More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3806 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3806  single-strand binding protein  100 
 
 		 170 aa  338  2e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.555902 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1606  single stranded DNA-binding protein  69.49 
 
 		 168 aa  225  3e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.597102  normal  0.594419 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0451  single-strand binding protein  67.05 
 
 		 162 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0123838 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4185  single-strand binding protein  64.33 
 
 		 170 aa  204  4e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0736  single-stranded DNA-binding protein  54.44 
 
 		 177 aa  203  8e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0217627  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0439  single-strand binding protein  68.21 
 
 		 173 aa  201  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1676  single-strand binding protein  63.53 
 
 		 158 aa  200  7e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0796  single-strand binding protein  77.69 
 
 		 159 aa  198  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000662422 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1793  single-strand DNA binding protein  80.7 
 
 		 173 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.147298  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1816  single-strand binding protein  72.36 
 
 		 132 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0697852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1425  single-strand binding protein  80.87 
 
 		 174 aa  195  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.195653  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1397  single-strand binding protein  62.94 
 
 		 160 aa  194  5.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4448  single-strand binding protein  61.63 
 
 		 171 aa  191  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0398944  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1062  single-stranded DNA-binding protein family  58.82 
 
 		 168 aa  191  4e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.407571  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1236  single-stranded DNA-binding protein  58.86 
 
 		 170 aa  190  6e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  normal  0.132188 
 
 
-
 
NC_004310  BR1102  single-stranded DNA-binding protein family  72.88 
 
 		 168 aa  188  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.853815  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4373  single-stranded DNA-binding protein  59.41 
 
 		 166 aa  186  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.394884  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1885  single-strand binding protein  76.32 
 
 		 176 aa  185  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.110656  normal  0.240301 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2199  single-strand binding protein  62.86 
 
 		 172 aa  186  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.987659  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2200  single-strand binding protein  61.2 
 
 		 183 aa  184  6e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.338329  normal  0.513026 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1927  single-stranded DNA-binding protein  61.18 
 
 		 169 aa  183  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.332681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2079  single-stranded DNA-binding protein  56.47 
 
 		 163 aa  182  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.180692  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2452  single-strand binding protein  73.04 
 
 		 195 aa  182  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1566  single-stranded DNA-binding protein  58.82 
 
 		 163 aa  180  6e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.365454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2382  single-stranded DNA-binding protein  71.05 
 
 		 176 aa  179  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.226437  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2848  single-strand binding protein  73.91 
 
 		 183 aa  178  4e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.89958  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1742  single-stranded DNA-binding protein  58.82 
 
 		 168 aa  178  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.563844  normal  0.366869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2713  single-stranded DNA-binding protein  61.18 
 
 		 167 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55224  normal  0.595774 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2755  single-stranded DNA-binding protein  61.05 
 
 		 169 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3737  single-strand binding protein  55.38 
 
 		 186 aa  176  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0280171 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2198  single-strand binding protein  53.98 
 
 		 151 aa  176  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00537344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3154  single-stranded DNA-binding protein  60.69 
 
 		 167 aa  176  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1537  single-strand binding protein  55.29 
 
 		 151 aa  176  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.145675  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2755  single-stranded DNA-binding protein  60 
 
 		 169 aa  175  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0658877  normal  0.922249 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2988  single-strand binding protein  73.91 
 
 		 173 aa  175  3e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0391895 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0204  single-strand binding protein  64.96 
 
 		 145 aa  175  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1745  single-strand binding protein  67.77 
 
 		 185 aa  174  6e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0536308  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2243  single-strand binding protein  56.32 
 
 		 189 aa  174  6e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.735655 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2518  single-strand binding protein  56.32 
 
 		 189 aa  174  6e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1884  single-strand binding protein  58.24 
 
 		 164 aa  173  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0898564  normal  0.541017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4316  single-strand binding protein  54.26 
 
 		 180 aa  170  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2038  single-strand binding protein  54.71 
 
 		 161 aa  165  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.663692  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2879  single-strand binding protein  64.91 
 
 		 165 aa  166  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.561804  normal  0.0379705 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3047  single-stranded DNA-binding protein  64.91 
 
 		 159 aa  164  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.564051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3622  single-strand binding protein  57.66 
 
 		 158 aa  164  6.9999999999999995e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0622849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0539  single-strand binding protein  67.24 
 
 		 184 aa  163  9e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0171971  normal  0.702054 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  50.57 
 
 		 177 aa  161  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2233  single-strand binding protein  49.41 
 
 		 168 aa  160  7e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.559126 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0815  single-strand binding protein  49.65 
 
 		 157 aa  159  3e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2069  single-strand binding protein  50.27 
 
 		 180 aa  157  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.551865  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0774  single-strand binding protein  47.02 
 
 		 160 aa  157  9e-38  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0759  single-strand binding protein  43.37 
 
 		 151 aa  155  2e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  50.56 
 
 		 171 aa  155  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3665  single-strand binding protein  50 
 
 		 180 aa  155  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000121761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  59.02 
 
 		 188 aa  155  3e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  51.43 
 
 		 178 aa  154  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  51.43 
 
 		 178 aa  154  6e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  51.43 
 
 		 178 aa  154  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  51.43 
 
 		 178 aa  154  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  51.43 
 
 		 178 aa  154  6e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  51.43 
 
 		 178 aa  154  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  51.43 
 
 		 178 aa  154  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  51.43 
 
 		 178 aa  154  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  48.82 
 
 		 158 aa  152  2e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  61.86 
 
 		 178 aa  151  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  48.24 
 
 		 158 aa  150  5.9999999999999996e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0266  single-strand binding protein  46.81 
 
 		 157 aa  150  7e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.266432  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  45.29 
 
 		 159 aa  147  5e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  48.02 
 
 		 180 aa  147  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  47.13 
 
 		 168 aa  147  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  62.73 
 
 		 178 aa  147  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  49.71 
 
 		 149 aa  147  7e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  48.6 
 
 		 182 aa  146  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  46.99 
 
 		 181 aa  146  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  49.44 
 
 		 180 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  58.26 
 
 		 233 aa  146  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  45.29 
 
 		 159 aa  146  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  61.06 
 
 		 183 aa  146  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  45.18 
 
 		 182 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6613  single-stranded DNA-binding protein  41.76 
 
 		 158 aa  144  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  49.41 
 
 		 154 aa  144  6e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2780  single-strand binding protein  48.19 
 
 		 155 aa  144  8.000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  49.13 
 
 		 176 aa  143  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  51.81 
 
 		 160 aa  143  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  47.73 
 
 		 167 aa  143  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2690  single-strand binding protein  55.23 
 
 		 172 aa  142  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0960941  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  48.8 
 
 		 163 aa  142  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  49.43 
 
 		 176 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2140  single-strand binding protein  65.05 
 
 		 160 aa  142  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0840686 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  49.43 
 
 		 176 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  49.43 
 
 		 176 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  49.43 
 
 		 176 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  49.43 
 
 		 176 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1992  single-strand binding protein  58.56 
 
 		 230 aa  142  3e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000347052  decreased coverage  0.0000711736 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  51.56 
 
 		 222 aa  142  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  65 
 
 		 182 aa  141  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  65 
 
 		 182 aa  141  5e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  65 
 
 		 182 aa  141  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  52.03 
 
 		 236 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  45.09 
 
 		 152 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>