More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3401 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3401  single-strand binding protein  100 
 
 		 151 aa  318  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.413025  normal  0.54881 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1527  single-strand binding protein  92.76 
 
 		 152 aa  293  8e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.52347  normal  0.0316845 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4963  single-strand binding protein  56.63 
 
 		 166 aa  183  7e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2388  single-strand binding protein  56.58 
 
 		 138 aa  168  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.875154 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4110  single-strand binding protein  62.4 
 
 		 192 aa  164  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000157926  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0027  single-strand binding protein  58.09 
 
 		 175 aa  161  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.664632  normal  0.0441795 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0828  single-strand binding protein  64.35 
 
 		 176 aa  159  2e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00178667  hitchhiker  0.000998915 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2703  single-strand binding protein  60.16 
 
 		 175 aa  159  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2200  single-strand binding protein  47.13 
 
 		 157 aa  145  2.0000000000000003e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.886044 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  45 
 
 		 159 aa  142  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  45 
 
 		 159 aa  142  2e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0746  single-strand binding protein  42.24 
 
 		 161 aa  141  4e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000549741  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1964  single-strand binding protein  47.92 
 
 		 166 aa  137  6e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0586806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  51.82 
 
 		 188 aa  136  7.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0223  single-strand binding protein  55.28 
 
 		 172 aa  136  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0779  single-strand binding protein  49.36 
 
 		 147 aa  135  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  49.35 
 
 		 154 aa  135  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2149  single-strand binding protein  45.24 
 
 		 165 aa  135  2e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  47.06 
 
 		 152 aa  134  5e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1045  single-strand binding protein  60 
 
 		 135 aa  133  8e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000383918  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0325  single-strand binding protein  47.65 
 
 		 160 aa  133  8e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  56.76 
 
 		 160 aa  133  9.999999999999999e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  46.84 
 
 		 158 aa  132  9.999999999999999e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  46.84 
 
 		 158 aa  133  9.999999999999999e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_916  single-stranded DNA-binding protein  59.05 
 
 		 135 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000232202  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0928  single-strand binding protein  59.05 
 
 		 135 aa  132  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000199282  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3710  single-strand binding protein  51.35 
 
 		 242 aa  131  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000568362  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2303  single-strand binding protein  56.76 
 
 		 171 aa  131  3e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0375599  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2576  single-strand binding protein  56.88 
 
 		 158 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  45.28 
 
 		 149 aa  130  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0535  single-strand binding protein  51.35 
 
 		 220 aa  129  9e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4025  single-strand binding protein  53.15 
 
 		 231 aa  129  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000941126  unclonable  0.000000000110243 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0261  single-strand binding protein  44.68 
 
 		 163 aa  129  1.0000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0918801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  45.28 
 
 		 155 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0640  single-strand binding protein  52.25 
 
 		 225 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000164603  unclonable  0.0000000189971 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2223  single-strand binding protein  41.67 
 
 		 164 aa  128  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000351539  normal  0.108037 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  54.55 
 
 		 175 aa  128  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  48.44 
 
 		 231 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0643  ssDNA-binding protein  44.3 
 
 		 157 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.25623e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  46.72 
 
 		 222 aa  127  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0362  single-strand binding protein  57.69 
 
 		 147 aa  127  6e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000141012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3975  single-strand binding protein  44.23 
 
 		 146 aa  127  7.000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000156614  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4062  single-strand binding protein  56.07 
 
 		 148 aa  127  7.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  52.63 
 
 		 236 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3117  single-strand binding protein  44.59 
 
 		 146 aa  126  9.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  52.63 
 
 		 234 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  52.63 
 
 		 234 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  52.63 
 
 		 234 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  52.63 
 
 		 236 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  48.6 
 
 		 200 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0066  single-stranded DNA-binding protein  42.14 
 
 		 150 aa  125  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0056  single-stranded DNA-binding protein  40.91 
 
 		 175 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.564154 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  52.21 
 
 		 238 aa  124  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  41.04 
 
 		 173 aa  124  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  52.21 
 
 		 222 aa  124  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  42.57 
 
 		 151 aa  124  6e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0351  single-stranded DNA-binding protein  57.14 
 
 		 169 aa  123  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0967385  normal  0.582722 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  42.57 
 
 		 151 aa  122  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  51.82 
 
 		 236 aa  122  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0002  single-stranded DNA-binding protein  44.52 
 
 		 175 aa  122  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  52.78 
 
 		 185 aa  121  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  42.96 
 
 		 163 aa  121  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  51.92 
 
 		 167 aa  121  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  48.11 
 
 		 196 aa  121  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  41.82 
 
 		 162 aa  120  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  51.82 
 
 		 236 aa  121  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  51.82 
 
 		 235 aa  121  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  50.91 
 
 		 234 aa  121  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0044  single-strand binding protein  53.7 
 
 		 137 aa  120  5e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.139232  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3411  single-strand binding protein  55.77 
 
 		 146 aa  120  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  43.71 
 
 		 149 aa  120  6e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  41.57 
 
 		 168 aa  120  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3665  single-strand binding protein  51.33 
 
 		 180 aa  120  7e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000121761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0555  single-strand binding protein  56.6 
 
 		 183 aa  120  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0051  single-stranded DNA-binding protein  43.84 
 
 		 175 aa  120  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.772758  normal  0.0108774 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0449  single-strand binding protein  45.33 
 
 		 143 aa  120  8e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000857397  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1124  single-strand binding protein  50.45 
 
 		 156 aa  119  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.228328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3720  single-strand binding protein  44.22 
 
 		 143 aa  119  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2151  single-strand binding protein  47.66 
 
 		 139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2140  single-strand binding protein  51.38 
 
 		 160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0840686 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3772  single-strand binding protein  45.79 
 
 		 167 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4373  single-stranded DNA-binding protein  40.96 
 
 		 166 aa  118  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.394884  normal  0.18478 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  39.46 
 
 		 164 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  40.72 
 
 		 181 aa  117  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1676  single-strand binding protein  41.77 
 
 		 158 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0936  single-strand binding protein  41.3 
 
 		 151 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4185  single-strand binding protein  40.46 
 
 		 170 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3819  single-strand binding protein  54.63 
 
 		 175 aa  117  4.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.131469  normal  0.852259 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0255  single-strand binding protein  47.66 
 
 		 139 aa  117  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  38.65 
 
 		 165 aa  117  6e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  44.05 
 
 		 182 aa  117  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0748  single-strand binding protein  50 
 
 		 174 aa  117  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.810085  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  49.12 
 
 		 178 aa  117  7e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  49.12 
 
 		 178 aa  117  7e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  49.57 
 
 		 177 aa  117  7e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  49.12 
 
 		 178 aa  117  7e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  49.12 
 
 		 178 aa  117  7e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  49.12 
 
 		 178 aa  117  7e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  49.12 
 
 		 171 aa  117  7e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0200  single-strand binding protein  47.66 
 
 		 139 aa  117  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>