More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3750 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_3750  short chain dehydrogenase  100 
 
 
265 aa  528  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4224  short chain dehydrogenase  99.25 
 
 
265 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4032  short chain dehydrogenase  94.4 
 
 
268 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4334  short chain dehydrogenase  94.4 
 
 
268 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3189  short chain dehydrogenase  94.03 
 
 
268 aa  485  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4276  short chain dehydrogenase  93.96 
 
 
265 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.222257  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0606  short chain dehydrogenase  87.55 
 
 
265 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.289606  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2338  short chain dehydrogenase  87.55 
 
 
265 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0861  short chain dehydrogenase  87.55 
 
 
284 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1037  short chain dehydrogenase  87.17 
 
 
284 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1123  short chain dehydrogenase  87.17 
 
 
298 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1828  short chain dehydrogenase  87.55 
 
 
284 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1704  short chain dehydrogenase  63.02 
 
 
262 aa  322  5e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.771758  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2184  short chain dehydrogenase  59.25 
 
 
262 aa  299  3e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0980  short chain dehydrogenase  59.62 
 
 
263 aa  296  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5536  short chain dehydrogenase  58.49 
 
 
262 aa  296  2e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 
258 aa  251  8.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.549001  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.12 
 
 
255 aa  243  3e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.239762 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
258 aa  242  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3899  hypothetical protein  51.37 
 
 
255 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.363357 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
255 aa  237  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.700746  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.94 
 
 
255 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
255 aa  230  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.51 
 
 
264 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0499981  normal  0.128098 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  46.03 
 
 
263 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2147  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.27 
 
 
253 aa  194  1e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.760058  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6225  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 
253 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00892767  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2185  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  45.02 
 
 
250 aa  192  5e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3073  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.84 
 
 
250 aa  182  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0474  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.11 
 
 
254 aa  169  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
250 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  37.89 
 
 
261 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
261 aa  144  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
246 aa  140  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3752  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.77 
 
 
268 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.31 
 
 
256 aa  139  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2539  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.98 
 
 
260 aa  139  7e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.643723 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
259 aa  137  1e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.25 
 
 
258 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.12 
 
 
258 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
257 aa  135  6.0000000000000005e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0523  acetoin reductase  35.51 
 
 
254 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0841243  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.45 
 
 
277 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.25 
 
 
258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.65 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.65 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
264 aa  132  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.33 
 
 
259 aa  132  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0249  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.2 
 
 
258 aa  132  5e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0279472  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.68 
 
 
264 aa  132  6e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.68 
 
 
264 aa  132  6e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.68 
 
 
264 aa  132  6e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.390803 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.33 
 
 
260 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.94 
 
 
256 aa  132  6.999999999999999e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.33 
 
 
260 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
261 aa  132  7.999999999999999e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0761637  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
258 aa  131  9e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
292 aa  131  9e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.88 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.05 
 
 
266 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2784  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.67 
 
 
254 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.330689  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0695  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.24 
 
 
247 aa  130  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.825403  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.58 
 
 
257 aa  129  3e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
261 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32556  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.8 
 
 
252 aa  130  3e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
252 aa  130  3e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.13 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 
254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
267 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.97401 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.15 
 
 
248 aa  128  8.000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0334  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.22 
 
 
268 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
261 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2236  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.33 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  35.46 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.117337  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2069  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.55 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343315  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2705  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.66 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0392543  normal  0.0560385 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2264  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.33 
 
 
260 aa  127  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2854  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.27 
 
 
264 aa  126  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110395  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
247 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.99 
 
 
252 aa  125  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
254 aa  126  5e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.22 
 
 
239 aa  125  6e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
258 aa  125  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
248 aa  125  7e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
233 aa  125  7e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2257  acetoin reductase  34.82 
 
 
262 aa  125  8.000000000000001e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4528  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.85 
 
 
258 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.831809  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.66 
 
 
256 aa  125  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
266 aa  125  9e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
260 aa  124  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1323  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
254 aa  124  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>