More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_0223 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_0223  single-strand binding protein  100 
 
 
172 aa  359  9e-99  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2200  single-strand binding protein  71.78 
 
 
157 aa  231  4.0000000000000004e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.886044 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2149  single-strand binding protein  65.48 
 
 
165 aa  226  1e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1964  single-strand binding protein  67.66 
 
 
166 aa  224  5.0000000000000005e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0586806  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0261  single-strand binding protein  67.68 
 
 
163 aa  222  3e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0918801  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2576  single-strand binding protein  69.33 
 
 
158 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2303  single-strand binding protein  63.37 
 
 
171 aa  218  3e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0375599  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0746  single-strand binding protein  53.66 
 
 
161 aa  165  2.9999999999999998e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000549741  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0828  single-strand binding protein  50.66 
 
 
176 aa  157  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00178667  hitchhiker  0.000998915 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0643  ssDNA-binding protein  64.22 
 
 
157 aa  156  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.25623e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0027  single-strand binding protein  61.47 
 
 
175 aa  151  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.664632  normal  0.0441795 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3411  single-strand binding protein  66.98 
 
 
146 aa  151  5e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2223  single-strand binding protein  58.72 
 
 
164 aa  149  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000351539  normal  0.108037 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5071  single-strand binding protein  60.55 
 
 
186 aa  148  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.836187 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1260  single-strand binding protein  45.86 
 
 
161 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0616311  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0449  single-strand binding protein  50.32 
 
 
143 aa  145  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000857397  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2466  single-strand binding protein  48.41 
 
 
156 aa  144  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34674  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  56.3 
 
 
231 aa  144  5e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2845  single-strand binding protein  48.41 
 
 
156 aa  144  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.101348  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  61.82 
 
 
155 aa  144  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  48.41 
 
 
152 aa  144  7.0000000000000006e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0438  single-strand binding protein  49.06 
 
 
157 aa  143  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0571  single-strand binding protein  56.67 
 
 
222 aa  143  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000499632  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0325  single-strand binding protein  48.8 
 
 
160 aa  142  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  60.71 
 
 
154 aa  142  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0535  single-strand binding protein  56.36 
 
 
220 aa  142  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000686084  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  50.68 
 
 
236 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  50.68 
 
 
236 aa  141  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  51.03 
 
 
238 aa  141  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  50.68 
 
 
234 aa  141  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3023  single-strand binding protein  45.83 
 
 
163 aa  141  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.208974  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  50.68 
 
 
234 aa  141  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  50.68 
 
 
234 aa  141  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3710  single-strand binding protein  56.36 
 
 
242 aa  141  6e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000568362  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  42.86 
 
 
159 aa  140  8e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3772  single-strand binding protein  58.12 
 
 
167 aa  140  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0327  single-strand binding protein  53.78 
 
 
201 aa  140  9e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00747942  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4963  single-strand binding protein  57.8 
 
 
166 aa  140  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0397  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  42.24 
 
 
159 aa  140  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0516  single-strand binding protein  57.66 
 
 
234 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.490928  normal  0.543357 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  60.38 
 
 
149 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4062  single-strand binding protein  60.19 
 
 
148 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4025  single-strand binding protein  56.36 
 
 
231 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000941126  unclonable  0.000000000110243 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00235  single-strand binding protein  57.94 
 
 
196 aa  139  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.508026  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0640  single-strand binding protein  55.45 
 
 
225 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000164603  unclonable  0.0000000189971 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2703  single-strand binding protein  54.78 
 
 
175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  45.68 
 
 
158 aa  138  3e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3975  single-strand binding protein  60.38 
 
 
146 aa  138  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000156614  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  46.01 
 
 
151 aa  137  4.999999999999999e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4110  single-strand binding protein  53.85 
 
 
192 aa  137  4.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000157926  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0533  single-strand binding protein  55.86 
 
 
236 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0176705  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  45.88 
 
 
168 aa  137  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1124  single-strand binding protein  46.58 
 
 
156 aa  137  6e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.228328  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0044  single-strand binding protein  57.94 
 
 
137 aa  137  7e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.139232  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0148  single-strand binding protein  53.7 
 
 
200 aa  137  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000650066  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  56.76 
 
 
160 aa  137  8.999999999999999e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3117  single-strand binding protein  57.55 
 
 
146 aa  136  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2388  single-strand binding protein  51.35 
 
 
138 aa  136  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.875154 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3590  single-strand binding protein  55.86 
 
 
235 aa  136  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152827  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  45.06 
 
 
158 aa  135  2e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3819  single-strand binding protein  58.62 
 
 
175 aa  135  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.131469  normal  0.852259 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2424  single-strand binding protein  57.55 
 
 
167 aa  135  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00208547  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3401  single-strand binding protein  55.28 
 
 
151 aa  136  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.413025  normal  0.54881 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3419  single-strand binding protein  55.86 
 
 
236 aa  136  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0354621  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3665  single-strand binding protein  57.69 
 
 
180 aa  135  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000121761  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  45 
 
 
177 aa  135  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0362  single-strand binding protein  56.6 
 
 
147 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000141012  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1527  single-strand binding protein  56.03 
 
 
152 aa  135  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.52347  normal  0.0316845 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0422  single-stranded DNA-binding protein  58.72 
 
 
178 aa  134  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  52.25 
 
 
164 aa  134  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0483  single-strand binding protein  60.55 
 
 
156 aa  134  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  61.11 
 
 
185 aa  134  5e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  42.77 
 
 
171 aa  134  7.000000000000001e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  46.39 
 
 
181 aa  134  9e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  45.14 
 
 
173 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5019  single-strand binding protein  57.41 
 
 
130 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0663797  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  44.64 
 
 
182 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4565  single-strand binding protein  58.72 
 
 
162 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  54.62 
 
 
190 aa  132  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  56.88 
 
 
151 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0817  single-strand binding protein  55.96 
 
 
188 aa  132  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517323  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  52.07 
 
 
178 aa  132  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  52.07 
 
 
178 aa  132  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0723  single-strand binding protein  54.46 
 
 
180 aa  132  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  52.07 
 
 
178 aa  132  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  52.07 
 
 
178 aa  132  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  52.07 
 
 
178 aa  132  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  52.07 
 
 
178 aa  132  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0315  single-stranded DNA-binding protein  58.88 
 
 
181 aa  132  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  47.18 
 
 
165 aa  132  3e-30  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  52.07 
 
 
178 aa  132  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0379  single-strand binding protein  60.55 
 
 
184 aa  132  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1595  single-strand binding protein  52.94 
 
 
184 aa  132  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  52.07 
 
 
178 aa  132  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  55 
 
 
188 aa  131  3.9999999999999996e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0061  single-stranded DNA-binding protein  57.01 
 
 
196 aa  131  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5424  single-strand binding protein  56.48 
 
 
130 aa  131  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1529  single-stranded DNA-binding protein  57.01 
 
 
192 aa  131  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2957  single-stranded DNA-binding protein  57.01 
 
 
192 aa  131  5e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.602343  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  51.85 
 
 
164 aa  131  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>