More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1425 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1425  single-strand binding protein  100 
 
 		 174 aa  337  4e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.195653  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1676  single-strand binding protein  73.56 
 
 		 158 aa  245  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0796  single-strand binding protein  75.86 
 
 		 159 aa  241  3e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000662422 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1606  single stranded DNA-binding protein  72.99 
 
 		 168 aa  231  5e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.597102  normal  0.594419 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0451  single-strand binding protein  66.67 
 
 		 162 aa  223  8e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0123838 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1885  single-strand binding protein  87.72 
 
 		 176 aa  216  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.110656  normal  0.240301 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1793  single-strand DNA binding protein  71.26 
 
 		 173 aa  206  9e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.147298  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0736  single-stranded DNA-binding protein  55.8 
 
 		 177 aa  206  1e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0217627  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0439  single-strand binding protein  70.69 
 
 		 173 aa  206  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4373  single-stranded DNA-binding protein  61.49 
 
 		 166 aa  205  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.394884  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2452  single-strand binding protein  80.87 
 
 		 195 aa  203  8e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3806  single-strand binding protein  80.34 
 
 		 170 aa  203  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.555902 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1236  single-stranded DNA-binding protein  64.04 
 
 		 170 aa  202  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  normal  0.132188 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4185  single-strand binding protein  61.24 
 
 		 170 aa  201  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1927  single-stranded DNA-binding protein  65.34 
 
 		 169 aa  201  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.332681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1566  single-stranded DNA-binding protein  73.02 
 
 		 163 aa  198  3e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.365454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1742  single-stranded DNA-binding protein  77.39 
 
 		 168 aa  198  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.563844  normal  0.366869 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2079  single-stranded DNA-binding protein  61.49 
 
 		 163 aa  197  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.180692  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1397  single-strand binding protein  56.59 
 
 		 160 aa  196  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2382  single-stranded DNA-binding protein  77.19 
 
 		 176 aa  195  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.226437  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4448  single-strand binding protein  62.36 
 
 		 171 aa  195  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0398944  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1816  single-strand binding protein  72.36 
 
 		 132 aa  192  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0697852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2200  single-strand binding protein  61.41 
 
 		 183 aa  188  4e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.338329  normal  0.513026 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1745  single-strand binding protein  75.21 
 
 		 185 aa  187  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0536308  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3154  single-stranded DNA-binding protein  74.56 
 
 		 167 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2755  single-stranded DNA-binding protein  73.68 
 
 		 169 aa  187  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0658877  normal  0.922249 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1062  single-stranded DNA-binding protein family  58.43 
 
 		 168 aa  187  9e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.407571  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2755  single-stranded DNA-binding protein  72.17 
 
 		 169 aa  186  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1884  single-strand binding protein  71.43 
 
 		 164 aa  186  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0898564  normal  0.541017 
 
 
-
 
NC_004310  BR1102  single-stranded DNA-binding protein family  69.75 
 
 		 168 aa  185  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.853815  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2713  single-stranded DNA-binding protein  73.68 
 
 		 167 aa  185  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55224  normal  0.595774 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2198  single-strand binding protein  55.75 
 
 		 151 aa  184  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00537344 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2243  single-strand binding protein  59.79 
 
 		 189 aa  184  4e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.735655 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2518  single-strand binding protein  59.79 
 
 		 189 aa  184  4e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2199  single-strand binding protein  62.86 
 
 		 172 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.987659  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3047  single-stranded DNA-binding protein  71.05 
 
 		 159 aa  182  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.564051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3737  single-strand binding protein  71.3 
 
 		 186 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0280171 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2848  single-strand binding protein  71.3 
 
 		 183 aa  179  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.89958  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0204  single-strand binding protein  68.38 
 
 		 145 aa  178  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2988  single-strand binding protein  73.04 
 
 		 173 aa  177  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0391895 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1537  single-strand binding protein  68.42 
 
 		 151 aa  174  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.145675  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2879  single-strand binding protein  66.67 
 
 		 165 aa  172  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.561804  normal  0.0379705 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  51.72 
 
 		 177 aa  169  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4316  single-strand binding protein  54.4 
 
 		 180 aa  168  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2038  single-strand binding protein  51.15 
 
 		 161 aa  168  4e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.663692  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  67.8 
 
 		 178 aa  168  5e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0539  single-strand binding protein  65.52 
 
 		 184 aa  166  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0171971  normal  0.702054 
 
 
-
 
NC_002978  WD0774  single-strand binding protein  45.35 
 
 		 160 aa  161  4.0000000000000004e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3665  single-strand binding protein  53.55 
 
 		 180 aa  161  4.0000000000000004e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000121761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  67.26 
 
 		 183 aa  160  7e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0815  single-strand binding protein  58.77 
 
 		 157 aa  160  1e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0266  single-strand binding protein  57.89 
 
 		 157 aa  159  2e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.266432  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  67.27 
 
 		 178 aa  159  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2069  single-strand binding protein  47.78 
 
 		 180 aa  158  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.551865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2233  single-strand binding protein  46.86 
 
 		 168 aa  158  4e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.559126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3622  single-strand binding protein  52.14 
 
 		 158 aa  157  7e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0622849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  50.87 
 
 		 171 aa  156  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  54.81 
 
 		 188 aa  156  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0759  single-strand binding protein  41.95 
 
 		 151 aa  155  4e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  60 
 
 		 233 aa  154  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  49.71 
 
 		 178 aa  152  2e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  49.71 
 
 		 178 aa  152  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  49.71 
 
 		 178 aa  152  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  49.71 
 
 		 178 aa  152  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  49.71 
 
 		 178 aa  152  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  49.71 
 
 		 178 aa  152  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  49.71 
 
 		 178 aa  152  2e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  49.71 
 
 		 178 aa  152  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6613  single-stranded DNA-binding protein  45.14 
 
 		 158 aa  152  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  46.78 
 
 		 168 aa  151  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  50 
 
 		 180 aa  151  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  50.28 
 
 		 167 aa  150  8e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  44.25 
 
 		 159 aa  149  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  47.37 
 
 		 181 aa  147  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1683  putative single-strand binding protein  53.42 
 
 		 213 aa  147  5e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  44.25 
 
 		 159 aa  147  7e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1958  single-strand binding protein  52.44 
 
 		 219 aa  147  7e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000182579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  63.64 
 
 		 182 aa  147  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  63.64 
 
 		 182 aa  147  8e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  63.64 
 
 		 182 aa  147  8e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  58.06 
 
 		 238 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  49.13 
 
 		 176 aa  145  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  61.95 
 
 		 160 aa  146  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  49.13 
 
 		 176 aa  145  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  49.13 
 
 		 176 aa  145  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  49.13 
 
 		 176 aa  145  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  49.13 
 
 		 176 aa  145  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  62.73 
 
 		 182 aa  145  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1992  single-strand binding protein  66.33 
 
 		 230 aa  145  3e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000347052  decreased coverage  0.0000711736 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  58.27 
 
 		 236 aa  145  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  46.47 
 
 		 182 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  45.4 
 
 		 154 aa  145  4.0000000000000006e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  45.4 
 
 		 149 aa  145  4.0000000000000006e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  58.27 
 
 		 234 aa  144  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  58.27 
 
 		 234 aa  144  6e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  58.27 
 
 		 234 aa  144  6e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  58.27 
 
 		 236 aa  144  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  49.65 
 
 		 231 aa  142  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  57.26 
 
 		 222 aa  142  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  44.12 
 
 		 165 aa  142  3e-33  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>