strand binding protein  36.36 
 
 		 170 aa  56.6  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.555902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>