More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1608 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_1608  single-strand binding protein  100 
 
 
151 aa  310  3.9999999999999997e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.409638  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1903  single-strand binding protein  98.01 
 
 
151 aa  303  7e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  71.64 
 
 
190 aa  204  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5019  single-strand binding protein  80.36 
 
 
130 aa  192  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0663797  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0369  single-stranded DNA-binding protein  79.63 
 
 
181 aa  191  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5424  single-strand binding protein  79.46 
 
 
130 aa  191  2e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0422  single-stranded DNA-binding protein  80.18 
 
 
178 aa  190  7e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.508741 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5215  single-stranded DNA-binding protein  78.38 
 
 
177 aa  187  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.693787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1550  single-stranded DNA-binding protein  78.38 
 
 
177 aa  187  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.202411  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0304  single-stranded DNA-binding protein  79.63 
 
 
185 aa  184  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.345717  normal  0.895882 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0277  single-stranded DNA-binding protein  79.63 
 
 
185 aa  184  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4573  single-stranded DNA-binding protein  55.23 
 
 
171 aa  184  3e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0438  single-strand binding protein  60.13 
 
 
157 aa  183  6e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.367584 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  56.18 
 
 
188 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2227  single-strand binding protein  59.35 
 
 
152 aa  182  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.261214  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4713  single-strand binding protein  75.68 
 
 
187 aa  182  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  73.87 
 
 
184 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4565  single-strand binding protein  74.77 
 
 
162 aa  182  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3819  single-strand binding protein  69.6 
 
 
175 aa  181  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.131469  normal  0.852259 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0379  single-strand binding protein  73.87 
 
 
184 aa  180  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3728  single-strand binding protein  56.29 
 
 
167 aa  178  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0825596  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3307  single-strand binding protein  53.14 
 
 
167 aa  178  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.358097  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03931  single-strand DNA-binding protein  52.2 
 
 
178 aa  177  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0479609  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3933  single-strand binding protein  52.2 
 
 
178 aa  177  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1529  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
192 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3093  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
199 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254201  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0061  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
196 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03891  hypothetical protein  52.2 
 
 
178 aa  177  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0417311  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4301  single-stranded DNA-binding protein  52.2 
 
 
178 aa  177  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3968  single-stranded DNA-binding protein  52.2 
 
 
178 aa  177  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0530108 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0538  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
182 aa  177  4e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2957  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
192 aa  177  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.602343  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4611  single-stranded DNA-binding protein  52.2 
 
 
178 aa  177  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0817  single-strand binding protein  74.11 
 
 
188 aa  177  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.517323  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4521  single-stranded DNA-binding protein  52.2 
 
 
178 aa  177  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5562  single-stranded DNA-binding protein  52.2 
 
 
178 aa  177  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.214992  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2788  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
183 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.481192 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0781  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
185 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.391635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0596  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
179 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0500  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
186 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0611  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
184 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2163  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
184 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2777  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
184 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450674  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0611  single-stranded DNA-binding protein  74.07 
 
 
179 aa  176  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0353597 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4106  single-stranded DNA-binding protein  53.67 
 
 
177 aa  176  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3772  single-strand binding protein  55.36 
 
 
167 aa  176  8e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0296  single-strand binding protein  73.87 
 
 
173 aa  176  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.170779 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6107  single-stranded DNA-binding protein  73.15 
 
 
184 aa  176  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.603331 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2695  single-stranded DNA-binding protein  73.15 
 
 
186 aa  176  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.284268 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2837  single-stranded DNA-binding protein  73.15 
 
 
187 aa  176  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0731757  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4066  single-strand binding protein  75 
 
 
181 aa  175  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0341  single-stranded DNA-binding protein  55.23 
 
 
172 aa  175  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3411  single-strand binding protein  74.07 
 
 
181 aa  174  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0856708  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0262  single-stranded DNA-binding protein  55.56 
 
 
176 aa  174  3e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0312  single-strand binding protein  54.88 
 
 
168 aa  174  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000035276 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1823  single-strand DNA binding protein  51.3 
 
 
158 aa  173  6e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.0000000500943  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09200  single-stranded DNA-binding protein  70.18 
 
 
165 aa  173  9e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0140345  normal  0.797582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0868  single-stranded DNA-binding protein  70.18 
 
 
165 aa  173  9e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4323  single-strand binding protein  69.37 
 
 
214 aa  172  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4105  single-strand binding protein  55.09 
 
 
181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.512282  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1729  single-stranded DNA binding protein  54.19 
 
 
149 aa  172  1.9999999999999998e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0370  single-stranded DNA-binding protein  50.65 
 
 
158 aa  171  2.9999999999999996e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  4.28253e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4512  single-stranded DNA-binding protein  53.59 
 
 
176 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4650  single-stranded DNA-binding protein  53.59 
 
 
176 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4504  single-stranded DNA-binding protein  53.59 
 
 
176 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580839  normal  0.345309 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0140  single-strand binding protein  55.19 
 
 
164 aa  171  2.9999999999999996e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4599  single-stranded DNA-binding protein  53.59 
 
 
176 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4598  single-stranded DNA-binding protein  53.59 
 
 
176 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.454444  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2815  single-stranded DNA-binding protein  51.41 
 
 
177 aa  171  3.9999999999999995e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06540  single-stranded DNA-binding protein  52.44 
 
 
167 aa  169  9e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0610132  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0025  single-strand binding protein  72.38 
 
 
185 aa  169  1e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.326087  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0930  single-strand binding protein  69.64 
 
 
233 aa  168  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1569  single-strand binding protein  53.64 
 
 
164 aa  168  2e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285989  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  52.83 
 
 
154 aa  168  2e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03705  single-stranded DNA-binding protein  64.75 
 
 
178 aa  167  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3876  single-strand binding protein  53.7 
 
 
162 aa  167  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.611448  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3512  single-stranded DNA-binding protein  53.11 
 
 
176 aa  167  5e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534706  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3662  single-stranded DNA-binding protein  51.93 
 
 
180 aa  166  9e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.311594  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0620  single-stranded DNA-binding protein  53.29 
 
 
182 aa  166  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210142  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0461  single-stranded DNA-binding protein  65.81 
 
 
183 aa  166  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0107  single-strand binding protein  52.38 
 
 
165 aa  166  1e-40  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0655467  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0691  single-strand binding protein  67.26 
 
 
182 aa  165  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0587  single-strand binding protein  64.52 
 
 
236 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0173283  normal  0.785333 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0581  single-strand binding protein  64.52 
 
 
234 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00543875  normal  0.0620215 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0556  single-strand binding protein  64.52 
 
 
234 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00736875  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0640  single-strand binding protein  64.52 
 
 
236 aa  165  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021198  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3753  single-strand binding protein  64.52 
 
 
234 aa  165  2e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000011541  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3760  single-stranded DNA-binding protein  69.03 
 
 
182 aa  164  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.637198  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0749  single-stranded DNA-binding protein  69.03 
 
 
182 aa  164  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0561709 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3850  single-stranded DNA-binding protein  69.03 
 
 
182 aa  164  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2293  single-strand binding protein  68.57 
 
 
155 aa  164  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0111  single-strand binding protein  51.45 
 
 
173 aa  164  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00797744  hitchhiker  0.00729769 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2184  single-strand binding protein  54.37 
 
 
160 aa  164  5e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3313  single-strand binding protein  59.29 
 
 
231 aa  164  5e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0358843  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0996  single-stranded DNA-binding protein  67.59 
 
 
175 aa  163  5.9999999999999996e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000269191  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4439  single-strand binding protein  51.63 
 
 
181 aa  163  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.580245  normal  0.977465 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2746  single-strand binding protein  54.67 
 
 
154 aa  164  5.9999999999999996e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4028  single-strand binding protein  61.36 
 
 
238 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0421  single-strand binding protein (SSB) (helix-destabilizing protein)  50.32 
 
 
159 aa  162  1.0000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0483  single-strand binding protein  54.49 
 
 
156 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>