More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002363 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  100 
 
 
178 aa  355  1.9999999999999998e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  79.67 
 
 
177 aa  282  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  86.52 
 
 
178 aa  255  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  67.98 
 
 
168 aa  241  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  73.03 
 
 
171 aa  242  3e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  81.42 
 
 
183 aa  240  7.999999999999999e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  72.13 
 
 
178 aa  235  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  72.13 
 
 
178 aa  235  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  72.13 
 
 
178 aa  235  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  72.13 
 
 
178 aa  235  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  72.13 
 
 
178 aa  235  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  72.13 
 
 
178 aa  235  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  72.13 
 
 
178 aa  235  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  72.13 
 
 
178 aa  235  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  68.54 
 
 
181 aa  232  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  63.89 
 
 
165 aa  226  1e-58  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  62.36 
 
 
182 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  70.79 
 
 
176 aa  218  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  69.78 
 
 
181 aa  216  8.999999999999998e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  69.06 
 
 
180 aa  216  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  67.4 
 
 
180 aa  213  8e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  68.31 
 
 
182 aa  213  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  68.31 
 
 
182 aa  213  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  68.31 
 
 
182 aa  213  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  65.05 
 
 
182 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  64.8 
 
 
176 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  64.8 
 
 
176 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  64.8 
 
 
176 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  64.8 
 
 
176 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  64.8 
 
 
176 aa  212  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  66.11 
 
 
176 aa  211  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  73.97 
 
 
236 aa  208  3e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  73.97 
 
 
234 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  73.97 
 
 
234 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  73.97 
 
 
234 aa  208  4e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  73.97 
 
 
238 aa  207  5e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  73.97 
 
 
236 aa  207  6e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  78.12 
 
 
222 aa  201  6e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  61.33 
 
 
175 aa  200  7e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  62.13 
 
 
231 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  51.5 
 
 
233 aa  199  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  64.97 
 
 
236 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  66.48 
 
 
236 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  64.97 
 
 
235 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  65.88 
 
 
234 aa  194  7e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0611  single-stranded DNA-binding protein  56.74 
 
 
168 aa  192  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0751618  hitchhiker  0.00325806 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  57.39 
 
 
167 aa  191  4e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  76.92 
 
 
161 aa  190  8e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  76.92 
 
 
161 aa  190  8e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  57.46 
 
 
175 aa  187  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  61.36 
 
 
165 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  61.36 
 
 
165 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  57.3 
 
 
160 aa  187  1e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  58.56 
 
 
175 aa  186  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  57.87 
 
 
167 aa  181  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  53.93 
 
 
163 aa  181  5.0000000000000004e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  57.3 
 
 
150 aa  179  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0327  single-strand binding protein  70.4 
 
 
201 aa  179  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00747942  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4136  single-strand binding protein  54.75 
 
 
165 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00257705  normal  0.135122 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  51.14 
 
 
158 aa  179  2e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  46.46 
 
 
222 aa  179  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0108  single-strand DNA-binding protein  55.62 
 
 
175 aa  177  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.127981 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  55.93 
 
 
154 aa  177  4.999999999999999e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  54.02 
 
 
149 aa  177  7e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  50.57 
 
 
158 aa  177  1e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  53.37 
 
 
162 aa  176  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  47.49 
 
 
159 aa  174  5e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  69.3 
 
 
185 aa  174  5e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  67.86 
 
 
155 aa  174  6e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  51.69 
 
 
151 aa  174  6e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  47.49 
 
 
159 aa  173  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  68.7 
 
 
154 aa  173  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0748  single-strand binding protein  59.24 
 
 
174 aa  171  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.810085  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0451  single-strand binding protein  51.15 
 
 
162 aa  171  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0123838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  69.3 
 
 
200 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1884  single-strand binding protein  51.43 
 
 
164 aa  170  9e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0898564  normal  0.541017 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  51.12 
 
 
151 aa  170  9e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4185  single-strand binding protein  51.69 
 
 
170 aa  170  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  50.52 
 
 
184 aa  169  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  65.79 
 
 
196 aa  168  5e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2690  single-strand binding protein  68.7 
 
 
172 aa  167  6e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0960941  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  64.96 
 
 
175 aa  167  6e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  49.44 
 
 
152 aa  167  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  67.77 
 
 
190 aa  167  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3710  single-strand binding protein  64.52 
 
 
242 aa  166  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000568362  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3665  single-strand binding protein  47.76 
 
 
180 aa  166  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000121761  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4518  single-stranded DNA-binding protein  66.09 
 
 
183 aa  166  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142427  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1885  single-strand binding protein  70.91 
 
 
176 aa  166  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.110656  normal  0.240301 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0796  single-strand binding protein  63.56 
 
 
159 aa  165  4e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000662422 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1397  single-strand binding protein  51.41 
 
 
160 aa  164  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  66.1 
 
 
188 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0656  single-stranded DNA-binding protein  65.22 
 
 
189 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0535  single-strand binding protein  66.1 
 
 
220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0369  single-stranded DNA-binding protein  67.54 
 
 
181 aa  162  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1425  single-strand binding protein  67.27 
 
 
174 aa  162  3e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.195653  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1676  single-strand binding protein  64.91 
 
 
158 aa  162  3e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1102  single-stranded DNA-binding protein family  63.79 
 
 
168 aa  161  4.0000000000000004e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.853815  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0640  single-strand binding protein  66.95 
 
 
225 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000164603  unclonable  0.0000000189971 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0315  single-stranded DNA-binding protein  67.54 
 
 
181 aa  161  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1062  single-stranded DNA-binding protein family  63.79 
 
 
168 aa  161  4.0000000000000004e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.407571  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>