More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0796 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0796  single-strand binding protein  100 
 
 
159 aa  323  4.0000000000000003e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000662422 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1676  single-strand binding protein  84.18 
 
 
158 aa  261  3e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1425  single-strand binding protein  97.39 
 
 
174 aa  233  6e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.195653  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1606  single stranded DNA-binding protein  71.43 
 
 
168 aa  226  1e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.597102  normal  0.594419 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0451  single-strand binding protein  68.52 
 
 
162 aa  214  5e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0123838 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1885  single-strand binding protein  85.09 
 
 
176 aa  211  4.9999999999999996e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.110656  normal  0.240301 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0439  single-strand binding protein  80.7 
 
 
173 aa  200  7e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1793  single-strand DNA binding protein  63.01 
 
 
173 aa  199  9e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.147298  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2452  single-strand binding protein  78.26 
 
 
195 aa  199  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3806  single-strand binding protein  78.63 
 
 
170 aa  199  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.555902 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1927  single-stranded DNA-binding protein  75.65 
 
 
169 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.332681  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4185  single-strand binding protein  60.82 
 
 
170 aa  194  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1742  single-stranded DNA-binding protein  75.65 
 
 
168 aa  194  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.563844  normal  0.366869 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0736  single-stranded DNA-binding protein  55.06 
 
 
177 aa  192  1e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0217627  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1816  single-strand binding protein  74.79 
 
 
132 aa  192  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0697852  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2382  single-stranded DNA-binding protein  77.19 
 
 
176 aa  192  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.226437  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1236  single-stranded DNA-binding protein  58.99 
 
 
170 aa  191  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  normal  0.132188 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2198  single-strand binding protein  59.39 
 
 
151 aa  190  8e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00537344 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1745  single-strand binding protein  75.21 
 
 
185 aa  189  9e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0536308  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2079  single-stranded DNA-binding protein  60.74 
 
 
163 aa  190  9e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.180692  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4373  single-stranded DNA-binding protein  61.45 
 
 
166 aa  188  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.394884  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4448  single-strand binding protein  73.11 
 
 
171 aa  187  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0398944  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1566  single-stranded DNA-binding protein  71.07 
 
 
163 aa  186  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.365454  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1397  single-strand binding protein  58.33 
 
 
160 aa  186  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1884  single-strand binding protein  70.34 
 
 
164 aa  183  8e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0898564  normal  0.541017 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3154  single-stranded DNA-binding protein  72.81 
 
 
167 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2755  single-stranded DNA-binding protein  71.93 
 
 
169 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0658877  normal  0.922249 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2755  single-stranded DNA-binding protein  70.43 
 
 
169 aa  181  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1102  single-stranded DNA-binding protein family  70.09 
 
 
168 aa  180  6e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.853815  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2713  single-stranded DNA-binding protein  71.93 
 
 
167 aa  180  6e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55224  normal  0.595774 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1062  single-stranded DNA-binding protein family  70.09 
 
 
168 aa  180  6e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.407571  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2848  single-strand binding protein  71.3 
 
 
183 aa  180  7e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.89958  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3047  single-stranded DNA-binding protein  71.05 
 
 
159 aa  179  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.564051  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2199  single-strand binding protein  56.65 
 
 
172 aa  178  2.9999999999999997e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.987659  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2200  single-strand binding protein  70.43 
 
 
183 aa  177  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.338329  normal  0.513026 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2988  single-strand binding protein  71.3 
 
 
173 aa  177  7e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0391895 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3737  single-strand binding protein  69.57 
 
 
186 aa  176  9e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0280171 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2243  single-strand binding protein  68.7 
 
 
189 aa  176  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.735655 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0204  single-strand binding protein  68.38 
 
 
145 aa  176  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2518  single-strand binding protein  68.7 
 
 
189 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1537  single-strand binding protein  59.49 
 
 
151 aa  174  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.145675  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2879  single-strand binding protein  67.54 
 
 
165 aa  171  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.561804  normal  0.0379705 
 
 
-
 
NC_002978  WD0774  single-strand binding protein  50 
 
 
160 aa  168  3e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2038  single-strand binding protein  52.66 
 
 
161 aa  167  5e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.663692  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4316  single-strand binding protein  64.04 
 
 
180 aa  164  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  65.25 
 
 
178 aa  164  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0539  single-strand binding protein  64.66 
 
 
184 aa  164  6.9999999999999995e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0171971  normal  0.702054 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  60.47 
 
 
177 aa  162  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  63.56 
 
 
183 aa  161  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0759  single-strand binding protein  45.81 
 
 
151 aa  159  2e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0815  single-strand binding protein  57.39 
 
 
157 aa  158  3e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  63.48 
 
 
178 aa  158  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2069  single-strand binding protein  45.86 
 
 
180 aa  157  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.551865  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0266  single-strand binding protein  56.52 
 
 
157 aa  157  5e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.266432  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2233  single-strand binding protein  47.02 
 
 
168 aa  157  7e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.559126 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  47.98 
 
 
171 aa  156  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3622  single-strand binding protein  51.41 
 
 
158 aa  155  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0622849  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  59.5 
 
 
188 aa  155  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3665  single-strand binding protein  64.35 
 
 
180 aa  155  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000121761  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  59.84 
 
 
178 aa  154  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  59.84 
 
 
178 aa  154  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6613  single-stranded DNA-binding protein  46.2 
 
 
158 aa  155  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  59.84 
 
 
178 aa  154  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  59.84 
 
 
178 aa  154  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  59.84 
 
 
178 aa  154  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  59.84 
 
 
178 aa  154  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  59.84 
 
 
178 aa  154  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  59.84 
 
 
178 aa  154  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  60 
 
 
233 aa  154  6e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  48.17 
 
 
159 aa  152  2e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  61.74 
 
 
180 aa  151  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  48.17 
 
 
159 aa  150  8e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  68 
 
 
167 aa  148  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  60.87 
 
 
182 aa  149  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  60.87 
 
 
182 aa  149  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  51.53 
 
 
154 aa  149  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  60.87 
 
 
182 aa  149  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  47.27 
 
 
168 aa  148  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  61.02 
 
 
160 aa  146  9e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  60 
 
 
182 aa  146  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  48.81 
 
 
182 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  46.11 
 
 
165 aa  145  2.0000000000000003e-34  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  46.43 
 
 
181 aa  145  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1992  single-strand binding protein  67.35 
 
 
230 aa  145  3e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000347052  decreased coverage  0.0000711736 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  51.33 
 
 
238 aa  145  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1958  single-strand binding protein  54.48 
 
 
219 aa  144  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000182579  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  49.37 
 
 
149 aa  144  4.0000000000000006e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  58.26 
 
 
180 aa  144  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  47.85 
 
 
158 aa  144  5e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  58.26 
 
 
176 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  58.26 
 
 
176 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  47.85 
 
 
158 aa  144  6e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  58.26 
 
 
176 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  58.26 
 
 
176 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  58.26 
 
 
176 aa  144  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  55.93 
 
 
161 aa  144  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  55.93 
 
 
161 aa  144  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  58.26 
 
 
181 aa  143  9e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  48.34 
 
 
231 aa  143  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  46.41 
 
 
190 aa  142  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>