More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4255 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
264 aa  517  1e-146  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0499981  normal  0.128098 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.09 
 
 
258 aa  261  8.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5536  short chain dehydrogenase  48.25 
 
 
262 aa  234  8e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
255 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.239762 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4032  short chain dehydrogenase  50.18 
 
 
268 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4334  short chain dehydrogenase  50.18 
 
 
268 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.14 
 
 
258 aa  233  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.549001  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2184  short chain dehydrogenase  46.09 
 
 
262 aa  232  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.91 
 
 
255 aa  229  5e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.35 
 
 
255 aa  223  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.700746  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3189  short chain dehydrogenase  49.08 
 
 
268 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.02 
 
 
263 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4276  short chain dehydrogenase  49.63 
 
 
265 aa  219  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.222257  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3750  short chain dehydrogenase  48.51 
 
 
265 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4224  short chain dehydrogenase  48.88 
 
 
265 aa  217  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1704  short chain dehydrogenase  42.58 
 
 
262 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.771758  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.74 
 
 
255 aa  211  1e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0980  short chain dehydrogenase  45.49 
 
 
263 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3899  hypothetical protein  47.67 
 
 
255 aa  206  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.363357 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0861  short chain dehydrogenase  50.56 
 
 
284 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1828  short chain dehydrogenase  50.56 
 
 
284 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0606  short chain dehydrogenase  50.56 
 
 
265 aa  205  7e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.289606  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2338  short chain dehydrogenase  50.56 
 
 
265 aa  205  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1037  short chain dehydrogenase  49.62 
 
 
284 aa  204  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1123  short chain dehydrogenase  49.62 
 
 
298 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2185  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.22 
 
 
250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2147  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.25 
 
 
253 aa  194  1e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.760058  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3073  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.63 
 
 
250 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0474  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.67 
 
 
254 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
259 aa  158  8e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6225  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
253 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00892767  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
250 aa  154  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
260 aa  152  8e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
252 aa  151  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
290 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
261 aa  149  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  37.74 
 
 
261 aa  149  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
244 aa  149  5e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.15 
 
 
247 aa  149  6e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  36.54 
 
 
259 aa  149  7e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.47 
 
 
245 aa  148  8e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2412  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  36.76 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
266 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
245 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1699  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  36.76 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.89 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
246 aa  146  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
262 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.3 
 
 
257 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  37.74 
 
 
261 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
261 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.65 
 
 
256 aa  145  9e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
246 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.368584  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
255 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
246 aa  144  2e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.2 
 
 
246 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0175  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.41 
 
 
247 aa  144  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.91 
 
 
248 aa  143  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  39.85 
 
 
256 aa  143  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39 
 
 
246 aa  143  3e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
262 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
262 aa  142  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
260 aa  143  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
257 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.8 
 
 
246 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
246 aa  140  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.582214  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.98 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.15 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
248 aa  139  3e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
253 aa  139  3e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
253 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1505  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.47 
 
 
244 aa  140  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0160485  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
247 aa  139  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.37 
 
 
270 aa  139  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.59 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.47 
 
 
261 aa  139  4.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
250 aa  139  4.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  139  4.999999999999999e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4841  sorbitol dehydrogenase  38.82 
 
 
256 aa  139  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
247 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
269 aa  139  6e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.25 
 
 
246 aa  138  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.61 
 
 
255 aa  137  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588805  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
246 aa  137  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
233 aa  138  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.13 
 
 
247 aa  137  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3752  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.54 
 
 
268 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.27 
 
 
246 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19210  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.9 
 
 
243 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0731595  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.407663 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.72 
 
 
248 aa  136  3.0000000000000003e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1861  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 
268 aa  136  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.651686  normal  0.848972 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>