More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4324 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  497  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2147  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.82 
 
 
253 aa  181  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.760058  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
255 aa  172  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4276  short chain dehydrogenase  43.2 
 
 
265 aa  170  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.222257  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1037  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
284 aa  168  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1828  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
284 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1123  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
298 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0861  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
284 aa  168  8e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0606  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
265 aa  168  9e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.289606  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2338  short chain dehydrogenase  41.6 
 
 
265 aa  168  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4224  short chain dehydrogenase  42 
 
 
265 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.390513 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3750  short chain dehydrogenase  42 
 
 
265 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.759857  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4032  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
268 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4334  short chain dehydrogenase  41.9 
 
 
268 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.549001  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3189  short chain dehydrogenase  41.11 
 
 
268 aa  159  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2184  short chain dehydrogenase  39.11 
 
 
262 aa  158  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0980  short chain dehydrogenase  40.61 
 
 
263 aa  155  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.56 
 
 
263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1704  short chain dehydrogenase  38.71 
 
 
262 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.771758  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5536  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
262 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3899  hypothetical protein  40.16 
 
 
255 aa  151  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.363357 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3073  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.41 
 
 
250 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
255 aa  149  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.239762 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
264 aa  149  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0499981  normal  0.128098 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2185  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.94 
 
 
250 aa  149  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
258 aa  149  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0474  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
254 aa  146  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
255 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
264 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
255 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.700746  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.11 
 
 
272 aa  142  3e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.77 
 
 
247 aa  138  8.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6225  short chain dehydrogenase  33.87 
 
 
253 aa  137  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00892767  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
260 aa  137  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  34.77 
 
 
255 aa  137  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
259 aa  135  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
252 aa  135  9e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
262 aa  134  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
270 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
260 aa  133  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.815314 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0631  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.38 
 
 
265 aa  133  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.76513  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00620  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  38.21 
 
 
260 aa  133  3e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.297652  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
252 aa  132  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.65 
 
 
250 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
250 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
239 aa  131  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
239 aa  131  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.18 
 
 
247 aa  131  9e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0435  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.69 
 
 
250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.137022  normal  0.193907 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.61 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  41.11 
 
 
255 aa  129  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
249 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
251 aa  129  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000407954 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
252 aa  129  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
262 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
259 aa  128  7.000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.11 
 
 
246 aa  128  7.000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0974  acetoin reductase  33.2 
 
 
253 aa  128  8.000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
254 aa  128  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0694225  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
257 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2343  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.08 
 
 
262 aa  128  9.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
255 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.11 
 
 
246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.59 
 
 
257 aa  127  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2028  acetoin reductase  32.54 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
249 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0144582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3549  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  35.48 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  35.48 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1825  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.93 
 
 
258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00469409  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.74 
 
 
249 aa  126  3e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
250 aa  126  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2595  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
254 aa  126  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
266 aa  126  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
260 aa  126  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.361501  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
262 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
250 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.345481 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
256 aa  125  5e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5592  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 
256 aa  125  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0383111 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.07 
 
 
248 aa  125  5e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3659  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 
256 aa  125  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.821403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4708  short chain dehydrogenase  35.85 
 
 
256 aa  125  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.978516  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
250 aa  125  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.323528  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
264 aa  125  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0960385  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
262 aa  125  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
250 aa  125  9e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.199701 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
269 aa  125  9e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1500  short chain dehydrogenase  35.97 
 
 
256 aa  124  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
248 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0672798  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3770  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.29 
 
 
252 aa  124  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
256 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
250 aa  124  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>