More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1260 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  100 
 
 
161 aa  334  2.9999999999999997e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  72.96 
 
 
156 aa  224  4e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  72.96 
 
 
156 aa  224  4e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  61.82 
 
 
164 aa  206  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  62.28 
 
 
164 aa  206  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1280  single-strand binding protein  61.82 
 
 
164 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00522699 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  53.01 
 
 
168 aa  172  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  54.25 
 
 
152 aa  169  1e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3975  single-strand binding protein  55.48 
 
 
146 aa  167  5e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000156614  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4062  single-strand binding protein  54.73 
 
 
148 aa  166  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  53.66 
 
 
181 aa  166  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  58.91 
 
 
222 aa  165  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  53.68 
 
 
231 aa  164  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0438  single-strand binding protein  51.59 
 
 
157 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  59.5 
 
 
236 aa  163  8e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0449  single-strand binding protein  54.11 
 
 
143 aa  163  8e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000857397  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  65.42 
 
 
167 aa  163  9e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  57.25 
 
 
236 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  59.5 
 
 
234 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  59.5 
 
 
234 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  59.5 
 
 
234 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  45.98 
 
 
177 aa  161  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  51.66 
 
 
151 aa  160  5.0000000000000005e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  68.32 
 
 
234 aa  160  6e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  49.44 
 
 
180 aa  160  8.000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  60.87 
 
 
238 aa  160  9e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  46.71 
 
 
171 aa  159  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3411  single-strand binding protein  63.55 
 
 
146 aa  159  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  50.61 
 
 
167 aa  158  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  48.15 
 
 
165 aa  158  3e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  66.34 
 
 
236 aa  158  3e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  47.98 
 
 
176 aa  157  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  47.98 
 
 
176 aa  157  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  47.98 
 
 
176 aa  157  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  47.98 
 
 
176 aa  157  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  53.69 
 
 
149 aa  157  4e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  47.98 
 
 
176 aa  157  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  62.86 
 
 
200 aa  158  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  66.34 
 
 
235 aa  157  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  48.78 
 
 
182 aa  157  6e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  66.34 
 
 
236 aa  157  7e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  44.83 
 
 
178 aa  157  8e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  44.83 
 
 
178 aa  157  8e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  44.83 
 
 
178 aa  157  8e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  44.83 
 
 
178 aa  157  8e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  44.83 
 
 
178 aa  157  8e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  44.83 
 
 
178 aa  157  8e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  44.83 
 
 
178 aa  157  8e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  44.83 
 
 
178 aa  157  8e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  63.81 
 
 
196 aa  157  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  52.15 
 
 
163 aa  155  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  51.66 
 
 
151 aa  155  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  45.6 
 
 
181 aa  155  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2200  single-strand binding protein  50.65 
 
 
157 aa  155  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.886044 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0555  single-strand binding protein  65.74 
 
 
183 aa  155  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  62.39 
 
 
160 aa  155  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  46.86 
 
 
173 aa  154  4e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  45.51 
 
 
176 aa  154  4e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  52.87 
 
 
155 aa  154  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  50.32 
 
 
158 aa  154  5.0000000000000005e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  52.35 
 
 
149 aa  154  5.0000000000000005e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  47.13 
 
 
159 aa  154  6e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0351  single-stranded DNA-binding protein  63.89 
 
 
169 aa  152  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0967385  normal  0.582722 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  62.26 
 
 
185 aa  152  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2151  single-strand binding protein  50 
 
 
139 aa  152  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3117  single-strand binding protein  52.74 
 
 
146 aa  152  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0325  single-strand binding protein  58.68 
 
 
160 aa  152  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  47.13 
 
 
159 aa  152  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  60.66 
 
 
165 aa  152  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  60.66 
 
 
165 aa  152  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  49.68 
 
 
158 aa  152  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  51.3 
 
 
154 aa  152  2.9999999999999998e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  58.12 
 
 
178 aa  151  2.9999999999999998e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  50 
 
 
184 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  45 
 
 
180 aa  151  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0362  single-strand binding protein  60.75 
 
 
147 aa  151  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000141012  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  47.22 
 
 
182 aa  151  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  47.22 
 
 
182 aa  151  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  47.22 
 
 
182 aa  151  4e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  44.89 
 
 
188 aa  150  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  54.33 
 
 
190 aa  150  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0255  single-strand binding protein  50 
 
 
139 aa  150  5.9999999999999996e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  45.45 
 
 
176 aa  150  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0200  single-strand binding protein  50 
 
 
139 aa  150  7e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  63.37 
 
 
233 aa  150  8e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  59.29 
 
 
183 aa  149  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  62.39 
 
 
175 aa  149  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  51.25 
 
 
162 aa  148  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3772  single-strand binding protein  54.76 
 
 
167 aa  148  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4565  single-strand binding protein  60.71 
 
 
162 aa  148  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  48.92 
 
 
161 aa  148  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  48.92 
 
 
161 aa  148  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  42.46 
 
 
182 aa  147  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1964  single-strand binding protein  51.49 
 
 
166 aa  147  4e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0586806  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  49.67 
 
 
154 aa  147  5e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0223  single-strand binding protein  45.86 
 
 
172 aa  147  8e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2149  single-strand binding protein  55.65 
 
 
165 aa  146  9e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0640  single-strand binding protein  57.8 
 
 
225 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000164603  unclonable  0.0000000189971 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3728  single-strand binding protein  45.51 
 
 
167 aa  146  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0825596  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0936  single-strand binding protein  45.03 
 
 
151 aa  146  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>