More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0140 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  100 
 
 
164 aa  337  4e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  94.51 
 
 
164 aa  305  2.0000000000000002e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1280  single-strand binding protein  97.56 
 
 
164 aa  294  3e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00522699 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  61.82 
 
 
161 aa  209  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  66.67 
 
 
156 aa  204  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  66.67 
 
 
156 aa  204  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0438  single-strand binding protein  55.41 
 
 
157 aa  176  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  56.02 
 
 
181 aa  174  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  53.89 
 
 
168 aa  170  6.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  57.86 
 
 
238 aa  169  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  55.19 
 
 
151 aa  169  1e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  56.64 
 
 
236 aa  169  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  56.64 
 
 
234 aa  168  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  56.64 
 
 
234 aa  168  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  56.64 
 
 
234 aa  168  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  55.94 
 
 
236 aa  167  8e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  49.34 
 
 
152 aa  166  9e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  61.98 
 
 
222 aa  165  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  54.29 
 
 
231 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  53.9 
 
 
151 aa  162  2.0000000000000002e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  68.32 
 
 
236 aa  161  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  68.32 
 
 
234 aa  160  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  63.81 
 
 
200 aa  160  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  52.6 
 
 
154 aa  160  6e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  68.32 
 
 
235 aa  160  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  68.32 
 
 
236 aa  160  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  50.29 
 
 
177 aa  159  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  54.49 
 
 
171 aa  159  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  49.69 
 
 
165 aa  157  4e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  50.34 
 
 
149 aa  157  4e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  62.62 
 
 
167 aa  157  5e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  61.9 
 
 
196 aa  157  6e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  50.57 
 
 
188 aa  157  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  63.11 
 
 
178 aa  156  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  63.11 
 
 
178 aa  156  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  63.11 
 
 
178 aa  156  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  63.11 
 
 
178 aa  156  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  63.11 
 
 
178 aa  156  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3975  single-strand binding protein  50.34 
 
 
146 aa  156  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000156614  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  63.11 
 
 
178 aa  156  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  57.94 
 
 
190 aa  156  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  63.11 
 
 
178 aa  156  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  63.11 
 
 
178 aa  156  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  64.96 
 
 
165 aa  155  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  64.96 
 
 
165 aa  155  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4062  single-strand binding protein  49.67 
 
 
148 aa  155  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  66.97 
 
 
180 aa  154  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  49.04 
 
 
158 aa  154  4e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  52 
 
 
149 aa  154  6e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  50.32 
 
 
158 aa  153  8e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  62.07 
 
 
178 aa  153  8e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  50.6 
 
 
167 aa  153  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  53.21 
 
 
160 aa  152  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0449  single-strand binding protein  52.7 
 
 
143 aa  152  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000857397  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  64.55 
 
 
176 aa  151  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  64.55 
 
 
176 aa  151  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3772  single-strand binding protein  55.04 
 
 
167 aa  151  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  64.55 
 
 
176 aa  151  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  64.55 
 
 
176 aa  151  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  64.55 
 
 
176 aa  151  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  50.3 
 
 
162 aa  150  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  45.51 
 
 
159 aa  150  5.9999999999999996e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  49.34 
 
 
155 aa  150  5.9999999999999996e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0108  single-strand DNA-binding protein  47.56 
 
 
175 aa  150  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.127981 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  67.33 
 
 
182 aa  150  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  45.79 
 
 
184 aa  150  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  48.48 
 
 
182 aa  149  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5019  single-strand binding protein  52.7 
 
 
130 aa  149  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0663797  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3728  single-strand binding protein  48.5 
 
 
167 aa  149  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0825596  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  61.95 
 
 
183 aa  150  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5424  single-strand binding protein  52.7 
 
 
130 aa  149  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  43.59 
 
 
159 aa  149  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4565  single-strand binding protein  61.26 
 
 
162 aa  149  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3710  single-strand binding protein  58.93 
 
 
242 aa  149  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000568362  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6107  single-stranded DNA-binding protein  62.96 
 
 
184 aa  148  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  64.22 
 
 
181 aa  148  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0315  single-stranded DNA-binding protein  62.04 
 
 
181 aa  148  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2837  single-stranded DNA-binding protein  62.96 
 
 
187 aa  148  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0731757  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2695  single-stranded DNA-binding protein  62.96 
 
 
186 aa  148  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.284268 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0640  single-strand binding protein  60.55 
 
 
225 aa  148  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000164603  unclonable  0.0000000189971 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3117  single-strand binding protein  50 
 
 
146 aa  147  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0538  single-stranded DNA-binding protein  62.96 
 
 
182 aa  147  5e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4025  single-strand binding protein  59.63 
 
 
231 aa  147  5e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000941126  unclonable  0.000000000110243 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  63.3 
 
 
176 aa  147  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2690  single-strand binding protein  65.42 
 
 
172 aa  147  6e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0960941  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3093  single-stranded DNA-binding protein  62.96 
 
 
199 aa  147  6e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254201  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0369  single-stranded DNA-binding protein  60.19 
 
 
181 aa  147  6e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002363  single-stranded DNA-binding protein  67.68 
 
 
178 aa  147  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.298235  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3411  single-strand binding protein  58.33 
 
 
146 aa  147  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0061  single-stranded DNA-binding protein  62.96 
 
 
196 aa  147  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0500  single-stranded DNA-binding protein  62.96 
 
 
186 aa  147  6e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2957  single-stranded DNA-binding protein  62.96 
 
 
192 aa  147  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.602343  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1529  single-stranded DNA-binding protein  62.96 
 
 
192 aa  147  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0781  single-stranded DNA-binding protein  62.96 
 
 
185 aa  147  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.391635  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0611  single-stranded DNA-binding protein  62.96 
 
 
184 aa  147  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4136  single-strand binding protein  50.65 
 
 
165 aa  147  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00257705  normal  0.135122 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0596  single-stranded DNA-binding protein  62.96 
 
 
179 aa  147  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03522  Single-strand binding protein (SSB) (Helix-destabilizing protein)  57.76 
 
 
161 aa  147  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.721181  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0633  single-stranded DNA-binding protein  49.66 
 
 
172 aa  147  8e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000194148  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03473  hypothetical protein  57.76 
 
 
161 aa  147  8e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.953641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>